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- PDB-6o43: Crystal structure of a lysin protein from Staphylococcus phage P68 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o43
タイトルCrystal structure of a lysin protein from Staphylococcus phage P68
要素Orf11
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / lysin / bacteriophage protein
機能・相同性CHAP domain / CHAP domain / Chem-I3C / Peptidase C51 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage P68 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08222992502 Å
データ登録者Truong, J.Q.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP150103009 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP160101450 オーストラリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Combining random microseed matrix screening and the magic triangle for the efficient structure solution of a potential lysin from bacteriophage P68.
著者: Truong, J.Q. / Panjikar, S. / Shearwin-Whyatt, L. / Bruning, J.B. / Shearwin, K.E.
履歴
登録2019年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_refine_tls
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orf11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4862
ポリマ－21,9271
非ポリマー5591
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.397, 61.397, 101.606
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-488-

HOH

21A-520-

HOH

31A-521-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Orf11


分子量: 21926.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage P68 (ファージ)
遺伝子: Orf11 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q859J2
#2: 化合物 ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid


分子量: 558.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 % / 解説: Cubic crystal
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane / pH 6.4, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08222992502→36.73 Å / Num. obs: 13689 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 42.2454263453 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.08222992502→2.13 Å / 冗長度: 17.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 853 / CC1/2: 0.983 / Rpim(I) all: 0.134 / Rrim(I) all: 0.578 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2689精密化
XDSデータ削減
Aimlessv0.7.2データスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08222992502→36.73 Å / SU ML: 0.260477492419 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.90742038698 / 位相誤差: 28.0288712092
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224485331672 1639 6.63213693198 %
Rwork0.179222560999 --
obs0.182250142966 13297 96.3770376726 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.1674504078 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08222992502→36.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1519 0 16 124 1659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002550177462941593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4834322083892171
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0375788016022225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00302147255904286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.63271916306914
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0822-2.14350.2863460883351370.2514889251031745X-RAY DIFFRACTION89.4486692015
2.1435-2.21270.3441968309351180.2390344962062009X-RAY DIFFRACTION98.3811285846
2.2127-2.29170.2724224146621440.230394795911905X-RAY DIFFRACTION96.4689265537
2.2917-2.38350.3615755186591300.2252850110051911X-RAY DIFFRACTION95.4184198223
2.3835-2.49190.2747012963071270.2170819962241899X-RAY DIFFRACTION94.8946135831
2.4919-2.62330.299207059541420.2143378410911890X-RAY DIFFRACTION95.3990610329
2.6233-2.78760.2567951510031630.2085981524691916X-RAY DIFFRACTION96.3838664812
2.7876-3.00270.2830427761341260.2186423454311925X-RAY DIFFRACTION96.3363081259
3.0027-3.30470.2753882513351320.2197672139891977X-RAY DIFFRACTION98.5514018692
3.3047-3.78250.2190978097511400.1679781801431950X-RAY DIFFRACTION98.1681540629
3.7825-4.76390.1733440314751400.1301583440951995X-RAY DIFFRACTION99.2100371747
4.7639-36.73760.1622427454131400.1548476318911952X-RAY DIFFRACTION97.8027115475
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.85838493609-7.065917294458.422585708736.36368179457-6.265689608289.39632971077-0.6460287183790.04367958840121.15800895433-0.0995112228615-0.097690412957-0.361918173697-0.5394460380140.2976233411890.589251615640.451169724674-0.135723042997-0.04804153072590.551163419633-0.03819320063420.3981032475643.7867500087534.782343803821.0284680052
22.473132009281.64669423279-0.9823058127612.40305945973-0.9910535719556.876410958290.0702071865880.0829628597902-0.06041266882270.07757871771270.16158647852-0.1877331349310.459300103550.444262286122-0.1829007890120.3495850265470.102924160139-0.04411721748190.472621597259-0.08784192558130.3307528521019.4740193154220.376551193138.3106739478
32.7062684145-0.4825523168111.693900397253.00249436199-0.1789779617444.79264476427-0.1710425774520.0149212221668-0.0847497816424-0.2280194329040.208232587618-0.2086653317151.00800776536-0.00430946414964-0.01112355380520.5225724517120.0197487982658-0.02073226778170.468953844262-0.1055676744520.51063617514.0425285451614.252946254627.5611514734
44.8857779466-1.654358667672.783276500091.65146603175-0.1778579463696.10128066875-0.07911239210230.401528118145-0.293808465489-0.1533530533320.33424369702-0.06530948755540.7194698595220.75332621349-0.277754087260.491696845657-0.04464534094160.03689555663340.61218996075-0.08806093775550.394588021884.5606993383920.101621749815.9494555202
55.813260643970.2646007349462.146127135672.972733054970.6354792996835.93976206457-0.0115986075629-0.01067933823990.0600770342523-0.2617555976750.138562321125-0.1173370110450.1319971954830.0346230821533-0.08517863004860.372499280268-0.115129528932-0.01833706604280.537058754375-0.02162944900180.317623911178-0.61289580636928.578407189816.6700234051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 96 through 112 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 113 through 166 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 167 through 207 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 9 through 50 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 51 through 95 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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