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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o43 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a lysin protein from Staphylococcus phage P68 | |||||||||
要素 | Orf11 | |||||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / lysin / bacteriophage protein | |||||||||
機能・相同性 | CHAP domain / CHAP domain / Chem-I3C / Peptidase C51 domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus phage P68 (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08222992502 Å | |||||||||
データ登録者 | Truong, J.Q. | |||||||||
資金援助 | オーストラリア, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Combining random microseed matrix screening and the magic triangle for the efficient structure solution of a potential lysin from bacteriophage P68. 著者: Truong, J.Q. / Panjikar, S. / Shearwin-Whyatt, L. / Bruning, J.B. / Shearwin, K.E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o43.cif.gz | 112.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o43.ent.gz | 72.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o43.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/6o43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/6o43 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21926.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus phage P68 (ファージ) 遺伝子: Orf11 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q859J2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-I3C / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 % / 解説: Cubic crystal |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 0.04 M Citric acid, 0.06 M BIS-TRIS propane / pH 6.4, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1.459 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.459 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08222992502→36.73 Å / Num. obs: 13689 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 42.2454263453 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.08222992502→2.13 Å / 冗長度: 17.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 853 / CC1/2: 0.983 / Rpim(I) all: 0.134 / Rrim(I) all: 0.578 / % possible all: 80 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08222992502→36.73 Å / SU ML: 0.260477492419 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.90742038698 / 位相誤差: 28.0288712092
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.1674504078 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08222992502→36.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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