[日本語] English
万見
- PDB-6o3s: NMR solution structure of Luffin P1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o3s
タイトルNMR solution structure of Luffin P1
要素Ribosome-inactivating protein luffin P1
キーワードPLANT PROTEIN / HYDROLASE / seed peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #890 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome-inactivating protein luffin P1
類似検索 - 構成要素
生物種Luffa aegyptiaca (ヘチマ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Rosengren, K.J. / Payne, C.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP190102058 オーストラリア
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: An Ancient Peptide Family Buried within Vicilin Precursors.
著者: Zhang, J. / Payne, C.D. / Pouvreau, B. / Schaefer, H. / Fisher, M.F. / Taylor, N.L. / Berkowitz, O. / Whelan, J. / Rosengren, K.J. / Mylne, J.S.
履歴
登録2019年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32021年2月10日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42021年11月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosome-inactivating protein luffin P1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7121
ポリマ－5,7121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4320 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Ribosome-inactivating protein luffin P1 / Arginine/glutamate-rich polypeptide / AGRP


分子量: 5712.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Luffa aegyptiaca (ヘチマ) / 参照: UniProt: P56568, rRNA N-glycosylase
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-15N HSQC
141isotropic12D 1H-13C HSQC
251isotropic12D 1H-1H NOESY
361isotropic12D 1H-1H NOESY
481isotropic12D 1H-1H NOESY
571isotropic12D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 2 mg/mL Luffin P1, 90% H2O/10% D2O / Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 2 mg/mL / 構成要素: Luffin P1 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpHPH err圧 (kPa)温度 (K)
10 mMconditions_140.2ambient 298 K
20 mMconditions_240.2ambient 288 K
30 mMconditions_340.2ambient 293 K
40 mMconditions_440.2ambient 303 K
50 mMconditions_540.2ambient 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz / 詳細: equipped with cryoprobe

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin4Bruker Biospincollection
TopSpin4Bruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CYANA3.9Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
詳細: Structures calculated by torsion angle dynamics followed by refinement and energy minimisation in explicit solvent.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る