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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o3r | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of NDM-1 D199N with Compound 7 | ||||||
![]() | Carbapenem Hydrolyzing Class B Metallo beta lactamase NDM-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Carbapenemase / Phosphonate / inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Akhtar, A. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Heteroaryl Phosphonates as Noncovalent Inhibitors of Both Serine- and Metallocarbapenemases. 著者: Pemberton, O.A. / Jaishankar, P. / Akhtar, A. / Adams, J.L. / Shaw, L.N. / Renslo, A.R. / Chen, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 853.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 853.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6d15C ![]() 6d16C ![]() 6d17C ![]() 6d18C ![]() 6d19C ![]() 6d1aC ![]() 6d1bC ![]() 6d1cC ![]() 6d1dC ![]() 6d1eC ![]() 6d1fC ![]() 6d1gC ![]() 6d1hC ![]() 6d1iC ![]() 6d1jC ![]() 6d1kC ![]() 6dd0C ![]() 6dd1C ![]() 6ny7C ![]() 6o5tC ![]() 4tzfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24601.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, blaNDM-1_1, blaNDM-1_2, blaNDM-1_3, blaNDM1, NDM-1, C3483_29595, C7V41_28630, D647_p47098, DDJ63_29735, DZB15_28435, EC13450_007, NCTC13443_00040, p2146_00143, pCRE380_ ...遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, blaNDM-1_1, blaNDM-1_2, blaNDM-1_3, blaNDM1, NDM-1, C3483_29595, C7V41_28630, D647_p47098, DDJ63_29735, DZB15_28435, EC13450_007, NCTC13443_00040, p2146_00143, pCRE380_21, PMK1_ndm00067, PMK1_ndm00076, PMK1_ndm00085, pN11x00042NDM_090, pNDM-SX04_5, pNDM10469_138, SAMEA3531848_05178, SAMEA4394746_03823, TR3_031, TR4_031 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-XJE / [( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.05 M Potassium Phosphate (Di Basic), 0.01 M Calcium Chloride, 25%(w/v) PEG-8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月12日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 51215 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 188121 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4TZF 解像度: 1.3→21.848 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.26
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.64 Å2 / Biso mean: 19.6859 Å2 / Biso min: 8.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.3→21.848 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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