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- PDB-6o3b: Crystal structure of Frizzled 7 CRD in complex with F6 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o3b
タイトルCrystal structure of Frizzled 7 CRD in complex with F6 Fab
要素
  • (Antibody Fab F6, ...) x 2
  • Frizzled-7
キーワードSIGNALING PROTEIN / Receptor / Wnt / Frizzled / CRD / Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / somatic stem cell division / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / mesenchymal to epithelial transition / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping ...negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / somatic stem cell division / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / mesenchymal to epithelial transition / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / frizzled binding / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / stem cell population maintenance / negative regulation of cell-substrate adhesion / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / cellular response to retinoic acid / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / PDZ domain binding / Asymmetric localization of PCP proteins / positive regulation of JNK cascade / G protein-coupled receptor activity / recycling endosome membrane / neuron differentiation / T cell differentiation in thymus / positive regulation of MAPK cascade / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled-7, cysteine-rich Wnt-binding domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily ...Frizzled-7, cysteine-rich Wnt-binding domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Raman, S. / Beilschmidt, M. / Fransson, J. / Julien, J.P.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structure-guided design fine-tunes pharmacokinetics, tolerability, and antitumor profile of multispecific frizzled antibodies.
著者: Raman, S. / Beilschmidt, M. / To, M. / Lin, K. / Lui, F. / Jmeian, Y. / Ng, M. / Fernandez, M. / Fu, Y. / Mascall, K. / Duque, A. / Wang, X. / Pan, G. / Angers, S. / Moffat, J. / Sidhu, S.S. ...著者: Raman, S. / Beilschmidt, M. / To, M. / Lin, K. / Lui, F. / Jmeian, Y. / Ng, M. / Fernandez, M. / Fu, Y. / Mascall, K. / Duque, A. / Wang, X. / Pan, G. / Angers, S. / Moffat, J. / Sidhu, S.S. / Magram, J. / Sinclair, A.M. / Fransson, J. / Julien, J.P.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody Fab F6, Light chain
B: Antibody Fab F6, Heavy chain
C: Frizzled-7
E: Antibody Fab F6, Light chain
G: Antibody Fab F6, Heavy chain
H: Frizzled-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,85913
ポリマ－123,9566
非ポリマー9037
水2,936163
1
A: Antibody Fab F6, Light chain
B: Antibody Fab F6, Heavy chain
C: Frizzled-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4767
ポリマ－61,9783
非ポリマー4974
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area24920 Å2
手法PISA
2
E: Antibody Fab F6, Light chain
G: Antibody Fab F6, Heavy chain
H: Frizzled-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3846
ポリマ－61,9783
非ポリマー4053
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.642, 85.848, 104.103
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
抗体 , 2種, 4分子 AEBG

#1: 抗体 Antibody Fab F6, Light chain


分子量: 23360.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody Fab F6, Heavy chain


分子量: 23402.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 CH

#3: タンパク質 Frizzled-7 / hFz7 / FzE3


分子量: 15215.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75084
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 168分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M Na2HPO4, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03327 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03327 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.74 Å / Num. obs: 41997 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.196 / Rpim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 1.011 / CC1/2: 0.659 / Rpim(I) all: 0.627

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XPREPデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6O3A

6o3a


解像度: 2.5→29.737 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2834 1998 4.76 %
Rwork0.248 --
obs0.2497 41964 98.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.737 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8420 0 58 163 8641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5411855
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9535200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56250.39091430.3592872X-RAY DIFFRACTION100
2.5625-2.63170.39461440.36042858X-RAY DIFFRACTION100
2.6317-2.70910.3791430.33592879X-RAY DIFFRACTION100
2.7091-2.79650.40611430.33472840X-RAY DIFFRACTION99
2.7965-2.89640.36471430.32582868X-RAY DIFFRACTION100
2.8964-3.01230.4151430.32712866X-RAY DIFFRACTION100
3.0123-3.14920.3791440.29842889X-RAY DIFFRACTION100
3.1492-3.3150.29121430.27562864X-RAY DIFFRACTION99
3.315-3.52240.28031410.25572827X-RAY DIFFRACTION98
3.5224-3.79390.31191420.23722831X-RAY DIFFRACTION99
3.7939-4.17470.22641420.21932852X-RAY DIFFRACTION97
4.1747-4.77670.17311400.17552791X-RAY DIFFRACTION96
4.7767-6.010.23881420.19162832X-RAY DIFFRACTION98
6.01-29.73890.22591450.18852897X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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