+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o2l | |||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR structure of the 2:1 complex of a carbazole derivative BMVC bound to c-MYC G-quadruplex | |||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / G-quadruplex DNA / drug-DNA complex / BMVC | 機能・相同性 | Chem-BO6 / DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing / molecular dynamics | ![]() Lin, C. / Liu, W. / Yang, D. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Structures of 1:1 and 2:1 complexes of BMVC and MYC promoter G-quadruplex reveal a mechanism of ligand conformation adjustment for G4-recognition. 著者: Liu, W. / Lin, C. / Wu, G. / Dai, J. / Chang, T.C. / Yang, D. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 352 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 297.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 403.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 412.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6jj0C C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7008.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
---|---|
#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-
試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 2 mM DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*A)-3'), 3 mM BMVC, 25 mM potassium phosphate, 70 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O 詳細: 100mM potassium phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O / Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||
試料状態 | 詳細: 100mM potassium phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O / イオン強度: 100 mM / Label: 25C / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz |
---|
-
解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 |
| ||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |