PDB-6o2b: Crystal structure of 4493 Fab in complex with circumsporozoite pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o2b

タイトル

Crystal structure of 4493 Fab in complex with circumsporozoite protein DND and anti-kappa VHH domain

要素

4493 Fab heavy chain
4493 Kappa light chain
Anti-kappa VHH domain
Circumsporozoite protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Scally, S.W. / Bosch, A. / Prieto, K. / Murugan, R. / Wardemann, H. / Julien, J.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2020
タイトル: Evolution of protective human antibodies against Plasmodium falciparum circumsporozoite protein repeat motifs.
著者: Murugan, R. / Scally, S.W. / Costa, G. / Mustafa, G. / Thai, E. / Decker, T. / Bosch, A. / Prieto, K. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H.

履歴

登録	2019年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6o2b.ent.gz	702 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6o2b_validation.pdf.gz	551.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o2b_full_validation.pdf.gz	565.6 KB	表示
XML形式データ	6o2b_validation.xml.gz	85.6 KB	表示
CIF形式データ	6o2b_validation.cif.gz	125.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/6o2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/6o2b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6o23C 6o24C 6o25C 6o26C 6o28C 6o29C 6o2aC 6o2cC 6uleC 6ulfC 6vlnC 6o27 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o2a-2 6o2a-1 6o2a-4 6ana-d 6o28-1 6o29-1 6o25-2 3cqg-d 6o2c-d 5xz6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4493 Fab heavy chain

B: 4493 Kappa light chain

C: 4493 Fab heavy chain

D: 4493 Kappa light chain

H: 4493 Fab heavy chain

I: 4493 Kappa light chain

O: 4493 Fab heavy chain

P: 4493 Kappa light chain

E: Anti-kappa VHH domain

J: Anti-kappa VHH domain

M: Anti-kappa VHH domain

F: Circumsporozoite protein

G: Circumsporozoite protein

K: Circumsporozoite protein

L: Circumsporozoite protein

N: Anti-kappa VHH domain

ヘテロ分子

240 kDa, 16 ポリマー
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1

A: 4493 Fab heavy chain

B: 4493 Kappa light chain

F: Circumsporozoite protein

N: Anti-kappa VHH domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60 kDa, 4 ポリマー
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2

C: 4493 Fab heavy chain

D: 4493 Kappa light chain

M: Anti-kappa VHH domain

G: Circumsporozoite protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60 kDa, 4 ポリマー
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3

H: 4493 Fab heavy chain

I: 4493 Kappa light chain

E: Anti-kappa VHH domain

K: Circumsporozoite protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.9 kDa, 4 ポリマー
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4

O: 4493 Fab heavy chain

P: 4493 Kappa light chain

J: Anti-kappa VHH domain

L: Circumsporozoite protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.073, 93.405, 94.164
Angle α, β, γ (deg.)	82.740, 76.860, 64.450
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain A and (resid 1 through 18 or resid 20 through 214))	A	A	1 - 18	1 - 18
1	2	1	LEU	LEU	LYS	LYS	(chain A and (resid 1 through 18 or resid 20 through 214))	A	A	20 - 214	20 - 223
2	1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain C and (resid 1 through 18 or resid 20 through 127 or resid 135 through 214))	C	C	1 - 18	1 - 18
2	2	1	LEU	LEU	SER	SER	(chain C and (resid 1 through 18 or resid 20 through 127 or resid 135 through 214))	C	C	20 - 127	20 - 136
2	3	1	THR	THR	LYS	LYS	(chain C and (resid 1 through 18 or resid 20 through 127 or resid 135 through 214))	C	C	135 - 214	144 - 223
3	1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain H and (resid 1 through 18 or resid 20 through 127 or resid 135 through 214))	H	E	1 - 18	1 - 18
3	2	1	LEU	LEU	SER	SER	(chain H and (resid 1 through 18 or resid 20 through 127 or resid 135 through 214))	H	E	20 - 127	20 - 136
3	3	1	THR	THR	LYS	LYS	(chain H and (resid 1 through 18 or resid 20 through 127 or resid 135 through 214))	H	E	135 - 214	144 - 223
4	1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	(chain O and (resid 1 through 18 or resid 20 through 127 or resid 135 through 214))	O	G	1 - 18	1 - 18
4	2	1	LEU	LEU	SER	SER	(chain O and (resid 1 through 18 or resid 20 through 127 or resid 135 through 214))	O	G	20 - 127	20 - 136
4	3	1	THR	THR	LYS	LYS	(chain O and (resid 1 through 18 or resid 20 through 127 or resid 135 through 214))	O	G	135 - 214	144 - 223
1	1	2	GLU	GLU	CYS	CYS	(chain B and (resid 1 through 23 or (resid 24...	B	B	1 - 23	1 - 23
1	2	2	ARG	ARG	ALA	ALA	(chain B and (resid 1 through 23 or (resid 24...	B	B	24 - 25	24 - 25
1	3	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain B and (resid 1 through 23 or (resid 24...	B	B	1 - 213	1 - 214
1	4	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain B and (resid 1 through 23 or (resid 24...	B	B	1 - 213	1 - 214
1	5	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain B and (resid 1 through 23 or (resid 24...	B	B	1 - 213	1 - 214
1	6	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain B and (resid 1 through 23 or (resid 24...	B	B	1 - 213	1 - 214
2	1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	chain D	D	D	1 - 213	1 - 214
3	1	2	GLU	GLU	GLU	GLU	chain I	I	F	1 - 213	1 - 214
4	1	2	GLU	GLU	CYS	CYS	(chain P and (resid 1 through 23 or (resid 24...	P	H	1 - 23	1 - 23
4	2	2	ARG	ARG	ALA	ALA	(chain P and (resid 1 through 23 or (resid 24...	P	H	24 - 25	24 - 25
4	3	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain P and (resid 1 through 23 or (resid 24...	P	H	1 - 213	1 - 214
4	4	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain P and (resid 1 through 23 or (resid 24...	P	H	1 - 213	1 - 214
4	5	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain P and (resid 1 through 23 or (resid 24...	P	H	1 - 213	1 - 214
4	6	2	GLU	GLU	GLU	GLU	(chain P and (resid 1 through 23 or (resid 24...	P	H	1 - 213	1 - 214
1	1	3	VAL	VAL	SER	SER	(chain E and resid 2 through 112)	E	I	2 - 112	2 - 120
2	1	3	VAL	VAL	SER	SER	chain J	J	J	2 - 112	2 - 120
3	1	3	VAL	VAL	SER	SER	(chain M and resid 2 through 112)	M	K	2 - 112	2 - 120
4	1	3	VAL	VAL	SER	SER	(chain N and resid 2 through 112)	N	P	2 - 112	2 - 120
1	1	4	ASN	ASN	PRO	PRO	chain F	F	L	1 - 12	1 - 12
2	1	4	ASN	ASN	PRO	PRO	chain G	G	M	1 - 12	1 - 12
3	1	4	ASN	ASN	PRO	PRO	chain K	K	N	1 - 12	1 - 12
4	1	4	ASN	ASN	PRO	PRO	chain L	L	O	1 - 12	1 - 12

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 FGKL

#4: タンパク質・ペプチド	Circumsporozoite protein / CS 分子量: 1265.286 Da / 分子数: 4 / Fragment: residues 128-139 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P02893

-
抗体 , 3種, 12分子 ACHOBDIPEJMN

#1: 抗体	4493 Fab heavy chain 分子量: 23792.730 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	4493 Kappa light chain 分子量: 23460.979 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Anti-kappa VHH domain 分子量: 11326.253 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 1334分子

#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20 % (w/v) PEG8000, 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 141733 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.7 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.13 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.538 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5870 / CC_1/2: 0.641 / R_pim(I) all: 0.349 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: In house model

解像度: 2.1→29.493 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2096	1995	1.41 %
R_work	0.1772	139707	-
obs	0.1777	141702	97.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.12 Å² / B_iso mean: 44.0322 Å² / B_iso min: 18.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→29.493 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16283	0	36	1327	17646
B_iso mean	-	-	78.31	46.35	-
残基数	-	-	-	-	2257

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3973	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
1	2	C	3973	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
1	3	H	3973	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
1	4	O	3973	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
2	1	B	4070	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
2	2	D	4070	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
2	3	I	4070	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
2	4	P	4070	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
3	1	E	2235	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
3	2	J	2235	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
3	3	M	2235	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
3	4	N	2235	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
4	1	F	216	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
4	2	G	216	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
4	3	K	216	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL
4	4	L	216	X-RAY DIFFRACTION	8.407	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1-2.1525	0.3488	120	0.2892	9864	97
2.1525-2.2107	0.296	158	0.264	9873	97
2.2107-2.2757	0.2963	134	0.251	9886	97
2.2757-2.3492	0.2462	147	0.2361	9969	97
2.3492-2.4331	0.2903	146	0.2275	9918	97
2.4331-2.5304	0.2587	142	0.2163	9996	97
2.5304-2.6455	0.2222	146	0.2099	9920	98
2.6455-2.7849	0.2508	138	0.2001	10021	98
2.7849-2.9592	0.2555	142	0.1924	10034	98
2.9592-3.1875	0.2097	140	0.1858	10003	98
3.1875-3.5078	0.1908	145	0.1692	10022	98
3.5078-4.0143	0.1923	147	0.1517	10059	98
4.0143-5.0534	0.1509	145	0.126	10066	99
5.0534-29.493	0.176	145	0.1529	10076	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.63	-1.0835	-0.5655	3.2412	1.2768	1.7367	-0.0004	0.0532	-0.0631	0.0923	0.0299	0.064	0.0569	-0.0903	-0.0278	0.3405	-0.025	0.0607	0.242	-0.0233	0.2796	-54.3003	-13.659	55.454
2	4.7204	-0.2117	1.4984	3.3212	-0.3876	2.0339	-0.2586	-0.3386	-0.154	0.4838	0.0548	-0.4076	-0.1135	0.0828	0.1849	0.3724	0.1278	-0.0827	0.3453	-0.0348	0.3304	-19.2834	-24.6469	55.6378
3	5.3877	0.1767	0.6109	1.7108	-0.5644	1.5114	-0.1769	-0.0422	0.2787	0.187	0.0937	-0.1257	-0.2091	0.0619	0.113	0.4486	-0.0178	0.0214	0.2306	-0.0485	0.3223	-41.9999	5.0677	56.9995
4	1.9081	-1.9535	-1.5808	5.7758	2.3418	3.0146	-0.0719	0.1047	0.2168	0.057	0.0801	-0.5885	0.15	0.2469	-0.0132	0.2316	0.0554	-0.0533	0.3765	-0.001	0.402	-15.669	-13.8189	43.7079
5	2.3555	-0.7098	-1.6044	2.0989	1.3971	2.3634	-0.06	-0.0098	-0.1276	-0.0554	0.0924	-0.087	0.1371	0.0764	-0.0239	0.2355	-0.026	0.0308	0.2353	-0.0328	0.2426	-41.7312	-58.9212	10.8671
6	4.8657	-0.4149	1.9958	3.0439	1.0982	4.1495	0.1415	-0.156	-0.4106	0.4005	-0.1283	-0.218	0.4257	0.1723	-0.0006	0.3088	-0.009	-0.0325	0.2874	0.0776	0.3578	-6.6371	-69.8565	4.0385
7	5.8465	0.4404	-0.1203	0.8994	-0.3561	1.1362	0.0331	-0.3012	0.6263	-0.0076	0.0336	-0.1474	-0.2095	0.2018	-0.0506	0.3477	-0.075	0.0889	0.3007	-0.1244	0.431	-28.8129	-40.8091	13.502
8	1.8757	0.5594	-0.2135	4.3907	2.6411	3.9992	0.0232	0.0447	-0.1729	-0.0104	0.0193	-0.2014	0.1825	0.0856	-0.0518	0.1966	-0.0063	-0.0255	0.3285	0.0199	0.321	-4.506	-57.0889	-5.8924
9	1.0905	-0.2031	-0.7708	2.164	1.3287	5.3098	0.0288	0.002	0.0673	-0.1051	-0.0121	-0.0932	-0.0463	-0.0666	-0.0194	0.2247	-0.0163	0.0367	0.2237	-0.0234	0.2595	-9.402	2.274	-8.3656
10	2.0571	0.5941	0.2195	4.7057	-0.2314	4.2796	-0.0086	0.0325	-0.2687	0.1583	0.0143	0.0614	0.2585	-0.1245	-0.0378	0.2567	-0.0373	0.0784	0.2531	-0.0414	0.2936	-25.9593	-13.1487	20.8788
11	2.6653	1.9252	-1.0054	5.0139	-1.6143	2.884	0.0014	0.0745	0.0305	-0.4789	0.0032	0.3495	0.4076	-0.5154	0.0024	0.3969	-0.0912	-0.0507	0.4792	-0.0676	0.2969	-25.9109	-10.3919	-16.6545
12	2.1156	0.5049	0.5026	3.4868	2.3574	3.5449	-0.1164	0.0483	0.0743	-0.0138	0.0745	0.1884	-0.1035	-0.2627	0.0484	0.32	-0.0681	0.0864	0.3948	0.0143	0.4111	-40.9994	-9.4744	15.1348
13	1.2704	-0.3927	-0.6835	2.3011	1.5496	3.69	0.0171	-0.0296	0.0914	0.0558	0.0499	-0.0685	-0.04	0.0141	-0.0732	0.2143	-0.0011	0.0105	0.2257	-0.0225	0.2653	22.6848	-38.9767	38.417
14	2.3068	2.2448	-0.3282	6.238	-0.9029	4.2267	0.0952	-0.1447	-0.156	0.1399	-0.0207	-0.0066	0.1401	0.1274	-0.0876	0.2345	0.0056	-0.0174	0.3138	-0.0085	0.2323	4.0836	-51.0656	64.4432
15	3.208	1.462	-1.7207	3.2715	-1.1838	2.5938	-0.2127	0.3009	-0.0702	-0.3063	0.1932	0.0824	0.377	-0.5182	0.0078	0.3003	-0.0524	-0.0173	0.3726	-0.0452	0.2512	6.2775	-50.6612	28.2546
16	1.3236	0.1616	-0.3038	2.951	2.4247	5.3955	-0.0133	-0.0645	0.0772	0.037	0.0458	0.1096	-0.1557	-0.4433	-0.017	0.2191	0.0098	0.0049	0.3645	0.033	0.2194	-11.146	-47.4722	59.8006
17	5.1048	1.4092	0.9975	5.766	1.2573	3.6755	-0.1241	0.3122	-0.0373	-0.2961	0.0975	0.1227	-0.2187	-0.0206	0.0127	0.3211	-0.1006	-0.0056	0.477	0.0467	0.3984	-55.5531	-22.5271	-6.3114
18	3.216	1.0478	0.087	4.7111	0.3511	1.5502	0.0382	-0.1078	-0.2041	-0.2469	-0.194	0.606	0.2495	-0.8002	0.1133	0.4724	-0.2243	-0.0747	0.9076	-0.0306	0.4444	-26.4386	-59.7501	38.7814
19	6.1639	2.3559	0.1835	4.2422	0.5911	3.5958	0.0341	0.1256	0.4993	0.0375	-0.0054	0.2503	-0.3667	-0.0227	-0.0217	0.2846	-0.0212	0.02	0.3279	0.0155	0.3647	0.4131	-29.5433	1.0064
20	8.1454	-0.4465	1.5794	2.0048	1.856	7.8091	-0.0201	1.5275	0.492	-1.1405	0.1717	-0.1668	-0.7116	-0.2835	-0.1762	0.4963	-0.0192	0.0401	0.4723	0.1037	0.4235	-64.8308	1.0678	50.3297
21	8.465	1.6468	-0.7716	6.8018	2.3214	9.3828	0.0275	1.0218	1.1415	-0.6502	0.2846	0.1681	-0.7413	-0.5219	-0.2977	0.3064	0.0403	-0.0006	0.3759	0.0552	0.3952	-52.47	-43.6142	9.2893
22	8.2541	0.5279	-1.7427	9.1749	1.1922	7.3183	-0.2083	0.7946	1.1745	-0.3571	0.1954	0.1468	-1.4436	-0.6726	-0.019	0.5668	0.0838	0.0093	0.2783	0.0912	0.3542	-13.2215	8.2467	-25.584
23	2.26	-2.1566	1.4205	2.2861	-0.2707	6.336	0.1518	0.4146	0.6286	-0.5153	-0.0893	0.0138	-0.4775	-0.3029	-0.0885	0.3523	-0.0221	0.0357	0.2579	0.0182	0.3667	23.6136	-36.1276	19.9658
24	4.3117	2.3134	-0.8223	4.8534	0.1153	4.0243	0.075	0.178	0.3041	-0.0637	0.1583	-0.2766	-0.4298	0.3902	-0.2221	0.4054	-0.022	0.0214	0.497	0.0475	0.6078	-13.1199	14.5082	44.5037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 113 )	A	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 215 )	A	114 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 107 )	B	1 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 108 through 213 )	B	108 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 1 through 113 )	C	1 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 114 through 214 )	C	114 - 214
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 1 through 107 )	D	1 - 107
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 108 through 213 )	D	108 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 1 through 113 )	H	1 - 113
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 114 through 214 )	H	114 - 214
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'I' and (resid 1 through 107 )	I	1 - 107
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'I' and (resid 108 through 213 )	I	108 - 213
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'O' and (resid 1 through 113 )	O	1 - 113
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'O' and (resid 114 through 214 )	O	114 - 214
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'P' and (resid 1 through 107 )	P	1 - 107
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'P' and (resid 108 through 213 )	P	108 - 213
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 2 through 113 )	E	2 - 113
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'J' and (resid 2 through 112 )	J	2 - 112
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'M' and (resid 1 through 113 )	M	1 - 113
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 1 through 12 )	F	1 - 12
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'G' and (resid 1 through 12 )	G	1 - 12
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'K' and (resid 1 through 12 )	K	1 - 12
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'L' and (resid 1 through 12 )	L	1 - 12
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'N' and (resid 1 through 112 )	N	1 - 112

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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