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万見
- PDB-6o1a: Alpha-L-fucosidase AlfC from Lactobacillus casei in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o1a
タイトルAlpha-L-fucosidase AlfC from Lactobacillus casei in complex with alpha-L-fucose product
要素AlfC
キーワードHYDROLASE / Fucosidase / product / fucose
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-fucopyranose / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Klontz, E.H. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and dynamics of an alpha-fucosidase reveal a mechanism for highly efficient IgG transfucosylation.
著者: Klontz, E.H. / Li, C. / Kihn, K. / Fields, J.K. / Beckett, D. / Snyder, G.A. / Wintrode, P.L. / Deredge, D. / Wang, L.X. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2019年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AlfC
B: AlfC
C: AlfC
D: AlfC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,1368
ポリマ－157,4794
非ポリマー6574
水23413
1
A: AlfC
C: AlfC
ヘテロ分子

A: AlfC
C: AlfC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,1368
ポリマ－157,4794
非ポリマー6574
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
2
B: AlfC
D: AlfC
ヘテロ分子

B: AlfC
D: AlfC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,1368
ポリマ－157,4794
非ポリマー6574
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)89.983, 138.236, 264.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGAA4 - 3444 - 344
21ARGARGBB4 - 3444 - 344
12LEULEUAA2 - 3452 - 345
22LEULEUCC2 - 3452 - 345
13ARGARGAA2 - 3442 - 344
23ARGARGDD2 - 3442 - 344
14ARGARGBB4 - 3444 - 344
24ARGARGCC4 - 3444 - 344
15ASNASNBB4 - 3434 - 343
25ASNASNDD4 - 3434 - 343
16ARGARGCC2 - 3442 - 344
26ARGARGDD2 - 3442 - 344

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
AlfC


分子量: 39369.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K0NB39, UniProt: A0A422MHI3*PLUS
#2: 糖
ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 250 nL 20 mg/mL wild-type AlfC + 250 nL mother liquor (18% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7, 20 mM sodium/potassium phosphate, 1% v/v glycerol), crystals appeared after five days, ...詳細: 250 nL 20 mg/mL wild-type AlfC + 250 nL mother liquor (18% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7, 20 mM sodium/potassium phosphate, 1% v/v glycerol), crystals appeared after five days, were harvested in mother liquor + 20% v/v glycerol + 10 mM alpha-L-fucose for ~1 minute, then flash-cooled

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033202 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月1日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.84 Å / Num. obs: 50905 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.6-2.685.11.29243900.4840.6191.437100
10.72-29.824.50.0357590.9980.0170.03993.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6O18

6o18


解像度: 2.6→29.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 35.369 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.65 / ESU R Free: 0.276
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2262 2486 4.9 %RANDOM
Rwork0.2078 ---
obs0.2087 48372 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 212.23 Å2 / Biso mean: 101.99 Å2 / Biso min: 56.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å2-0 Å20 Å2
2---1.92 Å2-0 Å2
3---2.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10198 0 44 13 10255
Biso mean--102.09 96.79 -
残基数----1291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01310531
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0178911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.64214343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2621.58120712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59451283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37224.378571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.214151559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.4191528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022273
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A107660.06
12B107660.06
21A108550.07
22C108550.07
31A107010.07
32D107010.07
41B107340.06
42C107340.06
51B105900.06
52D105900.06
61C106400.07
62D106400.07
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 177 -
Rwork0.367 3580 -
all-3757 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7258-0.90110.63472.5950.18782.43180.07680.3565-1.1271-0.15690.2131-0.11580.6606-0.1054-0.28980.3868-0.1237-0.08440.1579-0.09260.4636-29.297-24.195-5.824
22.0869-0.38730.98472.2743-0.4266.11630.3817-0.72160.26660.2360.1690.3111-0.7007-1.5934-0.55070.43950.01270.18860.61510.04290.1678-55.017-15.189-43.235
33.68740.2955-0.20641.345-0.04133.26840.0003-1.1965-0.07590.50030.2889-0.5527-0.00610.4557-0.28930.410.1768-0.25420.6763-0.08940.3465-8.994-6.35724.088
42.2386-0.39130.10612.83060.59015.09220.53320.0035-0.0987-0.09250.1191-0.79071.15071.8931-0.65230.65450.4026-0.20530.8586-0.24390.3155-22.574-35.187-55.079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 345
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 344
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 345
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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