PDB-6o18: Unliganded alpha-L-fucosidase AlfC from Lactobacillus casei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o18

タイトル

Unliganded alpha-L-fucosidase AlfC from Lactobacillus casei

要素

AlfC

キーワード

HYDROLASE / Fucosidase / apo

機能・相同性

Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / Glycoside hydrolase superfamily / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Lactobacillus casei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Klontz, E.H. / Sundberg, E.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and dynamics of an alpha-fucosidase reveal a mechanism for highly efficient IgG transfucosylation.
著者: Klontz, E.H. / Li, C. / Kihn, K. / Fields, J.K. / Beckett, D. / Snyder, G.A. / Wintrode, P.L. / Deredge, D. / Wang, L.X. / Sundberg, E.J.

履歴

登録	2019年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o18.cif.gz	520.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o18.ent.gz	436.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6o18_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o18_full_validation.pdf.gz	486.5 KB	表示
XML形式データ	6o18_validation.xml.gz	45.6 KB	表示
CIF形式データ	6o18_validation.cif.gz	62 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/6o18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/6o18	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6o1aC 6o1cC 6o1iC 6o1jC 6oheC 4pctS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o1i-1 6o1a-2 6ohe-2 6o1j-1 6o1j-2 6o1a-1 6o1i-2 6ohe-1 6o1j-3 6o1c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AlfC

B: AlfC

C: AlfC

D: AlfC

157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AlfC

C: AlfC

A: AlfC

C: AlfC

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, Gel filtration, native mass spectrometry, and analytical ultracentrifugation support the existence of tetramers in solution.
157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: AlfC

D: AlfC

B: AlfC

D: AlfC

登録者が定義した集合体
157 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.298, 137.119, 264.709
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	3 - 345	3 - 345
2	1	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	3 - 345	3 - 345
1	2	ASN	ASN	LEU	LEU	A	A	2 - 345	2 - 345
2	2	ASN	ASN	LEU	LEU	C	C	2 - 345	2 - 345
1	3	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	2 - 344	2 - 344
2	3	ASN	ASN	ARG	ARG	D	D	2 - 344	2 - 344
1	4	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	3 - 345	3 - 345
2	4	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	3 - 345	3 - 345
1	5	ASP	ASP	ASN	ASN	B	B	3 - 343	3 - 343
2	5	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	3 - 343	3 - 343
1	6	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	2 - 344	2 - 344
2	6	ASN	ASN	ARG	ARG	D	D	2 - 344	2 - 344

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	AlfC 分子量: 39369.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K0NB39, UniProt: A0A422MHI3*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 250 nL 20 mg/ml wild-type AlfC + 250 nL mother liquor (18% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7, 20 mM sodium/potassion phosphate, 1% v/v glycerol), crystals appeared after five days

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月1日

放射

モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→29.41 Å / Num. obs: 53160 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 291121 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.55-2.63	5.5	1.256	4566	0.557	0.58	1.387	100
10.51-29.41	5.1	0.037	805	0.998	0.017	0.04	95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.1	データスケーリング
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4PCT

4pct

解像度: 2.55→29.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 30.369 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.557 / ESU R Free: 0.283
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2422	2621	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2079	-	-	-
obs	0.2096	50495	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 187.67 Å² / B_iso mean: 91.322 Å² / B_iso min: 52.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.59 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.55→29.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10192	0	0	33	10225
B_iso mean	-	-	-	79.31	-
残基数	-	-	-	-	1300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10483
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	8857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.382	1.636	14285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.334	1.575	20546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.064	5	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.048	24.196	560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.452	15	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.176	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2284

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	11019	0.06
1	2	B	11019	0.06
2	1	A	11068	0.07
2	2	C	11068	0.07
3	1	A	10959	0.07
3	2	D	10959	0.07
4	1	B	10982	0.06
4	2	C	10982	0.06
5	1	B	10842	0.07
5	2	D	10842	0.07
6	1	C	10849	0.08
6	2	D	10849	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	195	-
R_work	0.351	3677	-
all	-	3872	-
obs	-	-	99.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1376	-0.6981	0.4937	2.2739	0.0656	2.4174	0.1128	0.3474	-0.9489	-0.154	0.1438	-0.011	0.6347	-0.0119	-0.2567	0.3087	-0.0653	-0.0865	0.1795	-0.0772	0.339	-29.398	-24.033	-5.601
2	1.7953	-0.0955	0.2668	1.9635	-0.4919	4.4807	0.32	-0.4623	0.3181	0.2896	0.1337	0.3411	-0.5135	-0.9734	-0.4538	0.3046	-0.0129	0.1613	0.4356	-0.008	0.1688	-54.819	-14.88	-43.69
3	3.0175	0.1598	-0.3454	1.6429	-0.2382	2.6405	-0.017	-0.9237	0.083	0.4592	0.1519	-0.4867	-0.1138	0.551	-0.135	0.3524	0.0986	-0.2402	0.6299	-0.0585	0.246	-9.019	-6.176	23.883
4	1.9805	-0.1309	-0.3676	2.5329	0.7377	3.5392	0.3464	-0.1528	-0.1223	0.0076	0.1067	-0.7055	0.8006	1.3496	-0.4531	0.4774	0.2865	-0.1735	0.6754	-0.1286	0.2601	-22.307	-34.917	-55.331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 345
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 345
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 345
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 344

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