PDB-6o0s: Crystal structure of the tandem SAM domains from human SARM1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o0s

タイトル

Crystal structure of the tandem SAM domains from human SARM1

要素

Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Axon degeneration

機能・相同性

機能・相同性情報

extrinsic component of synaptic membrane / negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / NADP+ nucleosidase activity / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NAD+ catabolic process / NAD+ nucleosidase activity / regulation of synapse pruning / modification of postsynaptic structure / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Horsefield, S. / Burdett, H. / Zhang, X. / Manik, M.K. / Shi, Y. / Chen, J. / Tiancong, Q. / Gilley, J. / Lai, J. / Gu, W. ...

資金援助

オーストラリア, 6件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1107804	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1160570	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1071659	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1108859	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP160102244	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	DP190102526	オーストラリア

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: NAD+cleavage activity by animal and plant TIR domains in cell death pathways.
著者: Horsefield, S. / Burdett, H. / Zhang, X. / Manik, M.K. / Shi, Y. / Chen, J. / Qi, T. / Gilley, J. / Lai, J.S. / Rank, M.X. / Casey, L.W. / Gu, W. / Ericsson, D.J. / Foley, G. / Hughes, R.O. / ...

履歴

登録	2019年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o0s.cif.gz	470.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o0s.ent.gz	393.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o0s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6o0qC 6o0rC 6o0tC 6o0uC 6o0vC 6o0wC 6o1bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o0t-d 11191 6zg1-d 6qwv-2 6qwv-1 6zg0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

B: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

C: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

D: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

E: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

F: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

G: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

H: Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1

162 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.610, 154.460, 121.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 / Sterile alpha and Armadillo repeat protein / Sterile alpha motif domain-containing protein 2 / SAM ...Sterile alpha and Armadillo repeat protein / Sterile alpha motif domain-containing protein 2 / SAM domain-containing protein 2 / Tir-1 homolog 分子量: 20296.779 Da / 分子数: 8 / 変異: L473F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SARM1, KIAA0524, SAMD2, SARM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6SZW1

#1: タンパク質

Sterile alpha and TIR motif-containing protein 1 / Sterile alpha and Armadillo repeat protein / Sterile alpha motif domain-containing protein 2 / SAM ...

分子量: 20296.779 Da / 分子数: 8 / 変異: L473F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SARM1, KIAA0524, SAMD2, SARM / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6SZW1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10.7% w/v PEG 4000, 21.4% v/v glycerol, 30 mM MgCl2 and 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→95.55 Å / Num. obs: 47692 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 44.3 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.078 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC_1/2: 0.808 / R_pim(I) all: 0.649 / R_rim(I) all: 0.936 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(DEV_3357: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→60.81 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	2444	5.13 %
R_work	0.205	-	-
obs	0.206	47615	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→60.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9202	0	0	0	9202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9374
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.62	12623
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.174	3503
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1359
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1636

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7551	0.3907	141	0.3432	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7551-2.815	0.3097	140	0.3224	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.815-2.8805	0.3123	136	0.2979	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8805-2.9526	0.3157	144	0.2698	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9526-3.0324	0.2773	123	0.2723	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0324-3.1216	0.3045	157	0.276	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1216-3.2224	0.303	144	0.2726	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2224-3.3375	0.2544	147	0.2493	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3375-3.4711	0.2637	142	0.2307	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4711-3.6291	0.221	136	0.2101	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6291-3.8204	0.2029	142	0.1899	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8204-4.0597	0.1785	124	0.1804	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0597-4.3731	0.1876	132	0.1685	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3731-4.813	0.218	149	0.1731	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
4.813-5.5091	0.2078	178	0.1794	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5091-6.9393	0.2508	170	0.2051	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
6.9393-60.821	0.1588	139	0.1497	2716	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4538	-1.2128	-2.1019	6.5678	2.7366	9.6402	0.2063	0.9823	-0.8485	0.4247	-0.4205	0.3083	1.053	-1.5703	0.0135	0.3804	-0.1335	-0.0418	0.5962	0.0279	1.1435	-69.5508	-29.4749	-18.7597
2	5.4979	-0.6278	1.6514	3.7543	-0.8848	4.2204	0.5372	-1.2857	-0.4065	-0.4381	-0.4152	1.8058	0.0205	-1.2023	-0.204	0.3393	-0.1041	0.0055	0.6145	0.1966	0.9636	-64.6115	-29.2484	-10.423
3	2.6697	0.3572	0.6043	3.1654	0.2135	2.4469	0.3765	-1.1173	-0.2518	0.608	-0.2136	0.0754	0.0215	-0.4498	-0.1196	0.404	-0.0654	-0.0226	0.6938	0.0964	0.7652	-62.8195	-22.0399	-9.0051
4	5.2166	0.2366	3.3339	3.731	1.1406	7.7816	-0.5116	-0.4239	1.0423	0.4318	0.0846	-0.9317	-1.0748	0.1476	0.2397	0.2951	-0.046	-0.1117	0.6036	-0.0359	0.937	-56.6889	-15.5956	-13.6696
5	5.363	2.4287	3.3751	1.6395	0.391	4.4698	0.1282	0.3403	-0.6606	-0.0602	-0.008	-0.1039	0.3592	0.0879	-0.1575	0.3069	-0.0163	-0.0177	0.5035	-0.057	1.0029	-59.6141	-27.6722	-25.8772
6	5.8168	0.2384	-3.1787	7.1745	2.8397	9.7816	-0.1305	-0.1064	-0.0548	-0.0286	0.1365	-0.3428	0.2448	0.6117	-0.0163	0.273	0.0126	-0.011	0.4389	0.0375	0.6857	-60.8402	-24.3347	-30.3528
7	1.9163	2.1958	1.413	3.786	2.5685	4.7926	0.4429	0.8782	-0.3278	-0.1039	-0.0795	-0.8633	-0.1291	-0.852	-0.3863	0.3705	-0.0798	-0.0736	0.8448	0.0452	0.7243	-66.9186	-19.0365	-41.076
8	2.8503	2.0876	1.6316	2.6657	-0.1279	2.5233	-0.1203	1.1393	-0.1517	0.2278	0.6388	-1.145	-1.3381	0.6899	-0.7086	0.531	0.0219	-0.0577	0.6022	-0.0902	0.9973	-57.7231	-12.0286	-35.4303
9	5.705	0.4535	1.3431	6.0231	0.6595	6.8656	-0.2549	0.908	0.2888	-0.5135	-0.0355	-0.4539	-0.1743	-0.3702	-0.0352	0.3619	0.0127	0.1208	0.7069	0.0624	0.8348	-55.2448	-19.7021	-37.7988
10	5.1289	0.1723	1.7501	3.4404	0.5724	8.5142	-0.0437	-0.7721	0.755	0.4369	-0.1481	1.1444	0.1971	-1.1009	0.4277	0.4324	-0.099	0.1512	0.5488	0.0059	1.1449	-81.2601	-2.3083	-12.3631
11	9.9686	-3.4526	4.4211	4.0995	-4.4034	9.4687	-0.2816	0.3602	1.0592	0.695	0.1575	-0.4344	-0.6753	0.5687	0.0384	0.4333	0.0269	-0.0149	0.409	-0.1169	0.8875	-67.5925	-1.0792	-12.5585
12	7.0983	-3.8003	5.7176	4.6449	-1.5264	7.5087	0.1823	-0.1043	0.6963	0.385	-0.0347	1.1825	0.3983	-0.8283	-0.1036	0.2957	-0.0686	0.016	0.4087	0.0145	0.8699	-73.5102	-10.4953	-18.3242
13	8.0439	1.5772	-3.0677	4.3173	-3.4457	3.2802	0.0362	0.053	-0.3143	-1.3906	-0.2507	1.6134	0.4771	-0.8336	0.0824	0.6096	-0.008	-0.3875	0.6964	-0.1281	1.4034	-84.2041	-4.3931	-33.7085
14	5.5471	-1.8698	-0.4438	5.5178	2.3544	5.5753	-0.3012	-0.1367	0.37	-0.648	-0.1207	1.5142	0.2079	-0.2675	0.4598	0.3193	-0.058	-0.0648	0.5118	-0.0492	1.0777	-77.9019	-4.0564	-30.7778
15	5.0657	2.6614	0.6965	5.9749	7.4333	1.9931	0.9527	-0.0958	-0.2217	-2.346	-0.0881	1.2087	-0.9419	-1.0959	-0.377	0.6661	0.0929	-0.5166	0.8383	0.2218	1.0385	-78.0763	4.2897	-41.6454
16	9.3241	-1.597	-0.5989	2.4776	-2.2298	2.5508	0.3964	0.357	1.7054	-0.2926	-0.2255	-0.361	-0.9275	2.2054	-0.1646	0.6536	-0.0688	-0.0637	0.6576	-0.0619	0.78	-66.6419	2.3163	-35.616
17	7.821	-1.6115	1.6653	6.5047	-0.3711	7.6478	0.008	0.3268	0.2717	-0.5589	-0.0695	0.0746	-0.1073	0.0908	0.4107	0.4976	-0.0181	-0.072	0.5879	-0.0407	0.9085	-70.1532	-4.6183	-38.1474
18	5.2669	4.0846	-0.4609	6.7429	-1.3177	7.9493	0.805	1.0766	-0.6176	-0.3711	-0.4017	0.2828	-1.3431	-0.3691	-0.2423	0.3854	0.151	-0.1448	0.4675	-0.0918	1.8446	-81.4113	30.951	-20.388
19	3.6905	2.1743	2.3801	2.9296	-0.5394	3.9548	-0.0379	-0.8004	0.432	0.9472	0.5335	1.793	-0.3772	-1.5715	-0.375	0.3501	-0.1156	0.1981	0.9026	-0.1515	1.7859	-81.7599	25.7313	-11.6258
20	5.0357	1.0764	1.1941	4.2606	-0.6112	6.7774	0.2806	-0.8317	0.1837	0.6272	-0.3814	0.8876	-0.088	-0.4094	0.1083	0.3785	-0.1346	0.0796	0.6445	-0.1031	1.131	-74.1765	24.5045	-10.8393
21	3.7065	0.8937	-0.8973	7.2129	-5.7448	9.8758	0.7379	-0.5227	0.3439	0.0408	-0.9618	-0.2316	0.7382	1.216	0.1745	0.4281	-0.111	-0.0711	0.6012	-0.0217	1.0875	-66.9524	17.3388	-12.4971
22	1.8551	0.5284	0.5094	2.5533	-2.0679	4.0472	-0.2491	0.038	0.7418	-0.3993	0.0205	1.3524	0.0817	-0.8306	0.1698	0.3345	-0.0248	-0.3021	0.5673	0.043	1.6689	-78.9164	20.8263	-27.0557
23	4.8056	-1.8089	1.9472	3.3946	3.7628	8.239	-0.3916	-0.4006	0.1598	-0.0502	-0.004	1.8417	0.2509	-0.7156	0.4092	0.4693	-0.0029	-0.1714	0.654	0.0844	1.474	-76.286	21.8796	-31.0389
24	6.2147	-1.6641	-2.0907	5.0749	2.8112	3.9033	-0.1859	0.524	-0.22	-1.8575	0.5613	0.1664	-1.1258	0.8091	0.2447	0.7902	-0.2057	-0.3575	0.8581	0.1984	1.292	-69.2395	28.059	-41.2252
25	8.6203	-3.7093	1.4935	2.0323	-4.2897	2.2876	0.6854	-0.2962	-0.409	-1.3402	0.6123	-0.8249	1.2739	-0.194	-1.1079	0.5349	-0.015	-0.1854	0.6609	0.1042	1.1171	-62.7728	19.2625	-35.7691
26	4.733	6.772	2.2221	9.6303	3.4625	3.2221	0.1178	-0.2229	0.8296	1.1081	0.3015	-0.1427	-0.5356	-0.08	-0.4421	0.7145	0.096	-0.1356	0.662	0.1322	1.2052	-67.5564	17.5856	-30.3693
27	7.1416	-1.4167	-0.9443	6.1166	-6.6178	9.705	0.137	0.6173	-0.0514	-1.1512	-0.3919	0.221	-0.2499	0.3732	0.1589	0.9559	-0.0883	-0.3494	0.5281	0.0212	1.1036	-71.5333	15.9538	-41.6051
28	5.9486	1.8274	-4.328	8.1334	-3.8191	8.9283	0.6159	-0.4164	1.6529	0.6466	0.0033	0.3936	-0.8189	-0.0406	-0.4349	0.4118	-0.0575	0.058	0.6501	-0.202	1.3191	-56.2848	43.9909	-10.7012
29	3.6712	2.5448	-2.16	2.8809	-1.6581	2.7573	0.0482	-0.3929	0.3959	0.1731	0.0349	0.3207	-0.2181	-0.1022	-0.1061	0.3198	-0.0179	0.0372	0.5178	-0.0891	1.0659	-56.5713	35.1597	-15.9293
30	5.3436	0.2275	-0.5645	2.4456	-0.0023	3.865	0.2687	0.687	0.7474	-0.2345	0.1999	0.3327	-0.1432	-0.0299	-0.4101	0.3421	0.0147	-0.0112	0.6379	0.2042	1.2641	-53.2672	40.3521	-34.5109
31	6.4793	0.2797	0.7129	6.7212	-3.3393	2.2957	0.1013	0.5089	-0.2545	-0.5229	0.0758	0.2481	0.3889	0.2969	-0.4338	0.378	-0.0386	-0.112	0.7068	0.0743	1.2058	-56.2828	32.2851	-37.9155
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48	4.7903	-1.2905	1.2977	5.3119	4.6179	5.502	0.9195	0.3437	0.6392	-1.3228	-0.3766	-0.083	-1.1233	-1.7735	-0.6151	0.5757	0.03	0.0766	0.6778	0.0544	0.8248	-27.5893	-6.1904	-35.3923
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53	7.5424	-1.0502	-0.7425	4.27	-0.6879	5.7929	0.2006	0.5304	-0.7972	-0.2625	0.1357	-0.1869	0.3341	-0.1441	-0.2122	0.3048	0.0122	-0.0542	0.5582	-0.2275	1.0742	-37.0014	-27.4547	-33.9793
54	5.3189	-0.8648	0.2624	8.5196	1.3338	5.5483	0.4537	0.5739	0.1372	-0.7951	-0.0763	-0.1484	-0.3104	0.3134	-0.6283	0.3605	0.0003	0.0258	0.6716	-0.1016	0.9051	-34.1673	-19.2208	-37.7731

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 406 through 413 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 414 through 423 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 424 through 443 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 444 through 459 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 460 through 495 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 496 through 508 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 509 through 517 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 518 through 525 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 526 through 545 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 406 through 445 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 446 through 459 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 460 through 475 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 476 through 495 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 496 through 508 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 509 through 517 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 518 through 525 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 526 through 545 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 406 through 413 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 414 through 423 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 424 through 445 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 446 through 459 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 460 through 495 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 496 through 507 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 508 through 517 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 518 through 525 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 526 through 531 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 532 through 545 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 407 through 435 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 436 through 476 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 477 through 525 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 526 through 545 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 406 through 445 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 446 through 476 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 477 through 517 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 518 through 531 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 532 through 545 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 406 through 443 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 444 through 459 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 460 through 475 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 476 through 525 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 526 through 545 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 406 through 413 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resid 414 through 435 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 436 through 459 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 460 through 495 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 496 through 507 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 508 through 517 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 518 through 525 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'G' and (resid 526 through 531 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 532 through 545 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'H' and (resid 406 through 435 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 436 through 475 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 476 through 525 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 526 through 545 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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