+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6o0g | ||||||
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Title | M.tb MenD bound to Intermediate I and Inhibitor | ||||||
Components | 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase | ||||||
Keywords | transferase/transferase inhibitor / menaquinone biosynthesis / ThDP dependent / decarboxylation / C-C bond ligation / Inhibitor complex / SEPHCHC synthase / MenD / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Johnston, J.M. / Bashiri, G. / Bulloch, E.M.M. / Jirgis, E.M.N. / Chuang, H. / Nigon, L.V. / Baker, E.N. | ||||||
Funding support | New Zealand, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: Allosteric regulation of menaquinone (vitamin K2) biosynthesis in the human pathogenMycobacterium tuberculosis. Authors: Bashiri, G. / Nigon, L.V. / Jirgis, E.N.M. / Ho, N.A.T. / Stanborough, T. / Dawes, S.S. / Baker, E.N. / Bulloch, E.M.M. / Johnston, J.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6o0g.cif.gz | 791.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6o0g.ent.gz | 649.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6o0g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6o0g_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6o0g_full_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | |
Data in XML | 6o0g_validation.xml.gz | 77.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6o0g_validation.cif.gz | 106.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0g | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6o04C 6o0jC 6o0nC 5esuS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ADBC
#1: Protein | Mass: 60068.945 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: menD, Rv0555 Production host: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (bacteria) References: UniProt: P9WK11, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase |
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-Non-polymers , 10 types, 448 molecules
#2: Chemical | ChemComp-DNA / #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Chemical | ChemComp-AKG / | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-CL / | #9: Chemical | ChemComp-PGE / | #10: Chemical | ChemComp-GOL / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Nonpolymer details | The ligand TOG is a covalent cofactor intermediate. The form is more tetrahedral around the C21 ...The ligand TOG is a covalent cofactor intermediate. The form is more tetrahedral around the C21 carbon that the restraints dictionary accounts for. Please release these planar restraints for proper refinement. |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: HEPES/MOPS, PEG 4K, CA mix, glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2016 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→48.39 Å / Num. obs: 98344 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.284 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.294 / Net I/σ(I): 11.6 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ESU Resolution: 2.4→48.327 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 26.25
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.1 Å2 / Biso mean: 52.4888 Å2 / Biso min: 20.15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→48.327 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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