PDB-6nyr: The crystal structure of CroV588 a novel circular LRR protein str...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nyr

タイトル

The crystal structure of CroV588 a novel circular LRR protein structure

要素

Crov588

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Leucine rich repeat

機能・相同性

FNIP / : / FNIP Repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Crov588

機能・相同性情報

生物種

Cafeteriavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.431 Å

データ登録者

Huyton, T. / Jaiswal, M. / Gorlich, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of CroV588 a novel circular LRR protein structure
著者: Huyton, T. / Jaiswal, M. / Gorlich, D.

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nyr.cif.gz	797.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nyr.ent.gz	681.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nyr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nyr_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nyr_full_validation.pdf.gz	455 KB	表示
XML形式データ	6nyr_validation.xml.gz	54.2 KB	表示
CIF形式データ	6nyr_validation.cif.gz	79.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6nyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/6nyr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nysC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nys-2 6nys-1 3lys-d 5g4q-1 1b8h-d 1czd-d 4s3i-1 6fvo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Crov588

B: Crov588

ヘテロ分子

157 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Crov588

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
78.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Crov588

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.403, 172.620, 92.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.79, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Crov588 分子量: 78274.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cafeteriavirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4D6WFR4*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 814 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: Bipyrimidal Diamond
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Mes pH 6.0, 20% PEG3000, 0.1M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.431→49.09 Å / Num. obs: 76163 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 11.59
反射シェル	解像度: 2.431→2.518 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.431→49.09 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2568	3806	5 %
R_work	0.2204	-	-
obs	0.2222	76130	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.431→49.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11058	0	30	814	11902

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11406
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.67	15532
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.397	6725
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1777
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4308-2.4616	0.3294	125	0.3151	2382	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4616-2.494	0.3204	142	0.2905	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.5281	0.276	142	0.2781	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5281-2.5643	0.3323	141	0.2749	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5643-2.6025	0.3048	142	0.2608	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6025-2.6432	0.2838	141	0.2642	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6432-2.6865	0.2766	140	0.2781	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6865-2.7328	0.3371	141	0.2687	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7328-2.7825	0.2656	141	0.2631	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7825-2.8361	0.3221	143	0.264	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8361-2.8939	0.2833	139	0.2591	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8939-2.9569	0.2778	142	0.2484	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9569-3.0256	0.2556	142	0.2451	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0256-3.1013	0.2982	141	0.2426	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1013-3.1851	0.2944	141	0.2494	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1851-3.2788	0.3342	143	0.2579	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2788-3.3846	0.3041	140	0.2361	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3846-3.5056	0.2703	142	0.2356	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5056-3.6459	0.2306	142	0.2136	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6459-3.8118	0.2501	141	0.2092	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8118-4.0126	0.2354	143	0.2051	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0126-4.2639	0.214	140	0.1763	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2639-4.5929	0.189	142	0.1642	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5929-5.0547	0.2239	143	0.1891	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0547-5.7851	0.2312	142	0.1897	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7851-7.2848	0.2238	142	0.2012	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2848-49.0998	0.2796	143	0.227	2722	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.387	-0.2713	-0.0288	0.4819	0.3203	1.5736	-0.049	0.0052	0.0692	0.0617	0.0113	-0.1729	-0.0071	0.1431	0.0577	0.4403	-0.0396	-0.008	0.471	0.0329	0.4974	-5.3185	17.3178	32.4126
2	0.9845	-0.162	0.6211	0.9266	-0.5771	1.3997	0.0701	0.0088	-0.0338	-0.0471	-0.0071	-0.131	0.0999	-0.0299	-0.0564	0.361	0.0142	0.0325	0.4346	-0.0005	0.5225	4.816	-24.0763	22.8851
3	1.7698	0.4459	-0.1889	1.0878	-0.1675	1.7897	0.0181	0.2864	0.2099	-0.0347	0.0577	-0.2538	-0.2193	0.2449	-0.1231	0.5359	-0.0258	0.0359	0.6011	-0.0337	0.5376	-27.7732	-59.5384	-5.2655
4	0.6721	0.1705	-0.2812	0.7366	0.7708	1.3059	0.0092	-0.0561	-0.1539	0.2659	-0.0642	-0.0707	0.2297	0.0631	0.0153	0.5572	0.0005	-0.0647	0.4086	0.0596	0.39	-36.5359	-66.6948	34.2421
5	0.7505	0.2452	-0.5895	1.0107	-0.472	1.2869	0.0772	0.0664	0.1061	0.068	-0.0158	-0.1003	-0.1806	0.0128	-0.0713	0.3758	-0.0023	0.0086	0.4207	0.0214	0.5045	-27.8593	-21.7528	25.8316

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 411 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 412 through 681 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 191 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 192 through 411 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 412 through 680 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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