- PDB-6nyq: Crystal structure of glycosylated lysosomal membrane protein (GLM... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 6nyq
タイトル
Crystal structure of glycosylated lysosomal membrane protein (GLMP) luminal domain bound to a Fab fragment
要素
1H3 Fab heavy chain
1H3 Fab light chain
Glycosylated lysosomal membrane protein
キーワード
IMMUNE SYSTEM / lysosome / luminal domain
機能・相同性
機能・相同性情報
protein localization to lysosome / lysosome / protein stabilization / lysosomal membrane / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 71330 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル
解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / CC1/2: 0.611 / Rsym value: 0.672 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0158
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.985 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS