+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ny9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Alpha/beta hydrolase domain-containing protein 10 from mouse | ||||||
![]() | Mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase, mitochondrial | ||||||
![]() | HYDROLASE / Alpha/beta hydrolase / Depalmitoylase / Mitochondria | ||||||
機能・相同性 | ![]() mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase / mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase activity / Glucuronidation / protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / : / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cao, Y. / Rice, P.A. / Dickinson, B.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: ABHD10 is an S-depalmitoylase affecting redox homeostasis through peroxiredoxin-5. 著者: Cao, Y. / Qiu, T. / Kathayat, R.S. / Azizi, S.A. / Thorne, A.K. / Ahn, D. / Fukata, Y. / Fukata, M. / Rice, P.A. / Dickinson, B.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 194.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 131.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 439.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3llcS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27821.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6PE15, mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.91 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.4 詳細: 0.08 M strontium chloride hexahydrate, 0.04 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.4, 25% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.012 M spermine tetrahydrochloride PH範囲: 6.0-6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.657→56.46 Å / Num. obs: 52270 / % possible obs: 92.82 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 16.57 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1082 / Net I/σ(I): 20.82 |
反射 シェル | 解像度: 1.657→1.717 Å / 冗長度: 12.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4994 / CC1/2: 0.686 / % possible all: 76.98 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3LLC 解像度: 1.66→56.46 Å / SU ML: 0.1917 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.0141
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→56.46 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 29.4150756586 Å / Origin y: -34.2369923944 Å / Origin z: 17.0271591659 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: all |