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- PDB-6ny9: Alpha/beta hydrolase domain-containing protein 10 from mouse -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ny9
タイトルAlpha/beta hydrolase domain-containing protein 10 from mouse
要素Mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Alpha/beta hydrolase / Depalmitoylase / Mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase / mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase activity / Glucuronidation / protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / : / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
STRONTIUM ION / Palmitoyl-protein thioesterase ABHD10, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Cao, Y. / Rice, P.A. / Dickinson, B.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM119840 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: ABHD10 is an S-depalmitoylase affecting redox homeostasis through peroxiredoxin-5.
著者: Cao, Y. / Qiu, T. / Kathayat, R.S. / Azizi, S.A. / Thorne, A.K. / Ahn, D. / Fukata, Y. / Fukata, M. / Rice, P.A. / Dickinson, B.C.
履歴
登録2019年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2906
ポリマ－27,8211
非ポリマー4695
水3,693205
1
B: Mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: Mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase, mitochondrial
ヘテロ分子

B: Mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,87018
ポリマ－83,4643
非ポリマー1,40615
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area29940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.388, 99.388, 149.597
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-305-

SR

21B-405-

HOH

31B-600-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase, mitochondrial / Alpha/beta hydrolase domain-containing protein 10 / Abhydrolase domain-containing protein 10


分子量: 27821.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abhd10 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q6PE15, mycophenolic acid acyl-glucuronide esterase
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.91 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.4
詳細: 0.08 M strontium chloride hexahydrate, 0.04 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.4, 25% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.012 M spermine tetrahydrochloride
PH範囲: 6.0-6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.657→56.46 Å / Num. obs: 52270 / % possible obs: 92.82 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 16.57 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1082 / Net I/σ(I): 20.82
反射 シェル解像度: 1.657→1.717 Å / 冗長度: 12.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4994 / CC1/2: 0.686 / % possible all: 76.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13-2998位相決定
Coot0.8.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LLC

3llc


解像度: 1.66→56.46 Å / SU ML: 0.1917 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.0141
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2188 1879 3.86 %
Rwork0.1954 --
obs0.1963 48620 92.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→56.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1954 0 12 205 2171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0342714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067343
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.50681209
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.66-1.70.35341180.3092880X-RAY DIFFRACTION75.98
1.7-1.750.35141220.29473052X-RAY DIFFRACTION80.21
1.75-1.810.25311220.28093098X-RAY DIFFRACTION81.58
1.81-1.870.27171380.23773395X-RAY DIFFRACTION88.9
1.87-1.950.27771470.23383499X-RAY DIFFRACTION91.89
1.95-2.040.23061450.20483607X-RAY DIFFRACTION94.68
2.04-2.140.23161490.19793747X-RAY DIFFRACTION97.42
2.14-2.280.19421480.19373721X-RAY DIFFRACTION96.89
2.28-2.460.18481540.18413817X-RAY DIFFRACTION98.71
2.46-2.70.20051540.18183848X-RAY DIFFRACTION99.43
2.7-3.090.17821570.1783917X-RAY DIFFRACTION99.78
3.09-3.90.19111580.16393951X-RAY DIFFRACTION99.73
3.9-74.680.23161670.18944209X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.4150756586 Å / Origin y: -34.2369923944 Å / Origin z: 17.0271591659 Å
111213212223313233
T0.0840196755691 Å2-0.0177117528344 Å20.0195104481202 Å2-0.166980730707 Å2-0.01372011656 Å2--0.117167095443 Å2
L1.25373227372 °20.117727781811 °20.617945279542 °2-1.42996274185 °20.0097615648983 °2--1.82174236856 °2
S-0.0540392989986 Å °-0.117346249124 Å °0.0370595617151 Å °0.0557155182448 Å °0.0151882969493 Å °0.158560768983 Å °0.006794386401 Å °-0.270239267195 Å °0.0242724436552 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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