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万見
- PDB-3g64: Crystal structure of putative enoyl-CoA hydratase from Streptomyc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g64
タイトルCrystal structure of putative enoyl-CoA hydratase from Streptomyces coelicolor A3(2)
要素Putative enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE / alpha-beta structure / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-CoA hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor A3
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kim, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Enoyl-CoA Hydratase from Streptomyces coelicolor A3(2)
著者: Kim, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative enoyl-CoA hydratase
B: Putative enoyl-CoA hydratase
C: Putative enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,64111
ポリマ－89,9793
非ポリマー6618
水12,737707
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11770 Å2
ΔGint-94.3 kcal/mol
Surface area31630 Å2
手法PISA
2
A: Putative enoyl-CoA hydratase
B: Putative enoyl-CoA hydratase
C: Putative enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子

A: Putative enoyl-CoA hydratase
B: Putative enoyl-CoA hydratase
C: Putative enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,28222
ポリマ－179,9596
非ポリマー1,32316
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area37090 Å2
ΔGint-271 kcal/mol
Surface area49710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.167, 191.297, 93.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Putative enoyl-CoA hydratase


分子量: 29993.154 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-termiinal 6-His-tag with a TEV protease cut-site
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア)
株: A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO5979, SCBAC16H6.14, STBAC16H6.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93JE8

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非ポリマー , 5種, 715分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 707 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 2.5M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→49.6 Å / Num. all: 123443 / Num. obs: 123443 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.807 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3059 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ収集
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→49.6 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: isotropic/anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: All Bijvoet pairs were counted independently in the refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 6208 5.03 %random
Rwork0.154 ---
all0.156 123443 --
obs0.156 123443 97.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.445 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.1065 Å20 Å20 Å2
2---5.3979 Å20 Å2
3----6.7086 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6166 0 34 707 6907
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes_refined0.0006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_1_deg17.19
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.05-2.07340.31491800.26473530371087
2.0734-2.09780.29591660.23913485365188
2.0978-2.12340.25931960.22923615381190
2.1234-2.15020.25391730.21883704387791
2.1502-2.17850.2171870.20243708389593
2.1785-2.20840.2522040.20493734393894
2.2084-2.23990.26621830.20813843402695
2.2399-2.27340.25692020.19363910411297
2.2734-2.30890.22282190.19223878409798
2.3089-2.34670.24722040.19133993419799
2.3467-2.38720.22582100.18113946415699
2.3872-2.43060.19172210.17323984420599
2.4306-2.47730.21312180.1613981419999
2.4773-2.52790.18951880.15983995418399
2.5279-2.58290.22262260.16043963418999
2.5829-2.6430.19951970.16583969416699
2.643-2.7090.22212310.169939794200100
2.709-2.78230.20162080.153640064214100
2.7823-2.86420.19242360.152739844220100
2.8642-2.95660.19041910.161639994190100
2.9566-3.06220.20192070.154539994206100
3.0622-3.18480.2212320.154540174249100
3.1848-3.32970.17292420.142139564198100
3.3297-3.50530.20152280.143140054233100
3.5053-3.72480.15982310.127239844215100
3.7248-4.01230.1652040.120740064210100
4.0123-4.41580.14862240.107540114235100
4.4158-5.05430.14742030.112640234226100
5.0543-6.36570.20152260.149939714197100
6.3657-49.6610.1591710.155940574228100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1918-0.1734-0.02160.54-0.02960.47310.0017-0.0428-0.06260.08820.03990.0676-0.0566-0.1338-0.03530.09520.03250.04790.13810.02850.101245.928124.158542.5268
20.58850.0967-0.1375-0.0139-0.0420.69570.0492-0.03570.12530.10970.03260.0005-0.59210.049-0.0790.39-0.0610.04220.0791-0.04360.140463.22652.905837.5713
3-0.11870.23940.06580.61820.01660.6858-0.02520.0114-0.09580.06090.0449-0.1019-0.01880.2603-0.0288-0.0066-0.0313-0.02750.139-0.0170.09578.221423.127133.1505
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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