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- PDB-6nxx: Crystal structure of Arabidopsis thaliana cytosolic triosephospha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nxx
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana cytosolic triosephosphate isomerase C218K mutant
要素Triosephosphate isomerase, cytosolic
キーワードISOMERASE / Triosephosphate isomerase Crystal structure mutant dimer redox regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type cell wall / plasmodesma / apoplast / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / plant-type vacuole / chloroplast stroma / response to zinc ion / chloroplast / gluconeogenesis ...plant-type cell wall / plasmodesma / apoplast / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / plant-type vacuole / chloroplast stroma / response to zinc ion / chloroplast / gluconeogenesis / glycolytic process / copper ion binding / mitochondrion / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase, cytosolic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Jimenez-Sandoval, P. / Fuentes-Pascacio, A. / Diaz-Quezada, C. / Torres-Larios, A. / Brieba, L.G.
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the modulation of plant cytosolic triosephosphate isomerase activity by mimicry of redox-based modifications.
著者: Castro-Torres, E. / Jimenez-Sandoval, P. / Romero-Romero, S. / Fuentes-Pascacio, A. / Lopez-Castillo, L.M. / Diaz-Quezada, C. / Fernandez-Velasco, D.A. / Torres-Larios, A. / Brieba, L.G.
履歴
登録2019年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase, cytosolic
B: Triosephosphate isomerase, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0774
ポリマ－55,0312
非ポリマー462
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.410, 92.560, 97.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase, cytosolic / Triose-phosphate isomerase


分子量: 27515.355 Da / 分子数: 2 / 変異: C218K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CTIMC, At3g55440, T22E16.100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P48491, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.03 M Diethylene glycol; 0.03 M Triethylene glycol; 0.03 M Tetraethylene glycol; 0.03 M Pentaethyleneglycol, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 12.5 % v/v MPD; 12.5 % PEG 1000; 12.5 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月26日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→67.41 Å / Num. obs: 75395 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 17.31 Å2 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.64→1.66 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OBT

4obt


解像度: 1.64→67.02 Å / SU ML: 0.1477 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.9051
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2055 3764 4.99 %0.05
Rwork0.1807 ---
obs0.1819 75395 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→67.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3708 0 2 438 4148
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00533852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.725255
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0515606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.37973043
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.660.29611260.23142579X-RAY DIFFRACTION97.79
1.66-1.680.27531290.22322607X-RAY DIFFRACTION98.88
1.68-1.70.21891320.21172607X-RAY DIFFRACTION99.42
1.7-1.730.23411530.20012610X-RAY DIFFRACTION99.42
1.73-1.750.24371330.20352608X-RAY DIFFRACTION99.31
1.75-1.780.26021330.20332625X-RAY DIFFRACTION99.35
1.78-1.810.2341520.20342609X-RAY DIFFRACTION99.35
1.81-1.840.20931290.19892618X-RAY DIFFRACTION99.53
1.84-1.870.21771390.19192637X-RAY DIFFRACTION99.53
1.87-1.910.2011400.18592624X-RAY DIFFRACTION99.68
1.91-1.950.26631370.18432617X-RAY DIFFRACTION99.67
1.95-1.990.20461460.18162623X-RAY DIFFRACTION99.78
1.99-2.040.22921240.1812669X-RAY DIFFRACTION99.82
2.04-2.090.2441430.18962620X-RAY DIFFRACTION99.86
2.09-2.140.2121380.18452663X-RAY DIFFRACTION99.89
2.14-2.210.21561460.18272636X-RAY DIFFRACTION99.93
2.21-2.280.21131330.17672651X-RAY DIFFRACTION99.93
2.28-2.360.19691480.17442637X-RAY DIFFRACTION99.96
2.36-2.450.19211320.17782660X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.570.2311470.17922677X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.70.20461370.18252681X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.870.21251410.18292670X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.090.19071400.18682694X-RAY DIFFRACTION99.96
3.09-3.40.19511450.18162687X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.90.19921400.17532713X-RAY DIFFRACTION100
3.9-4.910.15831440.1512748X-RAY DIFFRACTION100
4.91-67.080.19141570.17742861X-RAY DIFFRACTION99.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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