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- PDB-6nxg: Crystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nxg
タイトルCrystal structure of glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase from Plasmodium vivax in complex with inhibitor 303a
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Aminopeptidase - #170 / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-L7Y / TETRADECANOYL-COA / OXAMIC ACID / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Staker, B.L. / Mayclin, S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI137815 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Identification of Selective Inhibitors ofPlasmodiumN-Myristoyltransferase by High-Throughput Screening.
著者: Harupa, A. / De Las Heras, L. / Colmenarejo, G. / Lyons-Abbott, S. / Reers, A. / Caballero Hernandez, I. / Chung, C.W. / Charter, D. / Myler, P.J. / Fernandez-Menendez, R.M. / Calderon, F. / ...著者: Harupa, A. / De Las Heras, L. / Colmenarejo, G. / Lyons-Abbott, S. / Reers, A. / Caballero Hernandez, I. / Chung, C.W. / Charter, D. / Myler, P.J. / Fernandez-Menendez, R.M. / Calderon, F. / Palomo, S. / Rodriguez, B. / Berlanga, M. / Herreros-Aviles, E. / Staker, B.L. / Fernandez Alvaro, E. / Kaushansky, A.
履歴
登録2019年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,09919
ポリマ－141,7533
非ポリマー4,34616
水30,3911687
1
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8807
ポリマ－47,2511
非ポリマー1,6296
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8537
ポリマ－47,2511
非ポリマー1,6026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3675
ポリマ－47,2511
非ポリマー1,1164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.420, 119.030, 175.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / PlviB.18219.a.FR2


分子量: 47250.945 Da / 分子数: 3 / 変異: 27-410 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (strain Salvador I) (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVX_085815 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A5K1A2, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase

-
非ポリマー , 8種, 1703分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#5: 化合物 ChemComp-L7Y / 5-(4-chlorophenyl)-3-({[3-(morpholine-4-carbonyl)phenyl]amino}methyl)pyridin-2(1H)-one


分子量: 423.892 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22ClN3O3
#6: 化合物 ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S
#7: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PlviB.18219.a.FR2.PS38192 at 13.5 mg/mL was incubated with final concentrations of 0.8 mM Myristoyl-CoA and 0.8 mM compound at 4C for 30 min, then mixed with 1:1 with 0.06M Magnesium chloride ...詳細: PlviB.18219.a.FR2.PS38192 at 13.5 mg/mL was incubated with final concentrations of 0.8 mM Myristoyl-CoA and 0.8 mM compound at 4C for 30 min, then mixed with 1:1 with 0.06M Magnesium chloride hexahydrate: 0.0.06M Calcium chloride dihydrate, 0.1M Tris (base): BICINE 49 % of Precipitant Mix 1 (40% (v/v) PEG 500-MME: 20 % (w/v) PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→49.29 Å / Num. obs: 158878 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 18.869 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 14.82
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 11632 / CC1/2: 0.873 / Rrim(I) all: 0.589 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ynd

2ynd


解像度: 1.6→49.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 2.75 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17409 7923 5 %RANDOM
Rwork0.14911 ---
obs0.15037 150955 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 12.489 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→49.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9463 0 277 1687 11427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01310275
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.65713992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3681.58222090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.91651225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.68923.006539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.178151792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4561545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6010.9144696
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6010.9144695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0691.3685893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0691.3685894
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7661.0045579
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.7661.0045580
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.2341.478066
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.71212.35112228
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.71212.35312229
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 558 -
Rwork0.205 11063 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4755-0.0396-0.06550.2393-0.00330.18450.00330.0236-0.0304-0.0038-0.0017-0.00220.0102-0.0121-0.00160.0064-0.0013-0.00590.0041-0.00190.0084-25.898123.1157-18.8905
20.63350.13810.00210.19010.00040.1909-0.00160.0291-0.0137-0.00450.0022-0.01210.0110.0003-0.00050.00320.00420.00050.00870.0010.0049-13.559943.8619-52.1838
30.6725-0.0418-0.01550.26940.05990.1542-0.0163-0.0619-0.03250.01660.0151-0.0050.00860.01410.00110.00520.00130.00080.01360.00890.0079-4.988770.8411-8.6991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 410
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 503
3X-RAY DIFFRACTION2B26 - 410
4X-RAY DIFFRACTION2B501 - 502
5X-RAY DIFFRACTION3C27 - 410

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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