PDB-6nx5: Crystal structure of the RRM domain of S. pombe Puf1 in the P21 s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nx5

タイトル

Crystal structure of the RRM domain of S. pombe Puf1 in the P21 space group

要素

Pumilio domain-containing protein C56F2.08c

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / the RRM domain

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / P-body / cytoplasmic stress granule / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.554 Å

データ登録者

Qiu, C. / Hall, T.M.T.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Distinct RNA-binding modules in a single PUF protein cooperate to determine RNA specificity.
著者: Qiu, C. / Dutcher, R.C. / Porter, D.F. / Arava, Y. / Wickens, M. / Hall, T.M.T.

履歴

登録	2019年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nx5.cif.gz	134.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nx5.ent.gz	104.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nx5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nx5_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nx5_full_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示
XML形式データ	6nx5_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	6nx5_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/6nx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/6nx5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nwwC 6ny5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nuk-d 4hc6-d 1m8j-d 3ec6-d 2w4d-1 4nun-d 5sv2-d 2vo9-1 6d82-2 3x1o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pumilio domain-containing protein C56F2.08c

B: Pumilio domain-containing protein C56F2.08c

C: Pumilio domain-containing protein C56F2.08c

D: Pumilio domain-containing protein C56F2.08c

ヘテロ分子

35.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pumilio domain-containing protein C56F2.08c

B: Pumilio domain-containing protein C56F2.08c

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
17.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Pumilio domain-containing protein C56F2.08c

D: Pumilio domain-containing protein C56F2.08c

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.854, 37.592, 73.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.200, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pumilio domain-containing protein C56F2.08c / Puf1 分子量: 8861.899 Da / 分子数: 4 / 断片: RRM domain (UNP residues 1-79) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: SPBC56F2.08c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60059
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 15% w/v PEG3350, 0.1 M MES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月18日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 36421 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 0.904 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 201031

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.55-1.58	5	0.549	1655	0.843	0.26	0.61	0.858	90.9
1.58-1.61	5.2	0.468	1789	0.879	0.222	0.52	0.873	96.7
1.61-1.64	5.4	0.44	1778	0.882	0.207	0.488	0.856	96.9
1.64-1.67	5.5	0.383	1862	0.917	0.179	0.424	0.889	99.9
1.67-1.71	5.6	0.323	1796	0.939	0.15	0.357	0.89	97.7
1.71-1.75	5.6	0.259	1809	0.956	0.12	0.287	0.958	100
1.75-1.79	5.6	0.215	1826	0.968	0.1	0.238	0.936	98.2
1.79-1.84	5.6	0.184	1832	0.974	0.085	0.203	1	100
1.84-1.89	5.6	0.156	1822	0.981	0.072	0.172	1.047	98.8
1.89-1.95	5.6	0.128	1851	0.985	0.059	0.141	1.036	100
1.95-2.02	5.7	0.11	1820	0.987	0.05	0.121	1.047	99.2
2.02-2.1	5.6	0.096	1867	0.988	0.044	0.106	1.034	99.5
2.1-2.2	5.6	0.083	1836	0.991	0.038	0.092	0.969	99.9
2.2-2.32	5.7	0.075	1853	0.992	0.034	0.082	0.891	99.8
2.32-2.46	5.6	0.071	1854	0.992	0.032	0.078	0.874	99.9
2.46-2.65	5.6	0.068	1858	0.992	0.031	0.075	0.869	99.9
2.65-2.92	5.6	0.063	1877	0.992	0.029	0.069	0.826	99.9
2.92-3.34	5.6	0.058	1872	0.994	0.027	0.064	0.727	99.8
3.34-4.21	5.5	0.054	1865	0.993	0.026	0.06	0.717	98.6
4.21-50	5	0.056	1699	0.991	0.029	0.063	0.739	87.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.554→38.222 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2313	2009	6.01 %
R_work	0.1927	31394	-
obs	0.195	33403	89.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.84 Å² / B_iso mean: 24.5852 Å² / B_iso min: 2.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.554→38.222 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2325	0	8	231	2564
B_iso mean	-	-	34.5	30.61	-
残基数	-	-	-	-	309

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5537-1.5925	0.2279	79	0.2028	1242	1321	51
1.5925-1.6356	0.2362	110	0.2116	1593	1703	64
1.6356-1.6837	0.2589	105	0.2106	1864	1969	74
1.6837-1.7381	0.2485	145	0.2096	2055	2200	83
1.7381-1.8002	0.2397	142	0.2084	2306	2448	92
1.8002-1.8723	0.2702	157	0.2159	2458	2615	99
1.8723-1.9575	0.237	164	0.2053	2468	2632	99
1.9575-2.0607	0.2321	147	0.1972	2519	2666	99
2.0607-2.1898	0.2219	164	0.1936	2460	2624	100
2.1898-2.3588	0.2536	161	0.1941	2508	2669	100
2.3588-2.5961	0.2337	160	0.1977	2510	2670	100
2.5961-2.9717	0.2674	165	0.1971	2523	2688	100
2.9717-3.7435	0.1939	161	0.174	2534	2695	100
3.7435-38.2336	0.2184	149	0.1797	2354	2503	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.837	0.0939	-0.0531	0.5888	0.0178	0.4722	0.0366	-0.0216	0.102	-0.1308	-0.0012	0.4987	0.0096	-0.2863	-0.0213	0.0089	-0.0319	-0.0989	0.1145	0.013	0.298	-16.9451	6.4585	-7.3454
2	0.9544	0.0633	0.6782	1.3876	0.142	0.9154	-0.0795	0.147	0.054	-0.4502	-0.0171	0.108	0.0277	-0.0158	0.0406	0.1327	-0.0067	-0.0197	0.0506	-0.0008	0.0341	-5.0936	19.5454	-13.0153
3	2.9718	0.0381	-0.8841	2.3904	0.8689	2.909	-0.1264	0.0075	-0.2412	-0.5029	0.0021	-0.3889	0.3091	-0.025	0.0787	0.2194	-0.0132	0.0612	0.0934	-0.0109	0.1404	-39.0704	-3.5936	-23.0704
4	2.1101	-1.6108	-1.0643	1.3263	0.4367	2.1442	-0.08	0.2287	0.0967	-0.6439	0.0988	-0.9014	-0.0806	0.3141	-0.431	0.3939	-0.0157	0.2751	0.1987	-0.0334	0.3852	-25.5086	9.5032	-29.9412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid -3 through 79)	A	-3 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid -1 through 75)	B	-1 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 0 through 75)	C	0 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 0 through 74)	D	0 - 74

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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