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- PDB-6nwb: PYL10 bound to the selective agonist hexabactin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nwb
タイトルPYL10 bound to the selective agonist hexabactin
要素Abscisic acid receptor PYL10
キーワードPLANT PROTEIN / PYR/PYL/RCAR / PYL10 / HORMONE RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


: / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L6V / Abscisic acid receptor PYL10
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.003 Å
データ登録者Peterson, F.C. / Vaidya, A. / Jensen, D.R. / Volkman, B.F. / Cutler, S.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)12581750 米国
National Science Foundation (NSF, United States)165689 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PYL10 bound to the selective agonist hexabactin
著者: Elzinga, D. / Vaidya, A.S. / Peterson, F.C. / Park, S.Y. / Volkman, B.F. / Okamoto, M. / Cutler, S.R.
履歴
登録2019年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYL10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7642
ポリマ－17,3761
非ポリマー3891
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.910, 65.910, 65.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-374-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL10 / ABI1-binding protein 8 / PYR1-like protein 10 / Regulatory components of ABA receptor 4


分子量: 17375.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PYL10, RCAR4, At4g27920, T13J8.30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8H1R0
#2: 化合物 ChemComp-L6V / N-{[(4-cyanophenyl)methyl]sulfonyl}-1-(thiophen-3-yl)cyclohexane-1-carboxamide


分子量: 388.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N2O3S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: Well solution was composed of 0.1 M MMT buffer pH 6.0 plus 25% w/v PEG 1500. Crystals were flash frozen in well solution plus 15% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 10999 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 20.8 % / Biso Wilson estimate: 32.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 37.1
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 16.6 / Num. unique obs: 435 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.265 / % possible all: 78.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.77 Å42.9 Å
Translation5.77 Å42.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RT0

3rt0


解像度: 2.003→42.898 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2242 1095 9.96 %
Rwork0.1736 --
obs0.1788 10999 96.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.95 Å2 / Biso mean: 40.1925 Å2 / Biso min: 16.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.003→42.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 26 83 1326
Biso mean--39.19 44.4 -
残基数----156
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9681740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.243807
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0027-2.09390.26081270.18861179130694
2.0939-2.20430.27821360.18391202133896
2.2043-2.34240.22941320.18271198133096
2.3424-2.52320.23771360.1911214135096
2.5232-2.77710.26671330.20951227136097
2.7771-3.17880.22861380.21031254139298
3.1788-4.00450.21841430.15821274141799
4.0045-42.90830.19611500.151356150699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.9158 Å / Origin y: 20.663 Å / Origin z: -10.5033 Å
111213212223313233
T0.1646 Å20.0241 Å20.018 Å2-0.2153 Å2-0.0115 Å2--0.1818 Å2
L3.4399 °20.8759 °2-0.993 °2-3.2336 °2-1.0348 °2--2.9747 °2
S0.0487 Å °0.1695 Å °0.177 Å °-0.0899 Å °0.0575 Å °-0.0598 Å °-0.0952 Å °-0.0308 Å °-0.091 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA25 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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