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- PDB-6nva: Crystal structure of Escherichia coli dihydrodipicolinate synthas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nva
タイトルCrystal structure of Escherichia coli dihydrodipicolinate synthase and propionate covalently bound to K161.
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Synthase Lysine Biosynthesis Propionate
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Thomas, L.M. / Chooback, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM103447 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli dihydrodipicolinate synthase and propionate covalently bound to K161.
著者: Chooback, L. / Thomas, L.M. / Karsten, W. / Sultana, F. / Mesiya, S.
履歴
登録2019年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
G: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
H: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,90917
ポリマ－253,2188
非ポリマー6919
水44,1192449
1
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Mirwaldt, C., Korndorfer, I., &Huber, R. (1995). The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Escherichia coli at 2.5 angstrom resolution. J. Mol. Biol. 246, 227-239. Blickling, ...根拠: Mirwaldt, C., Korndorfer, I., &Huber, R. (1995). The crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from Escherichia coli at 2.5 angstrom resolution. J. Mol. Biol. 246, 227-239. Blickling, S., Renner, C., Laber, B., Pohlenz, HD, Holak, TA, and Huber, R. (1997) Reaction Mechanism of Escerichia coli Dihydrodipicolinate Synthase Investigated by X-ray Crystallography and NMR Spectroscopy. Biochemistry, 36, 24-33. Dobson, R. C., Griffin, M.D.W., Jameson, G.B., and Gerrard, J.A.(2005) The crystal structure of native and (S)-lysine-bound dihydrodipicolinate synthase from Escherichia coli with improved resolution show new features of biological significance. Acta. Cryst. D61, 1116-1124.
  • 63.5 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4894
ポリマ－63,3052
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20830 Å2
手法PISA
2
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4204
ポリマ－63,3052
非ポリマー1152
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20840 Å2
手法PISA
3
E: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
F: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5125
ポリマ－63,3052
非ポリマー2073
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20680 Å2
手法PISA
4
G: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
H: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4894
ポリマ－63,3052
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area21000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.140, 86.333, 107.002
Angle α, β, γ (deg.)109.72, 104.24, 99.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 31652.281 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dapA, A8C65_04230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A066Q637, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350 8 mM spermidine 200 mM sodium tartrate 8 mM 2-bromopropionic acid pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月15日 / 詳細: VeriMax HF mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. all: 443797 / Num. obs: 142605 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.524 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rsym value: 0.149 / Χ2: 1.135 / Net I/σ(I): 7.781
反射 シェル解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.756 / Num. unique obs: 6709 / CC1/2: 0.524 / Rsym value: 0.756 / Χ2: 0.848 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T26

5t26


解像度: 2.16→25.173 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2388 3492 1.4 %
Rwork0.1832 --
obs0.184 142552 85.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→25.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17685 0 44 2449 20178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00818041
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93324464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.01112932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532946
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1546-2.18410.34791060.2737189X-RAY DIFFRACTION63
2.1841-2.21530.28591170.25188649X-RAY DIFFRACTION74
2.2153-2.24830.26791270.24738726X-RAY DIFFRACTION76
2.2483-2.28340.28381300.2458909X-RAY DIFFRACTION77
2.2834-2.32090.26331210.24589202X-RAY DIFFRACTION80
2.3209-2.36080.29921350.24079310X-RAY DIFFRACTION81
2.3608-2.40370.30441250.23159820X-RAY DIFFRACTION84
2.4037-2.44990.27581310.230310057X-RAY DIFFRACTION87
2.4499-2.49990.29571540.226110216X-RAY DIFFRACTION88
2.4999-2.55420.27311460.21610398X-RAY DIFFRACTION90
2.5542-2.61360.27281570.20910518X-RAY DIFFRACTION91
2.6136-2.67890.31211370.202810543X-RAY DIFFRACTION91
2.6789-2.75120.24161560.200710553X-RAY DIFFRACTION92
2.7512-2.83210.27281600.20710804X-RAY DIFFRACTION93
2.8321-2.92330.30821510.211210483X-RAY DIFFRACTION91
2.9233-3.02760.23811240.19819339X-RAY DIFFRACTION81
3.0276-3.14870.26821270.19248171X-RAY DIFFRACTION71
3.1487-3.29170.2081210.18639012X-RAY DIFFRACTION78
3.2917-3.46480.23281630.164110544X-RAY DIFFRACTION91
3.4648-3.68120.18811410.152710913X-RAY DIFFRACTION94
3.6812-3.96450.22881520.146210972X-RAY DIFFRACTION95
3.9645-4.36160.18821500.141510864X-RAY DIFFRACTION94
4.3616-4.98840.20711600.13510836X-RAY DIFFRACTION94
4.9884-6.26880.19061490.155810697X-RAY DIFFRACTION93
6.2688-25.17420.18531520.14799967X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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