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万見
- PDB-6nv8: Perdeuterated tyrosine phenol-lyase from Citrobacter freundii com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nv8
タイトルPerdeuterated tyrosine phenol-lyase from Citrobacter freundii complexed with an aminoacrylate intermediate formed from S-ethyl-L-cysteine and 4-hydroxypyridine
要素(Tyrosine phenol- ...) x 2
キーワードlyase/lyase inhibitor / pyridoxal-5'-phosphate / aminoacrylate intermediate / 4-hydroxypyridine / LYASE / lyase-lyase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能
Tyrosine phenol-lyase / Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0JO / pyridin-4-ol / 2-AMINO-ACRYLIC ACID / : / Tyrosine phenol-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Phillips, R.S.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Pressure and Temperature Effects on the Formation of Aminoacrylate Intermediates of Tyrosine Phenol-lyase Demonstrate Reaction Dynamics
著者: Phillips, R.S. / Craig, S. / Kovalevsky, A. / Gerlits, O. / Weiss, K. / Iorgu, A.I. / Heyes, D.J. / Hay, S.
履歴
登録2019年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine phenol-lyase
B: Tyrosine phenol-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,45510
ポリマ－103,3622
非ポリマー1,0938
水4,684260
1
A: Tyrosine phenol-lyase
B: Tyrosine phenol-lyase
ヘテロ分子

A: Tyrosine phenol-lyase
B: Tyrosine phenol-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,91020
ポリマ－206,7234
非ポリマー2,18616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556x,-y,-z+11
Buried area20420 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area55380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.350, 143.110, 133.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 13 or resid 42...
21(chain B and (resid 2 through 13 or resid 42...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 13 or resid 42...A2 - 13
121(chain A and (resid 2 through 13 or resid 42...A42 - 65
131(chain A and (resid 2 through 13 or resid 42...A67 - 78
141(chain A and (resid 2 through 13 or resid 42...A80 - 81
151(chain A and (resid 2 through 13 or resid 42...A83 - 256
161(chain A and (resid 2 through 13 or resid 42...A258 - 275
171(chain A and (resid 2 through 13 or resid 42...A277 - 287
181(chain A and (resid 2 through 13 or resid 42...A289 - 309
191(chain A and (resid 2 through 13 or resid 42...A311 - 348
1101(chain A and (resid 2 through 13 or resid 42...A350
1111(chain A and (resid 2 through 13 or resid 42...A1458 - 16
211(chain B and (resid 2 through 13 or resid 42...B2 - 13
221(chain B and (resid 2 through 13 or resid 42...B42 - 65
231(chain B and (resid 2 through 13 or resid 42...B67 - 78
241(chain B and (resid 2 through 13 or resid 42...B80 - 81
251(chain B and (resid 2 through 13 or resid 42...B289 - 309
261(chain B and (resid 2 through 13 or resid 42...B311 - 348
271(chain B and (resid 2 through 13 or resid 42...B350
281(chain B and (resid 2 through 13 or resid 42...B369 - 421
291(chain B and (resid 2 through 13 or resid 42...B423 - 427
2101(chain B and (resid 2 through 13 or resid 42...B1457 - 1501

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要素

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Tyrosine phenol- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosine phenol-lyase / Beta-tyrosinase


分子量: 51566.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: tpl / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase
#2: タンパク質 Tyrosine phenol-lyase / Beta-tyrosinase


分子量: 51794.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: tpl / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase

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非ポリマー , 6種, 268分子

#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-CQG / pyridin-4-ol / 4(1H)-ピリドン


分子量: 95.099 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5NO
#5: 化合物 ChemComp-0JO / 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid / 2-[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチレンアミノ]プロペン酸


分子量: 316.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N2O7P
#6: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-DHA / 2-AMINO-ACRYLIC ACID / 2,3-DIDEHYDROALANINE / デヒドロアラニン


タイプ: peptide linking / 分子量: 87.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5NO2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.05 M triethanolamine hydrochloride, pH 8.0, 0.2 M KCl, 1 mM DTT, 0.5 mM pyridoxal-5'-phosphate, 40% PEG 5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→42.45 Å / Num. obs: 54045 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 62.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08448 / Rpim(I) all: 0.03601 / Rrim(I) all: 0.09199 / Net I/σ(I): 12.88
反射 シェル解像度: 2.26→2.34 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 2.155 / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 5325 / CC1/2: 0.33 / Rpim(I) all: 0.9429 / Rrim(I) all: 2.356 / % possible all: 99.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VLF

2vlf


解像度: 2.26→42.45 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 2003 3.71 %
Rwork0.1716 --
obs0.1732 54005 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 223.01 Å2 / Biso mean: 80.9239 Å2 / Biso min: 19.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.26→42.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7223 0 72 260 7555
Biso mean--98.63 78.38 -
残基数----910
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3474X-RAY DIFFRACTION7.396TORSIONAL
12B3474X-RAY DIFFRACTION7.396TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.26-2.31650.3851490.337236393788
2.3165-2.37910.36821360.32336903826
2.3791-2.44910.36041390.301836513790
2.4491-2.52820.3761440.280336473791
2.5282-2.61850.30161460.239136783824
2.6185-2.72330.2631400.220936893829
2.7233-2.84730.23981400.201236743814
2.8473-2.99730.26921370.194636953832
2.9973-3.18510.24871510.168837073858
3.1851-3.43090.21921360.168337033839
3.4309-3.7760.19241410.150137463887
3.776-4.32190.1931420.132737483890
4.3219-5.44330.16961530.138437803933
5.4433-42.4570.19571490.174539554104
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5761.49772.35543.51371.29154.5666-0.09640.126-0.1607-0.364-0.11781.17920.0617-0.88490.20460.5429-0.0119-0.10070.6389-0.11460.92528.9287-17.351552.8234
20.982-0.4941-0.35093.4670.92881.69080.15510.4086-0.1356-0.7946-0.0393-0.3291-0.11130.0751-0.11090.61720.06870.03580.5993-0.07590.531934.1528-9.80640.2645
34.0294-0.3881.1894.32671.35951.37120.25561.3251-0.4617-1.7388-0.68931.532-0.3447-0.51410.06131.1410.1385-0.35810.9795-0.33790.994613.6798-24.35837.3631
42.9769-2.53081.75494.4936-2.20854.38180.13590.1743-0.7105-0.9291-0.07161.37550.393-1.2284-0.08420.8827-0.0463-0.27170.8931-0.26440.95095.883-22.168839.1014
55.14171.9589-2.34762.7807-1.40363.51380.0549-0.18120.1465-0.2541-0.195-0.6771-0.22480.37170.15970.54460.02630.06530.44940.05390.750132.3520.029260.4318
63.782-0.00121.234.5080.8783.34750.18970.2918-0.0019-0.33610.11350.60210.2651-0.3093-0.27470.4964-0.0285-0.04720.60440.04380.67579.28690.75355.3663
71.0656-0.45250.00172.5994-0.38321.63790.15070.42720.2344-0.68470.07760.601-0.0792-0.3089-0.22550.66320.0628-0.09890.68650.17020.717810.02418.674442.3646
82.80150.7494-1.0584.4194-1.482.66120.05720.48120.4347-0.6233-0.0122-0.6052-0.13150.1913-0.05230.7081-0.00360.12260.59010.11650.722233.696530.15747.8042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 57 )A2 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 331 )A58 - 331
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 332 through 413 )A332 - 413
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 414 through 456 )A414 - 456
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 57 )B2 - 57
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 58 through 88 )B58 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 89 through 331 )B89 - 331
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 332 through 456 )B332 - 456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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