PDB-6nup: Structure of thioredoxin (trxA) from Rickettsia prowazekii str. M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nup

タイトル

Structure of thioredoxin (trxA) from Rickettsia prowazekii str. Madrid E.

要素

Thioredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-disulfide reductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Rickettsia prowazekii (発疹チフスリケッチア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of thioredoxin (trxA) from Rickettsia prowazekii str. Madrid E.
著者: Abendroth, J. / Buchko, G.W. / Davies, D.R. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nup.cif.gz	65.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nup.ent.gz	46.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nup.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nup_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nup_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	6nup_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	6nup_validation.cif.gz	10.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/6nup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/6nup	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5n86-2 3cz5-1 1tbd-d 2xyk-2 2kxw-d 2w2w-2 1fyk-d 5kxf-d 3qk2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.740, 45.160, 60.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thioredoxin / Trx 分子量: 15287.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia prowazekii (strain Madrid E) (発疹チフスリケッチア) 株: Madrid E / 遺伝子: trxA, RP002 / プラスミド: RiprA.00029.a.A1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZEE0
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.1 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Rigaku Reagents Precipitant Synergy screen, condition #64: 25% PEG 3350, 15% Propanol-2, 100mM Ammonium-citrate tribasic / citric acid pH 4.5: RiprA.00029.a.A1.PB00094 at 2mg/ml: cryo: direct: puck uwk6-15

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月30日

放射

モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→36.281 Å / Num. obs: 12337 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 15.604 % / B_iso Wilson estimate: 20.537 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.066 / Χ²: 1.016 / Net I/σ(I): 27.99 / Num. measured all: 192503 / Scaling rejects: 208

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	5.186	0.406	3.66	835	0.917	0.45	91.5
1.64-1.69	8.617	0.347	5.55	864	0.951	0.368	97.1
1.69-1.74	10.554	0.291	7.15	832	0.976	0.306	99
1.74-1.79	11.105	0.241	8.73	828	0.987	0.252	99.8
1.79-1.85	11.475	0.21	10.17	807	0.989	0.219	99.9
1.85-1.91	11.831	0.17	13.23	785	0.992	0.178	100
1.91-1.98	12.22	0.156	15.47	751	0.993	0.163	99.9
1.98-2.07	12.891	0.117	19.82	741	0.996	0.122	99.9
2.07-2.16	13.692	0.098	24.79	686	0.997	0.102	100
2.16-2.26	16.249	0.085	31.69	670	0.998	0.088	100
2.26-2.39	18.086	0.08	35.3	648	0.998	0.082	100
2.39-2.53	19.246	0.072	38.97	618	0.999	0.074	100
2.53-2.7	20.528	0.067	42.42	564	0.999	0.069	100
2.7-2.92	23.572	0.068	45.55	544	0.999	0.07	100
2.92-3.2	27.622	0.062	53.52	498	1	0.063	100
3.2-3.58	27.393	0.051	64.94	456	1	0.052	100
3.58-4.13	25.922	0.045	72.63	409	1	0.046	99.8
4.13-5.06	26.527	0.042	76.89	351	1	0.042	100
5.06-7.16	26.018	0.046	72.37	277	1	0.047	100
7.16-36.281	22.046	0.043	72.08	173	1	0.044	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(dev_3374)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2yj7A as per Morda

解像度: 1.6→36.281 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.93

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.206	1255	10.17 %	0
R_work	0.1628	-	-	-
obs	0.1672	12335	99.04 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.36 Å² / B_iso mean: 18.6506 Å² / B_iso min: 5.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→36.281 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	890	0	26	106	1022
B_iso mean	-	-	37.71	27.64	-
残基数	-	-	-	-	113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	961
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.978	1314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.507	615
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	170

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6002-1.6642	0.2713	140	0.2046	1122	1262	93
1.6642-1.74	0.2619	113	0.1888	1232	1345	99
1.74-1.8317	0.2287	139	0.1851	1207	1346	100
1.8317-1.9465	0.2167	149	0.1805	1210	1359	100
1.9465-2.0967	0.209	133	0.1613	1241	1374	100
2.0967-2.3077	0.2028	145	0.1555	1220	1365	100
2.3077-2.6416	0.1798	149	0.1612	1242	1391	100
2.6416-3.3277	0.1864	156	0.1556	1250	1406	100
3.3277-36.2904	0.2078	131	0.151	1356	1487	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8359	6.7285	2.6004	9.4365	3.3919	2.1244	0.0454	0.6872	0.1062	-0.2666	0.138	-0.1402	-0.635	-0.1329	-0.2198	0.2368	-0.0198	0.01	0.2994	-0.0341	0.2198	-22.212	-26.474	3.372
2	5.1096	4.2084	3.2101	3.7516	2.2048	2.6924	0.6124	-1.2414	-1.5249	0.3391	-0.3684	-1.4794	0.453	-0.0041	-0.3266	0.3182	-0.0891	-0.1684	0.4171	0.0877	0.6597	-14.517	-22.79	11.948
3	2.8439	0.2466	-0.4039	3.3711	-1.5792	4.2634	-0.0536	0.1252	-0.0922	-0.1496	-0.0838	-0.1824	0.1338	0.2047	0.1494	0.0816	0.0059	0.0067	0.0483	-0.0217	0.0861	4.988	-17.588	15.178
4	6.2601	-1.5078	-6.6423	1.7219	1.4035	8.9962	-0.0771	0.0703	0.0259	0.1359	0.1091	0.0642	0.1833	-0.2689	-0.0334	0.0642	-0.0007	0.0013	0.0704	-0.0055	0.0686	-7.391	-12.718	19.821
5	6.4205	-3.1502	-4.3911	8.1919	6.4837	7.8463	-0.1183	0.4686	-0.5335	-0.2907	-0.0372	0.0573	-0.1786	-0.2175	0.1657	0.0905	-0.0318	0.0094	0.1547	-0.0174	0.1588	-13.512	-14.242	13.498
6	3.4859	-0.4636	-0.999	3.7053	0.3066	1.982	-0.0227	0.4329	-0.0548	-0.305	-0.0423	-0.0569	0.1293	-0.2067	0.0637	0.0709	-0.0287	0.0168	0.1065	-0.0319	0.1019	-3.494	-16.308	10.08
7	7.5053	3.6034	-3.0938	2.2801	-2.6943	4.1078	-0.0287	-0.0772	0.0399	0.3132	0.0118	0.0166	0.0247	0.0168	0.0573	0.1283	0.0089	-0.0039	0.0653	-0.0149	0.0755	0.761	-12.451	26.281
8	5.5979	-0.0534	-1.8585	1.9409	-0.3467	3.0791	0.1268	-0.2582	0.3307	0.1045	0.0119	-0.0984	-0.1351	0.1087	-0.0783	0.1114	-0.0115	-0.0122	0.0846	-0.0159	0.1002	-3.284	-4.597	23.181
9	2.469	-0.364	-3.2094	3.1378	0.0759	4.4159	-0.0085	0.3096	0.1042	-0.1312	-0.0122	-0.2721	0.0034	-0.0867	-0.0075	0.0784	0.0001	0.0081	0.0815	0.0028	0.0805	1.236	-7.705	12.407
10	4.5296	-1.2993	0.6512	4.3835	0.2971	3.5142	-0.006	0.2964	0.2463	-0.1347	0.0083	0.0205	0.0757	-0.2416	0.026	0.0824	-0.0044	-0.0055	0.0575	0.0177	0.0431	-5.241	-3.762	13.178
11	2.7716	3.0695	1.3724	6.4655	1.6799	7.8122	0.0507	0.5433	-0.0499	-0.1986	-0.0009	-0.0992	0.1838	-0.0685	0.0016	0.103	0.0086	-0.0278	0.1707	0.0238	0.1291	-8.917	-5.638	4.518

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -7:-3 )	A	-7 - -3
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID -2:2 )	A	-2 - 2
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 3:19 )	A	3 - 19
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 20:30 )	A	20 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 31:46 )	A	31 - 46
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 47:57 )	A	47 - 57
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 58:67 )	A	58 - 67
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 68:74 )	A	68 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 75:82 )	A	75 - 82
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 83:93 )	A	83 - 93
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 94:105 )	A	94 - 105

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)