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- PDB-6nua: DNA-protein crosslink between E. coli YedK and ssDNA containing a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nua
タイトルDNA-protein crosslink between E. coli YedK and ssDNA containing an abasic site
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PED)P*GP*GP*A)-3')
  • SOS response-associated peptidase YedK
キーワードdna binding protein/dna / DNA-protein crosslink / abasic site / thiazolidine / replication stress / DNA BINDING PROTEIN / dna binding protein-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA covalent cross-linking activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / protein-DNA covalent cross-linking repair / SOS response / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA damage response / proteolysis
類似検索 - 分子機能
SOS response associated peptidase-like / hypothetical protein yedk fold / SOS response associated peptidase (SRAP) / SOS response associated peptidase-like / SOS response associated peptidase (SRAP) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Abasic site processing protein YedK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Eichman, B.F. / Amidon, K.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM117299 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P01CA092584 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Protection of abasic sites during DNA replication by a stable thiazolidine protein-DNA cross-link.
著者: Thompson, P.S. / Amidon, K.M. / Mohni, K.N. / Cortez, D. / Eichman, B.F.
履歴
登録2019年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOS response-associated peptidase YedK
B: SOS response-associated peptidase YedK
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PED)P*GP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PED)P*GP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2764
ポリマ－55,2764
非ポリマー00
水5,044280
1
A: SOS response-associated peptidase YedK
D: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PED)P*GP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6382
ポリマ－27,6382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SOS response-associated peptidase YedK
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PED)P*GP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6382
ポリマ－27,6382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.258, 41.886, 81.423
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 SOS response-associated peptidase YedK


分子量: 25606.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yedK, yedG, b1931, JW1916 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P76318, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*(PED)P*GP*GP*A)-3') / AP-DNA


分子量: 2031.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.58 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 / 詳細: 16% (wt/vol) PEG 3350, 0.2 M KH2PO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 49711 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.64-1.672.90.51.924470.8230.3150.5950.62795.2
1.67-1.73.20.51324500.8280.3130.6050.65396.9
1.7-1.733.60.49424880.8520.2880.5750.67497.9
1.73-1.773.90.47924650.8570.2690.5520.70198.2
1.77-1.814.10.42524870.910.2320.4860.73498.1
1.81-1.854.30.42124500.9090.2230.4790.7697.9
1.85-1.894.30.37224520.920.1970.4230.78896.5
1.89-1.9440.32623650.9270.1780.3740.83393
1.94-24.30.28324190.9490.1470.3210.84495.4
2-2.0750.26425170.9730.1260.2930.91898.9
2.07-2.1450.20324890.9820.0970.2251.01599
2.14-2.2350.17625120.9840.0850.1961.11198.8
2.23-2.334.90.1525180.9880.0720.1671.08198.5
2.33-2.454.90.1325130.9890.0630.1451.07298.4
2.45-2.64.90.11824990.9890.0570.1311.08198.5
2.6-2.84.90.125210.9910.0490.1121.01898.2
2.8-3.094.60.08525150.9920.0430.0961.10898.4
3.09-3.534.20.0723880.9920.0380.081.07492.6
3.53-4.454.90.06325460.9950.0310.071.10298.7
4.45-5050.05926700.9940.0290.0661.04299.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ICU

2icu


解像度: 1.64→40.504 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.66
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2216 2481 4.99 %Random selection
Rwork0.1708 ---
obs0.1733 49681 96.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.08 Å2 / Biso mean: 28.9278 Å2 / Biso min: 10.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→40.504 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3614 268 0 280 4162
Biso mean---29.26 -
残基数----468
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7709-0.06530.26531.4116-0.30091.74060.0253-0.05920.0371-0.0871-0.0207-0.1684-0.0370.0775-0.00420.11520.0110.04280.139-0.00520.1971-26.9117-7.4813-20.8061
20.44030.0817-0.28411.17830.14391.340.0153-0.00970.0095-0.1807-0.03440.1930.0089-0.08540.01670.12510.0171-0.04340.1306-0.00450.1788-56.7018-20.5932-20.9686
30.630.2675-1.34692.73622.82557.6777-0.1771-0.098-0.263-0.2001-0.011-0.01380.67640.10.18060.19460.06980.01080.14960.05460.2644-53.903-34.5527-17.6051
41.32570.8280.83512.3112-1.52613.6285-0.321-0.10620.4389-0.10450.1412-0.031-0.9114-0.11190.14290.33730.06780.02190.203-0.07190.3485-29.57456.5179-17.3206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 228)A2 - 228
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 2 through 228)B2 - 228
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 7)C1 - 7
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 7)D1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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