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- PDB-6ntj: Neutron/X-ray crystal structure of AAC-VIa bound to gentamicin C1A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ntj
タイトルNeutron/X-ray crystal structure of AAC-VIa bound to gentamicin C1A
要素Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
キーワードtransferase/antibiotic / acetyl transferase / neutron (中性子) / TRANSFERASE (転移酵素) / transferase-antibiotic complex
機能・相同性aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / response to antibiotic / Chem-LLL / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Enterobacteriaceae (腸内細菌科)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Kumar, P.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2019
タイトル: Low-Barrier and Canonical Hydrogen Bonds Modulate Activity and Specificity of a Catalytic Triad.
著者: Kumar, P. / Agarwal, P.K. / Waddell, M.B. / Mittag, T. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J.
履歴
登録2019年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8043
ポリマ－32,3301
非ポリマー4742
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.319, 86.228, 51.003
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

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要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase


分子量: 32330.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterobacteriaceae (腸内細菌科)
遺伝子: aacC, aac3-VI, aac3-VI_1, NCTC13462_00209, pAPEC1990_61_126, pAR060302_0140, pAR060302_133, peH4H_0115, SAMEA3485113_05325
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
参照: UniProt: C4NV15, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-LLL / (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL / GENTAMICIN C1A / ゲンタマイシンC1a


分子量: 449.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C19H39N5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: polyethylene glycol (PEG) 8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris, pH 8.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12931N
22931N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.5418
NUCLEAR REACTORORNL Spallation Neutron Source MANDI22.0-4.0
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2018年1月1日
ORNL ANGER CAMERA2AREA DETECTOR2018年1月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
221
341
反射

Biso Wilson estimate: 34.34 Å2 / Entry-ID: 6NTJ

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allΧ2Diffraction-IDNet I/σ(I)CC1/2
1.9-502600298.42.80.0560.0390.0681.456118.8
2.35-16.81067776.92.60.1170.0850.146280.989
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.972.60.65824440.6710.4840.8221.624193.3
1.97-2.052.80.51826200.7260.3790.6461.677199.5
2.05-2.142.80.3626310.850.260.4471.701199.2
2.14-2.252.80.2625590.9060.1860.3221.732199
2.25-2.392.80.17626430.9510.1260.2171.685198.9
2.39-2.582.80.12725960.9770.0910.1571.665198.7
2.58-2.842.80.08326150.9880.0590.1031.5198.9
2.84-3.252.90.05226100.9950.0370.0641.244198.9
3.25-4.092.90.03526270.9970.0240.0430.957199.2
4.09-5030.03726570.9960.0250.0450.927198.4
2.35-2.482.50.2912140.204259.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化

SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 24.32 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 6bbz

6bbz

解像度 (Å)Refine-IDBiso max (Å2)Biso mean (Å2)Biso min (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.9-43.114X-RAY DIFFRACTION157.7954.98729.490.19970.15660.15881304259965.0298.2711.34
2.35-16.8NEUTRON DIFFRACTION0.30920.26480.2671535106755.0176.0820
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→43.114 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2022 0 77 452 2551
Biso mean--51.52 64.9 -
残基数----267
LS精密化 シェル

Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDNum. reflection allTotal num. of bins used% reflection obs (%)
2.3438-2.57890.44731040.41271971NEUTRON DIFFRACTION2075459
2.5789-2.95040.42881170.35052310NEUTRON DIFFRACTION2427470
2.9504-3.71060.31591510.2512746NEUTRON DIFFRACTION2897483
3.7106-16.82950.20721630.1793113NEUTRON DIFFRACTION3276492
1.896-1.97190.37811300.31192559X-RAY DIFFRACTION2689993
1.9719-2.06170.31691500.26392766X-RAY DIFFRACTION2916999
2.0617-2.17030.23721420.22512755X-RAY DIFFRACTION2897999
2.1703-2.30630.25961550.2032755X-RAY DIFFRACTION2910999
2.3063-2.48440.23471370.19122763X-RAY DIFFRACTION2900999
2.4844-2.73430.22571440.17922741X-RAY DIFFRACTION2885999
2.7343-3.12990.23661460.1742778X-RAY DIFFRACTION2924999
3.1299-3.94290.1931560.13622766X-RAY DIFFRACTION2922999
3.9429-43.12510.13741440.10732809X-RAY DIFFRACTION2953998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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