+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6np3 | ||||||
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Title | AAC-VIa bound to Gentamicin | ||||||
Components | Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Antibiotic modifying enzyme / substrate selectivity / ANTIBIOTIC | ||||||
Function / homology | aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / response to antibiotic / metal ion binding / Chem-LLL / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Enterobacter cloacae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.15 Å | ||||||
Authors | Kumar, P. / Cuneo, M.J. | ||||||
Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2019 Title: Low-Barrier and Canonical Hydrogen Bonds Modulate Activity and Specificity of a Catalytic Triad. Authors: Kumar, P. / Agarwal, P.K. / Waddell, M.B. / Mittag, T. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6np3.cif.gz | 190.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6np3.ent.gz | 151.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6np3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6np3_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6np3_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6np3_validation.xml.gz | 17.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6np3_validation.cif.gz | 27.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6np3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6np3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6np1C 6np2C 6np4C 6np5C 6ntiC 6ntjC 6o5uC 6bc6S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28734.391 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacter cloacae (bacteria) / Gene: aac 3-VI / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q47030, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase |
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#2: Chemical | ChemComp-LLL / ( |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Sequence details | The T132S discrepancy arises from a SNP in the Enterobacteriaceae species |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 279 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 15-20% polyethylene glycol (PEG) 8000,0.1 M Tris, pH 8.5 and 0.3 M MgCl2. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 13, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.15→50 Å / Num. obs: 114191 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 13.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.039 / Χ2: 0.551 / Net I/σ(I): 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6BC6 Resolution: 1.15→43.227 Å / SU ML: 0.08 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 13.61
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.11 Å2 / Biso mean: 23.0442 Å2 / Biso min: 10.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.15→43.227 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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