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- PDB-6nsu: Crystallographic Capture of Quinolinate Synthase (NadA) from Pyro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nsu
タイトルCrystallographic Capture of Quinolinate Synthase (NadA) from Pyrococcus horikoshii in its Substrates and Product-Bound States
要素Quinolinate synthase A
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from aspartate / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NadA-like / Quinolinate synthetase A / Quinolinate synthase A, type 2 / Quinolinate synthetase A superfamily / Quinolinate synthetase A protein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIDEHYDROASPARTATE / IRON/SULFUR CLUSTER / Quinolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Esakova, O.A. / Grove, T.L. / Silakov, A. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB - 1716686 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE - 1659679 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM - 122595 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: An Unexpected Species Determined by X-ray Crystallography that May Represent an Intermediate in the Reaction Catalyzed by Quinolinate Synthase.
著者: Esakova, O.A. / Silakov, A. / Grove, T.L. / Warui, D.M. / Yennawar, N.H. / Booker, S.J.
履歴
登録2019年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Quinolinate synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6733
ポリマ－34,1901
非ポリマー4832
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.258, 52.298, 53.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Quinolinate synthase A


分子量: 34190.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: nadA, PH0013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O57767, quinolinate synthase
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-DYA / DIDEHYDROASPARTATE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES, pH 6.5, 12% PEG 20000, 0.2 mM FAD, 5 mM Aspartate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.75 Å / Num. obs: 13168 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.15→48.733 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 1321 10.03 %
Rwork0.2103 --
obs0.2142 13170 98.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.733 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2375 0 17 43 2435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022481
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4683356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3931562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003424
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1317-2.2170.36521300.3231178X-RAY DIFFRACTION88
2.217-2.31790.33211440.29451291X-RAY DIFFRACTION99
2.3179-2.44010.32731520.2771338X-RAY DIFFRACTION99
2.4401-2.5930.28971470.26211309X-RAY DIFFRACTION99
2.593-2.79320.32081420.25341332X-RAY DIFFRACTION99
2.7932-3.07430.27011520.25711328X-RAY DIFFRACTION100
3.0743-3.5190.26471510.21511334X-RAY DIFFRACTION100
3.519-4.43310.21391480.1641361X-RAY DIFFRACTION100
4.4331-48.74590.18021550.15971378X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.93139.87737.43052.01216.19446.12750.6341-0.83121.0261.5123-1.1071.8267-0.0784-1.72130.5040.51830.12280.09870.5813-0.11540.67724.685110.310685.3774
22.3191-2.22621.43982.726-2.4427.3515-0.137-0.1175-0.05930.1381-0.0391-0.0189-0.6535-0.50470.13840.27230.0364-0.05130.2011-0.01930.35911.992610.18373.7244
36.96072.28070.00388.50342.02648.2551-0.19490.02250.7522-0.06070.1234-0.5312-0.81970.38050.06170.27680.0467-0.07280.22910.00960.346722.61847.977176.1057
45.5184.1034-5.91698.113-2.66.9673-0.1614-0.4467-0.9130.5411-0.0474-0.34770.07380.67570.26160.26850.0307-0.06360.36480.07330.397440.4318-2.951962.9697
53.27511.3976-2.00189.7437-0.51144.3455-0.0545-0.75760.86530.3853-0.48990.3582-0.43820.2780.51020.3098-0.0285-0.11630.581-0.09670.448636.00437.706362.2159
69.348-3.1486.67046.9786-6.83998.3241-0.2183-0.50620.3909-0.19150.2538-0.1313-0.1099-0.4747-0.08240.27630.05740.04070.3231-0.01870.427230.49041.428355.2952
76.497-2.1677-0.11622.5295-0.71061.92060.12830.53190.1607-0.3599-0.1496-0.1332-0.0039-0.0220.0340.3044-0.0319-0.01340.2135-0.0030.189315.89526.489953.2536
85.5706-3.86341.43776.04871.05485.13040.1959-0.3466-0.51490.5509-0.06940.6010.48-0.1559-0.14760.38170.00120.01450.19390.0590.33713.68111.339883.2802
97.5198.7791-7.06872.0022-4.28642.0032-0.2573-1.0095-0.43640.25380.5189-1.3797-0.10592.7847-0.22690.5560.0278-0.04030.9709-0.24570.662837.90694.761579.3498
108.1346-0.47790.45635.3504-4.25663.3886-0.6694-0.22371.05630.30540.2209-0.1574-1.12141.43160.43640.60470.0042-0.24420.8232-0.28240.666136.658114.549869.0337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:13)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 14:36)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 37:85)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 86:108)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 109:142)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 143:151)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 152:261)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 262:279)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 280:288)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 289:299)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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