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万見
- PDB-6nrr: Crystal structure of Dpr11 IG1 bound to DIP-gamma IG+IG2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nrr
タイトルCrystal structure of Dpr11 IG1 bound to DIP-gamma IG+IG2
要素
  • Defective proboscis extension response 11, isoform B
  • Dpr-interacting protein gamma
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / Neuronal / Cell surface receptor / Glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neuromuscular junction development / : / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / Signaling by ROBO receptors / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / neuron projection membrane / photoreceptor cell axon guidance / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / sensory perception of chemical stimulus / plasma membrane => GO:0005886 ...regulation of neuromuscular junction development / : / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / Signaling by ROBO receptors / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / neuron projection membrane / photoreceptor cell axon guidance / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / sensory perception of chemical stimulus / plasma membrane => GO:0005886 / synapse organization / neuron projection / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Zwei Ig domain protein zig-8 / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Zwei Ig domain protein zig-8 / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Defective proboscis extension response 11, isoform B / Dpr-interacting protein gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cheng, S. / Park, Y.J. / Kurleto, J.D. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS097161 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Molecular basis of synaptic specificity by immunoglobulin superfamily receptors in Drosophila.
著者: Cheng, S. / Ashley, J. / Kurleto, J.D. / Lobb-Rabe, M. / Park, Y.J. / Carrillo, R.A. / Ozkan, E.
履歴
登録2019年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defective proboscis extension response 11, isoform B
B: Dpr-interacting protein gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4189
ポリマ－37,1162
非ポリマー1,3017
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.364, 85.364, 103.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-905-

SO4

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Defective proboscis extension response 11, isoform B / Defective proboscis extension response 11 / isoform C / GH22307p


分子量: 13109.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: dpr11, BcDNA:GH22307, CG15181, CG15182, CG15183, CG31309, CT35098, Dmel\CG33202, Dpr-11, Dpr11, CG33202, Dmel_CG33202
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8MRE6
#2: タンパク質 Dpr-interacting protein gamma / GH08175p


分子量: 24006.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: DIP-gamma, 14521, anon-WO0140519.196, CT34248, Dmel\CG14521, CG14521, Dmel_CG14521
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VAR6

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糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 75分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.96638 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月6日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96638 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 13814 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.26 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 16.48
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 8.61 % / Rmerge(I) obs: 1.818 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 2138 / CC1/2: 0.577 / Rrim(I) all: 1.931 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3374精密化
XDSJanuary 10, 2014データ削減
XDSJanuary 10, 2014データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EO9

5eo9


解像度: 2.5→44.279 Å / SU ML: 0.41 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 28.69
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2607 707 5.14 %Random selection
Rwork0.2072 ---
obs0.21 13768 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2301 0 81 69 2451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052427
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6993285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7961494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004412
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4996-2.69260.34561270.2972521X-RAY DIFFRACTION98
2.6926-2.96350.36391540.24282554X-RAY DIFFRACTION100
2.9635-3.39220.27621270.21542600X-RAY DIFFRACTION100
3.3922-4.27330.25031540.17952614X-RAY DIFFRACTION100
4.2733-44.28640.221450.19692772X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.38675.2272-2.13884.6186-3.42953.4489-0.1918-0.507-0.20431.32470.4183-0.4527-1.504-1.0122-0.12250.59330.0894-0.02920.5733-0.11640.406610.841147.3444-11.2387
22.595-0.7715-2.85592.0308-2.10267.82770.6787-0.12580.10810.3347-0.2121-0.4337-0.45071.1629-0.16610.3003-0.0891-0.04590.3919-0.03150.379415.570346.3264-19.8275
33.4367-4.32484.00322.0086-7.63035.97270.2978-0.3403-0.0728-0.7383-0.2441-0.02510.7243-0.03110.12250.47080.05870.04820.36620.00540.43068.022930.6018-11.7942
42.491-2.9647-2.43564.24583.81623.5176-0.09580.9060.3275-1.148-0.26450.3751-0.7112-0.21180.37420.4425-0.0286-0.02790.4520.0240.47471.612336.2016-21.98
53.26223.7361-0.75655.8046-1.06666.1146-0.2422-0.3634-0.0681-0.6327-0.3214-0.20650.78861.02950.46070.42390.08440.11430.3946-0.01330.245810.224633.0957-25.9231
64.91182.0647-2.80524.79931.00172.8034-0.5174-0.1779-0.20450.69240.0404-0.72910.54021.85350.45680.50260.1476-0.07810.45230.0210.624215.998931.9475-13.7956
74.98113.9273-4.44059.0849-4.54717.66370.04460.4342-0.12410.14490.12420.2793-0.4371-0.7308-0.1780.23240.0042-0.05180.2914-0.07530.27727.007638.4434-17.957
88.83526.8461-5.83426.6903-3.03345.16570.1394-0.71551.02772.13930.57521.3786-1.85980.1773-0.78580.60790.05660.02750.5113-0.07140.29165.789844.397-13.0778
96.45261.6932-0.03322.9669-0.63386.3695-0.36090.554-0.2965-0.48470.3968-0.18380.5282-0.0447-0.03690.408-0.10850.03830.3004-0.06280.327-7.380323.4726-23.7851
107.2778-0.7447-5.78684.4750.93546.47860.7873-0.53791.14450.23440.2085-0.1467-1.21540.6947-0.90390.7501-0.10020.12620.4322-0.00150.5001-32.87626.45346.8764
116.7937-3.4253-2.0244.6175.79028.48890.3229-0.47440.8621-0.84460.31920.0552-1.4635-1.5302-0.42530.81580.15010.12150.79220.18730.8271-48.162928.29347.1412
125.1527-1.2226-3.60224.79231.28326.94170.67360.30841.03440.15850.09670.2056-1.3246-0.6659-0.70580.6105-0.00160.12510.45180.14090.5694-40.832826.19648.0644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 123 through 129 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 138 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 139 through 153 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 154 through 162 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 163 through 172 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 173 through 183 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 184 through 207 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 208 through 217 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 37 through 138 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 139 through 178 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 179 through 194 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 195 through 240 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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