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万見
- PDB-6nro: Human parainfluenza virus type 3 fusion protein N-terminal heptad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nro
タイトルHuman parainfluenza virus type 3 fusion protein N-terminal heptad repeat domain+VIQKI
要素
  • Human parainfluenza virus type 3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain
  • Human parainfluenza virus type 3 fusion glycoprotein N-terminal heptad repeat domain
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Fusion protein / fusion inhibitor / six-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human parainfluenza virus 3 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Outlaw, V.K. / Kreitler, D.F. / Gellman, S.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F32GM122263 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI114736 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Dual Inhibition of Human Parainfluenza Type 3 and Respiratory Syncytial Virus Infectivity with a Single Agent.
著者: Outlaw, V.K. / Bottom-Tanzer, S. / Kreitler, D.F. / Gellman, S.H. / Porotto, M. / Moscona, A.
履歴
登録2019年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human parainfluenza virus type 3 fusion glycoprotein N-terminal heptad repeat domain
E: Human parainfluenza virus type 3 fusion glycoprotein N-terminal heptad repeat domain
C: Human parainfluenza virus type 3 fusion glycoprotein N-terminal heptad repeat domain
D: Human parainfluenza virus type 3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain
B: Human parainfluenza virus type 3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain
F: Human parainfluenza virus type 3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7008
ポリマ－29,5546
非ポリマー1462
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Circular dichroism spectroscopy was used to determine the formation of helical assemblies in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13630 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area10920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.970, 52.250, 54.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Human parainfluenza virus type 3 fusion glycoprotein N-terminal heptad repeat domain


分子量: 5656.473 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 139-189 / 由来タイプ: 合成
詳細: This compound is derived from residues 139-189 of the HPIV3 fusion glycoprotein. It is acetylated at the N-terminus and amidated at the C-terminus.
由来: (合成) Human parainfluenza virus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A1V0E102, UniProt: P06828*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Human parainfluenza virus type 3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain


分子量: 4194.895 Da / 分子数: 3 / 断片: 449-484 / Mutation: E459V, A463I, D466Q, Q479K, K480I / 由来タイプ: 合成
詳細: VIQKI is a synthetic peptide derived from residues 449-484 of the HPIV3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain with substitutions E459V, A463I, D466Q, Q479K and K480I. It is ...詳細: VIQKI is a synthetic peptide derived from residues 449-484 of the HPIV3 fusion glycoprotein C-terminal heptad repeat domain with substitutions E459V, A463I, D466Q, Q479K and K480I. It is acetylated at the N-terminus and amidated at the C-terminus.
由来: (合成) Human parainfluenza virus 3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A023PHT3, UniProt: P06828*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30 mM NaF, 30 mM NaBr, 30 mM NaI, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5)20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM ...詳細: 30 mM NaF, 30 mM NaBr, 30 mM NaI, 20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5)20% (v/v) PEG 500 MME, 10% (w/v) PEG 20000 in 100 mM imidazole/MES monohydrate buffer (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→39.293 Å / Num. obs: 22158 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 36.72 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.01925 / Rrim(I) all: 0.04893 / Rsym value: 0.04488 / Net I/σ(I): 18.26
反射 シェル解像度: 1.75→1.813 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 2189 / CC1/2: 0.726 / Rpim(I) all: 0.48 / Rrim(I) all: 1.238 / Rsym value: 1.139 / % possible all: 99.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZTM

1ztm


解像度: 1.75→39.293 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 1997 9.03 %
Rwork0.2167 --
obs0.2192 22122 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 305.93 Å2 / Biso mean: 54.3386 Å2 / Biso min: 26.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→39.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1923 0 18 83 2024
Biso mean--83.12 59.39 -
残基数----251
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7501-1.79390.37771420.355714341576100
1.7939-1.84240.33471390.327414061545100
1.8424-1.89660.33331450.290214451590100
1.8966-1.95780.30021400.276814191559100
1.9578-2.02780.29221440.263814471591100
2.0278-2.1090.25941440.258214431587100
2.109-2.2050.26881420.238814301572100
2.205-2.32120.28121410.237514291570100
2.3212-2.46660.29151440.222914511595100
2.4666-2.6570.2091440.20914481592100
2.657-2.92430.26641400.2171419155999
2.9243-3.34730.22151450.213914611606100
3.3473-4.21640.20481430.178514441587100
4.2164-39.30270.24681440.21451449159396
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.7167 Å / Origin y: -8.1854 Å / Origin z: -20.1981 Å
111213212223313233
T0.252 Å20.0114 Å2-0.0497 Å2-0.1926 Å20.0083 Å2--0.2742 Å2
L5.5601 °20.8838 °2-3.3551 °2-1.2164 °2-0.2135 °2--4.4733 °2
S-0.007 Å °-0.1215 Å °0.155 Å °-0.0184 Å °-0.0666 Å °0.0854 Å °-0.0237 Å °0.1098 Å °0.0586 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA141 - 190
2X-RAY DIFFRACTION1allA201
3X-RAY DIFFRACTION1allE141 - 189
4X-RAY DIFFRACTION1allC141 - 189
5X-RAY DIFFRACTION1allD451 - 484
6X-RAY DIFFRACTION1allB450 - 484
7X-RAY DIFFRACTION1allF451 - 501
8X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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