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万見
- PDB-6nr4: Cryo-EM structure of the TRPM8 ion channel with low occupancy ici... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nr4
タイトルCryo-EM structure of the TRPM8 ion channel with low occupancy icilin, PI(4,5)P2, and calcium
要素Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channel / TRP channel / TRPM channel / TRPM8 channel / cold sensing / lipid sensing / menthol / icilin / WS-12 / PI(4 / 5)P2 / calcium-permeable channel / cooling agent
生物種Ficedula albicollis (シロエリヒタキ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Yin, Y. / Le, S.C. / Hsu, A.L. / Borgnia, M.J. / Yang, H. / Lee, S.-Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structural basis of cooling agent and lipid sensing by the cold-activated TRPM8 channel.
著者: Ying Yin / Son C Le / Allen L Hsu / Mario J Borgnia / Huanghe Yang / Seok-Yong Lee /
要旨: Transient receptor potential melastatin member 8 (TRPM8) is a calcium ion (Ca)-permeable cation channel that serves as the primary cold and menthol sensor in humans. Activation of TRPM8 by cooling ...Transient receptor potential melastatin member 8 (TRPM8) is a calcium ion (Ca)-permeable cation channel that serves as the primary cold and menthol sensor in humans. Activation of TRPM8 by cooling compounds relies on allosteric actions of agonist and membrane lipid phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP), but lack of structural information has thus far precluded a mechanistic understanding of ligand and lipid sensing by TRPM8. Using cryo-electron microscopy, we determined the structures of TRPM8 in complex with the synthetic cooling compound icilin, PIP, and Ca, as well as in complex with the menthol analog WS-12 and PIP Our structures reveal the binding sites for cooling agonists and PIP in TRPM8. Notably, PIP binds to TRPM8 in two different modes, which illustrate the mechanism of allosteric coupling between PIP and agonists. This study provides a platform for understanding the molecular mechanism of TRPM8 activation by cooling agents.
履歴
登録2019年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID ..._citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0489
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
B: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
C: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
D: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)518,7724
ポリマ－518,7724
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8


分子量: 129692.938 Da / 分子数: 4 / 変異: F535A,Y538D,Y539D,A805G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ficedula albicollis (シロエリヒタキ)
遺伝子: TRPM8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY
配列の詳細The complete sample sequence including tags and engineered mutations is the following: ...The complete sample sequence including tags and engineered mutations is the following: MATLFQVSMGSMRHRRNGNFESSRLLYSSMSRSIDVACSDADLANFIQENFKKRECVFFTKD TKSMGNLCKCGYPENQHIEGTQVNTTEKWNYKKHTKELPTDAFGDIQFENLGKRGKYIRL SCDTDSETLYDLMTQHWHLKTPNLVISVTGGAKNFALKPRMRKIFSRLIYIAQSKGAWIF TGGTHYGLMKYIGEVVRDNTISRSSEENVVAIGIAAWGMISNRETLIRTADSDGSYLAHY IMDDLKRDPLYCLDNNHTHLLLVDNGTHGHPTIEAKVRTQLEKYISERVIPESNYGGKIP IVCFAQGGGKETLKSINVAIKSKIPCVVVEGSGRIADVIASLVEAEGTLASSCVKESLLR FLPRTISRLSEEETESWIKWIKEVLESPHLLTVIKIEEAGDEIVSNAISFALYKAFSTNE HDRDNWNGQLKLLLEWNQLDLASDEIFTNDRNWESADLQDVMFTALVKDRPKFVRLFLEN GLNLRKFLTTEVLRELYTNNFSSLVFKNLQIAKNSYNDALLTFVWKMVEDFRRGAKRDDK NSKDEMEIELSEECPITRHPLQALFIWSVLQNKKELSKVIWEQTRGCTLAALGASKLLKS MAKVKNDINAAGESEELANEYETRAVELFTECYSNDEDLAEQLLTYSCEAWGGSNCLELA VEARDQQFIAQPGVQNFLSKQWYGEISRDTKNWKIILCLFFFPLIGCGFISFRKKPVEKT KKLFLYYVSFFTSPFVVFSWNVIFYIAFLLLFAYVLLMDFQKEPTALEIILYVLVFILLC DEVRQWYMNGSKYFSDLWNVMDTLGIFYFIAGIVFRLHSDESSWYSGRVIFCLDYIVFTL RLIHIFTVSRNLGPKIIMLQRMMIDVFFFLFLFAVWMVAFGVARQGILRKNEHRWEWIFR SVIYEPYLAMFGQYPDDIDGTTYNFDHCTFSGNESKPLCVELDANNQPRFPEWITIPLVC IYMLSTNILLVNLLVAMFGYTVGSVQENNDQVWKFQRFFLVQEYCSRLTIPFPFVIFAYI FMVMRKCFKCCCKKESKEPSVCCSRNEDNEILAWEAVMKENYLVKINTKASDSSEEMVHR FRQLDAKLSDLKGLLKEISSKIKSNSLEVLFQGPDYKDDDDKAHHHHHHHHHH

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Transient receptor potential melastatin member 8 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Ficedula albicollis (シロエリヒタキ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1250 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3705

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得Automated data acquisition
4RELION3CTF補正
5Gctf1.18CTF補正
8Coot0.8.8モデルフィッティング
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
14PHENIX1.12-2829モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1115545
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8700 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 112 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6BPQ

6bpq


Accession code: 6BPQ / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00624084
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.82432856
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.29913872
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0493992
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064028

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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