[日本語] English
万見
- PDB-6nqo: Crystal structure of fast switching M159T mutant of fluorescent p... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nqo
タイトルCrystal structure of fast switching M159T mutant of fluorescent protein Dronpa (Dronpa2), Y63(3-IY)
要素Fluorescent protein Dronpa
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Dronpa2
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fluorescent protein Dronpa
類似検索 - 構成要素
生物種Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lin, C.-Y. / Romei, M.G. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)27738 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)118044 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Electrostatic control of photoisomerization pathways in proteins.
著者: Romei, M.G. / Lin, C.Y. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.
履歴
登録2019年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fluorescent protein Dronpa
B: Fluorescent protein Dronpa
C: Fluorescent protein Dronpa
D: Fluorescent protein Dronpa
E: Fluorescent protein Dronpa
F: Fluorescent protein Dronpa
G: Fluorescent protein Dronpa
H: Fluorescent protein Dronpa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,7008
ポリマ－232,7008
非ポリマー00
水19,2581069
1
A: Fluorescent protein Dronpa
B: Fluorescent protein Dronpa
C: Fluorescent protein Dronpa
E: Fluorescent protein Dronpa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3504
ポリマ－116,3504
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
2
G: Fluorescent protein Dronpa
H: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa
F: Fluorescent protein Dronpa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3504
ポリマ－116,3504
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.380, 79.306, 85.567
Angle α, β, γ (deg.)89.99, 87.62, 84.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Fluorescent protein Dronpa


分子量: 29087.471 Da / 分子数: 8 / 変異: M159T, E218G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)
遺伝子: Dronpa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1069 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl at pH 7.4, 0.1 M MgCl2, 21% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.195 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37.54 Å / Num. obs: 98509 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 7285 / CC1/2: 0.619 / Rrim(I) all: 1.23 / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13RC2_2986: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UTS

4uts


解像度: 2.1→37.54 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1988 2.1 %
Rwork0.182 --
obs0.183 94540 86.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13999 0 0 1069 15068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00614633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16119797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.10911933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0722018
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15250.29941000.25954800X-RAY DIFFRACTION63
2.1525-2.21070.2841140.24175175X-RAY DIFFRACTION68
2.2107-2.27580.28481540.2376781X-RAY DIFFRACTION89
2.2758-2.34920.30641380.23076615X-RAY DIFFRACTION87
2.3492-2.43320.25651370.21916443X-RAY DIFFRACTION84
2.4332-2.53060.28211570.21297090X-RAY DIFFRACTION93
2.5306-2.64570.26451450.19927069X-RAY DIFFRACTION93
2.6457-2.78510.22021490.18657045X-RAY DIFFRACTION93
2.7851-2.95960.21681500.1957001X-RAY DIFFRACTION92
2.9596-3.1880.2431470.19716799X-RAY DIFFRACTION89
3.188-3.50860.23211320.18446371X-RAY DIFFRACTION84
3.5086-4.01580.22881590.16447285X-RAY DIFFRACTION95
4.0158-5.05750.18661530.1377203X-RAY DIFFRACTION94
5.0575-37.54570.19151530.16976875X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59810.5489-0.27483.50671.89563.5895-0.05730.3093-0.2313-0.5870.4678-0.3981-0.33910.6777-0.32350.24680.0247-0.03330.3751-0.10580.3346-7.0981-21.2769-0.1596
22.11541.30191.41212.4580.67373.18420.0014-0.0527-0.4773-0.18510.2274-0.462-0.09710.3408-0.17990.14770.0481-0.00040.3031-0.08240.3972-8.1104-25.03183.7299
30.86460.55540.21341.042-0.06191.47140.00070.0706-0.135-0.06150.0613-0.0810.06980.1353-0.09940.24690.02330.0080.2897-0.06950.278-17.1908-18.7583-0.3581
42.3161-1.4879-2.30963.24723.12575.6670.07530.2836-0.1432-0.20720.0924-0.2162-0.03690.2044-0.1630.2915-0.043-0.01420.3513-0.08850.3591-8.9269-15.5660.0598
53.398-1.25940.2933.14812.61412.7976-0.2126-0.6325-0.2710.84950.53920.01230.45180.3318-0.25610.40850.0558-0.01120.3969-0.02110.222-19.4087-15.675522.2217
61.7665-0.85880.58253.2985-1.90614.83330.08860.2744-0.1618-0.13530.08530.1297-0.0443-0.0106-0.03670.219-0.0409-0.01180.2597-0.02850.1929-25.7229-18.10680.779
71.70620.9387-0.60652.3672-1.86675.9401-0.0172-0.0697-0.1277-0.00610.2839-0.0051-0.3057-0.5862-0.21260.18930.00810.00940.2695-0.04470.2211-24.8651-16.38525.6061
81.2751-0.69510.05081.05070.27372.36090.10770.2758-0.2206-0.23340.01510.0380.1209-0.0171-0.11660.2973-0.0529-0.05290.3098-0.07690.2715-21.3681-21.6272-4.6911
90.248-0.19840.26351.72940.6959-0.00390.14730.0427-0.4578-0.14720.021-0.03540.2098-0.0282-0.11470.322-0.03480.00180.3204-0.00260.3887-21.7319-29.81731.1927
101.50140.0483-0.09544.42921.08011.3983-0.07970.1832-0.2440.03380.07280.89150.1366-0.05910.06710.2347-0.0148-0.07130.3630.02430.365-57.4317-18.01532.6314
111.2241-0.28450.13330.7701-0.21031.22580.04610.1132-0.1582-0.0451-0.01560.2014-0.0145-0.0187-0.03470.2558-0.0226-0.03720.2567-0.01250.2171-48.6454-15.06082.1961
121.84231.0096-2.43933.3292-4.04318.3479-0.05260.1718-0.0422-0.149-0.2024-0.2450.04940.26640.12890.2698-0.0382-0.00880.2822-0.00920.2114-38.4306-12.89942.008
131.8295-0.45810.02672.24180.1561.85530.13660.0167-0.248-0.2397-0.03120.11530.242-0.0176-0.09130.1986-0.0255-0.04310.20610.00830.2078-44.7472-21.8421-0.9352
141.85490.82370.07054.1160.72231.74520.13830.02450.4187-0.3222-0.23250.945-0.3678-0.24190.1740.27460.06490.01910.37310.01240.3349-54.16712.663218.1468
151.08810.1711-0.2820.8928-0.16341.45370.0399-0.22650.2022-0.04030.02830.1548-0.096-0.1196-0.04490.26330.03580.00570.2602-0.00950.1999-48.240810.072817.2369
162.74220.8339-0.10345.95394.24869.63490.2434-0.2906-0.13650.3304-0.1328-0.08241.0882-0.2526-0.14670.30330.03970.03450.27220.07150.2595-42.0511-9.847225.1993
171.62860.4978-1.00341.8291-0.96953.05990.1078-0.09060.2703-0.44140.17990.31950.31060.2834-0.14810.2681-0.0052-0.01170.23650.00220.1945-35.51669.484816.1521
181.4395-1.84031.61436.4774-6.27596.11580.19420.03340.0719-0.696-0.19490.00940.52671.1910.20080.3059-0.00120.03630.3123-0.01150.2258-35.43246.33316.3684
192.7381-2.15862.57534.5186-4.01078.49070.09550.0141-0.0847-0.2033-0.3987-0.05120.32720.56450.06160.21650.0324-0.01540.23890.00460.1687-36.92323.237517.6317
202.22930.5863-0.43081.88460.29460.82320.0573-0.06870.24150.0501-0.03810.0374-0.3281-0.0397-0.09560.23090.0297-0.00060.2332-0.01670.2274-39.983616.040916.2245
213.77831.5529-1.17033.4461-1.03990.8540.4755-0.47990.39340.3974-0.32360.1941-0.3688-0.0247-0.11040.3481-0.04650.03730.3992-0.09020.2105-42.560112.202726.1786
221.2101-0.4864-0.40833.9759-1.06442.22950.00620.08790.175-0.1058-0.1779-0.66890.06680.32410.19070.16060.0187-0.01350.3755-0.04370.2798-9.9021-33.766541.9147
231.2364-0.1217-0.11771.58060.02421.5685-0.00180.12180.18570.03640.0184-0.28520.00610.1003-0.00460.2492-0.02-0.00410.2486-0.02340.2098-16.9218-31.671844.958
240.6645-0.2774-0.06482.1454-0.59461.08560.0830.1461-0.0024-0.0996-0.0463-0.21840.1632-0.0063-0.04320.2493-0.03550.00670.2718-0.02310.1943-27.4811-39.239541.6302
252.38251.31572.26583.39882.66846.14380.0685-0.09180.0116-0.0262-0.32410.1736-0.1462-0.56790.23870.2809-0.0203-0.01020.2564-0.01810.2103-28.7071-35.910744.3306
261.7661-0.2851-0.19451.5051-0.14580.84610.03970.04390.0902-0.066-0.0407-0.0594-0.4519-0.1728-0.0130.2031-0.0057-0.01880.3058-0.02310.2211-23.3131-25.215845.3596
275.1556-2.8753-2.15076.01281.68842.32410.1840.40030.2608-0.3848-0.09260.0803-0.1390.0629-0.09880.33220.0099-0.02560.330.00230.1492-21.5263-29.357235.4168
281.58170.20310.45413.95932.75364.1990.1928-0.34210.18570.70860.0907-0.49530.57520.2313-0.33810.3463-0.10660.04960.423-0.14120.4015-3.73587.786117.1858
290.94590.017-0.17391.20760.12431.9348-0.0257-0.12220.1418-0.02680.1629-0.2124-0.0970.2722-0.14480.2303-0.02530.01080.287-0.08280.2791-10.21796.698516.08
301.4753-0.1469-0.15941.89720.81512.4167-0.00490.20520.0393-0.41250.153-0.0406-0.0121-0.0565-0.11820.2967-0.02120.00570.2509-0.04190.2186-21.21376.00578.2572
311.6691-1.90882.0453.8042-3.64688.66490.062-0.01290.0811-0.1360.2345-0.10630.1752-0.3653-0.37290.1999-0.0503-0.01330.2492-0.02840.2344-22.67995.697712.3957
321.10970.3195-0.12871.60910.8130.9140.0335-0.17490.25730.0785-0.0543-0.1564-0.25880.05750.00930.2803-0.01450.02450.2959-0.06430.3409-16.904814.230519.0564
331.56660.19120.9513.3335-1.13242.51910.08950.15820.1906-0.50430.39370.47860.3968-0.5033-0.3920.32590.03330.04530.33630.09080.3965-60.3974-27.169444.3672
341.4639-0.064-0.18831.8744-0.17862.321-0.0538-0.06040.21390.15440.21410.3505-0.0909-0.3791-0.22710.20880.02930.04990.27730.0690.2969-57.2072-25.617451.9164
351.8292-0.502-0.18651.83311.34151.5416-0.01230.23660.1651-0.24020.20340.0211-0.35-0.0122-0.210.3085-0.0464-0.00480.29510.08530.2728-47.7861-25.205836.56
361.19170.15550.10911.3143-0.27111.92710.02290.17290.07620.05190.13310.2670.0515-0.2062-0.13790.2673-0.03360.00250.29410.07250.2898-54.2363-33.772343.3859
371.4993-0.5705-0.68545.9160.28131.94180.1147-0.8238-0.07690.65980.3236-0.0275-0.12930.3005-0.15350.45030.06220.04580.44840.0440.2444-46.107-33.426965.8305
381.4515-0.5218-0.74452.27681.23593.82650.10480.20390.1160.0486-0.0234-0.04150.1681-0.2383-0.13230.2063-0.0291-0.02550.20550.02580.2038-41.3776-30.725144.1128
391.72682.00092.47033.15293.73169.13510.17640.0836-0.0130.24580.3585-0.15750.68890.4944-0.5090.2150.046-0.02650.2370.00620.2717-41.9652-32.555749.1917
401.7198-0.5926-0.81631.5603-0.49332.29590.13420.24460.1895-0.2880.0867-0.0218-0.3652-0.0162-0.14310.2498-0.04550.00640.27460.04320.274-46.3958-27.195939.1451
410.5005-0.77790.37921.9514-0.76590.35140.4316-0.04730.7726-0.1136-0.03210.0446-0.62780.231-0.18530.2939-0.07250.00840.31190.03430.415-45.6507-18.963644.9779
421.8914-0.03080.15453.7301-1.93913.6314-0.1402-0.1101-0.20310.2040.32240.48480.1754-0.6985-0.16360.3529-0.0588-0.02940.37570.10640.3639-54.906420.399559.1381
430.9910.0832-0.04541.87550.19521.1621-0.0617-0.108-0.06850.18370.17160.15120.4238-0.2094-0.11760.3594-0.01070.01320.26770.07260.2341-44.812923.381561.7395
443.16710.8812-2.80132.2345-2.37356.85320.1624-0.4466-0.08350.20490.05890.3675-0.2347-0.0276-0.26280.3475-0.02-0.00010.32120.06180.346-52.362827.829861.3089
451.60840.0356-0.22731.747-0.59621.09750.04390.0948-0.0338-0.30660.16480.11430.2326-0.0231-0.22560.4354-0.01860.00250.21740.03010.206-38.543924.029151.8324
461.2416-0.8795-1.06022.88863.12876.64660.180.0049-0.0226-0.19230.3746-0.1691-0.3280.3497-0.52190.2812-0.03180.02040.26130.00980.275-36.821824.437155.7858
472.41240.16630.2221.2118-1.20611.56210.0953-0.236-0.24140.11860.2033-0.20290.01370.008-0.15770.460.008-0.02080.24040.06980.278-41.173519.812266.0904
480.86160.6347-0.5440.8734-0.750.3566-0.0082-0.1257-0.4028-0.0579-0.01180.15630.17630.01550.05150.4470.0044-0.01540.24270.05460.4295-41.953811.50960.5892
491.30451.0913-0.1864.3606-0.22581.49050.0116-0.2022-0.3079-0.0763-0.0224-0.61590.0374-0.0166-0.0030.31990.0812-0.09610.4069-0.02520.3077-4.414120.833660.7114
500.92230.44540.17331.61560.09461.60290.0199-0.1422-0.2166-0.00340.044-0.24120.20630.1466-0.050.39880.0838-0.05040.2631-0.01360.2473-11.839919.272558.1298
512.56810.01151.15373.9232-1.30443.1914-0.0388-0.0616-0.04780.251-0.14920.1639-0.4267-0.10450.00290.3896-0.0074-0.06210.2937-0.05450.2325-16.373239.8367.1816
521.17360.71440.79612.76631.67614.22590.1375-0.1882-0.1733-0.3387-0.0635-0.1504-0.2775-0.6144-0.07780.39290.0468-0.01220.2898-0.01290.2124-23.761921.816858.6503
532.5568-1.8545-2.34613.85923.74587.1216-0.0103-0.0399-0.0690.2304-0.15430.20780.0646-0.18010.12710.3605-0.0070.00260.2614-0.00680.2281-21.993426.617460.0535
542.39990.44550.31951.6452-0.33450.55780.1002-0.0902-0.21720.1063-0.0927-0.11480.2937-0.17020.00510.3760.0801-0.01050.2571-0.00240.2379-19.274414.026358.1996
554.09291.06541.08822.4950.24331.59620.1-0.3559-0.34470.1449-0.1096-0.15210.33640.2298-0.02850.51180.0361-0.04770.34630.06020.1834-16.041417.845167.6771
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 21 THROUGH 46 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 47 THROUGH 99 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 100 THROUGH 123 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 124 THROUGH 135 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 136 THROUGH 151 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 180 THROUGH 200 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 201 THROUGH 228 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 3 THROUGH 20 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 21 THROUGH 151 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 180 THROUGH 221 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'C' AND (RESID 3 THROUGH 20 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'C' AND (RESID 21 THROUGH 123 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'C' AND (RESID 124 THROUGH 135 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'C' AND (RESID 136 THROUGH 151 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'C' AND (RESID 152 THROUGH 163 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'C' AND (RESID 164 THROUGH 179 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'C' AND (RESID 180 THROUGH 200 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'C' AND (RESID 201 THROUGH 221 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'D' AND (RESID 3 THROUGH 32 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'D' AND (RESID 33 THROUGH 123 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'D' AND (RESID 124 THROUGH 151 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'D' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'D' AND (RESID 180 THROUGH 200 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'D' AND (RESID 201 THROUGH 220 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'E' AND (RESID 5 THROUGH 20 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'E' AND (RESID 21 THROUGH 123 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'E' AND (RESID 124 THROUGH 151 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'E' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN 'E' AND (RESID 180 THROUGH 228 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN 'F' AND (RESID 3 THROUGH 20 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'F' AND (RESID 21 THROUGH 60 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN 'F' AND (RESID 61 THROUGH 77 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'F' AND (RESID 78 THROUGH 123 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN 'F' AND (RESID 124 THROUGH 135 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN 'F' AND (RESID 136 THROUGH 151 )
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN 'F' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN 'F' AND (RESID 180 THROUGH 200 )
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN 'F' AND (RESID 201 THROUGH 228 )
42X-RAY DIFFRACTION42CHAIN 'G' AND (RESID 5 THROUGH 46 )
43X-RAY DIFFRACTION43CHAIN 'G' AND (RESID 47 THROUGH 99 )
44X-RAY DIFFRACTION44CHAIN 'G' AND (RESID 100 THROUGH 123 )
45X-RAY DIFFRACTION45CHAIN 'G' AND (RESID 124 THROUGH 151 )
46X-RAY DIFFRACTION46CHAIN 'G' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
47X-RAY DIFFRACTION47CHAIN 'G' AND (RESID 180 THROUGH 200 )
48X-RAY DIFFRACTION48CHAIN 'G' AND (RESID 201 THROUGH 228 )
49X-RAY DIFFRACTION49CHAIN 'H' AND (RESID 3 THROUGH 32 )
50X-RAY DIFFRACTION50CHAIN 'H' AND (RESID 33 THROUGH 123 )
51X-RAY DIFFRACTION51CHAIN 'H' AND (RESID 124 THROUGH 135 )
52X-RAY DIFFRACTION52CHAIN 'H' AND (RESID 136 THROUGH 163 )
53X-RAY DIFFRACTION53CHAIN 'H' AND (RESID 164 THROUGH 179 )
54X-RAY DIFFRACTION54CHAIN 'H' AND (RESID 180 THROUGH 200 )
55X-RAY DIFFRACTION55CHAIN 'H' AND (RESID 201 THROUGH 221 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る