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- PDB-2a47: Crystal structure of amFP486 H199T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a47
タイトルCrystal structure of amFP486 H199T
要素GFP-like fluorescent chromoprotein amFP486
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / GFP-like fluorescent chromoprotein amFP486
類似検索 - 構成要素
生物種Anemonia majano (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Henderson, J.N. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Crystal structures and mutational analysis of amFP486, a cyan fluorescent protein from Anemonia majano
著者: Henderson, J.N. / Remington, S.J.
履歴
登録2005年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GFP-like fluorescent chromoprotein amFP486
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6422
ポリマ－26,5641
非ポリマー781
水2,378132
1
A: GFP-like fluorescent chromoprotein amFP486
ヘテロ分子

A: GFP-like fluorescent chromoprotein amFP486
ヘテロ分子

A: GFP-like fluorescent chromoprotein amFP486
ヘテロ分子

A: GFP-like fluorescent chromoprotein amFP486
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,5688
ポリマ－106,2564
非ポリマー3134
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation10_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation15_466y-1,x+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)112.955, 112.955, 81.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-417-

HOH

詳細The biological tetramer is generated by the following operations: -y,-x,-z 1-x,1-y,1+z 1+y,1+x,1-z

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要素

#1: タンパク質 GFP-like fluorescent chromoprotein amFP486


分子量: 26563.953 Da / 分子数: 1 / 変異: H199T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anemonia majano (イソギンチャク)
プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 DE3 / 参照: UniProt: Q9U6Y6
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.7
詳細: 0.6 M Na/K tartrate, 40 M Li2SO4, 0.1 M CHES pH 9.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.82653 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82653 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→22.3 Å / Num. all: 27856 / Num. obs: 28008 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.192
反射 シェル解像度: 1.72→1.78 Å / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Num. measured obs: 2724 / Χ2: 0.499 / % possible all: 97.7

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.27 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.818
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
TNT精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2A46

2a46


解像度: 1.72→22.3 Å / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 --random
Rwork0.169 ---
obs0.172 28008 96 %-
溶媒の処理Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3----1.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→22.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1735 0 4 132 1871

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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