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- PDB-6nqn: Crystal structure of fast switching M159T mutant of fluorescent p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nqn
タイトルCrystal structure of fast switching M159T mutant of fluorescent protein Dronpa (Dronpa2), Y63(3-BrY)
要素Fluorescent protein Dronpa
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Dronpa2
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fluorescent protein Dronpa
類似検索 - 構成要素
生物種Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lin, C.-Y. / Romei, M.G. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)27738 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)118044 米国
引用ジャーナル: Science / : 2020
タイトル: Electrostatic control of photoisomerization pathways in proteins.
著者: Romei, M.G. / Lin, C.Y. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.
履歴
登録2019年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.42020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorescent protein Dronpa
B: Fluorescent protein Dronpa
C: Fluorescent protein Dronpa
D: Fluorescent protein Dronpa
E: Fluorescent protein Dronpa
F: Fluorescent protein Dronpa
G: Fluorescent protein Dronpa
H: Fluorescent protein Dronpa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,3248
ポリマ-232,3248
非ポリマー00
19,9251106
1
A: Fluorescent protein Dronpa
B: Fluorescent protein Dronpa
C: Fluorescent protein Dronpa
E: Fluorescent protein Dronpa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,1624
ポリマ-116,1624
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
2
D: Fluorescent protein Dronpa
F: Fluorescent protein Dronpa

G: Fluorescent protein Dronpa
H: Fluorescent protein Dronpa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,1624
ポリマ-116,1624
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
crystal symmetry operation1_666x+1,y+1,z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)71.390, 79.490, 85.650
Angle α, β, γ (deg.)89.92, 92.40, 94.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Fluorescent protein Dronpa


分子量: 29040.475 Da / 分子数: 8 / 変異: M159T, E218G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)
遺伝子: Dronpa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1106 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl at pH 7.4, 0.1 M MgCl2, 15% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37.61 Å / Num. obs: 106887 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 7389 / CC1/2: 0.691 / Rrim(I) all: 0.84 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13RC2_2986: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UTS
解像度: 2.1→37.61 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 22.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 5345 5 %
Rwork0.172 --
obs0.173 106850 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13975 0 0 1106 15081
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19219746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.06511890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0692014
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082582
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12380.28251640.23523115X-RAY DIFFRACTION91
2.1238-2.14880.27951700.22973228X-RAY DIFFRACTION92
2.1488-2.1750.28681640.22283100X-RAY DIFFRACTION91
2.175-2.20250.271680.2213201X-RAY DIFFRACTION93
2.2025-2.23150.25211830.21233473X-RAY DIFFRACTION99
2.2315-2.26210.261800.2063416X-RAY DIFFRACTION99
2.2621-2.29440.27171800.21853429X-RAY DIFFRACTION99
2.2944-2.32860.28811810.21863433X-RAY DIFFRACTION99
2.3286-2.3650.22331780.20763383X-RAY DIFFRACTION98
2.365-2.40380.24531800.20743425X-RAY DIFFRACTION99
2.4038-2.44520.25391780.21173382X-RAY DIFFRACTION98
2.4452-2.48970.29381750.2153319X-RAY DIFFRACTION95
2.4897-2.53750.24671770.19563373X-RAY DIFFRACTION98
2.5375-2.58930.23041820.19023459X-RAY DIFFRACTION100
2.5893-2.64560.22871840.18193493X-RAY DIFFRACTION100
2.6456-2.70710.22831780.18683380X-RAY DIFFRACTION99
2.7071-2.77480.21191830.18543472X-RAY DIFFRACTION99
2.7748-2.84980.24581820.19673464X-RAY DIFFRACTION99
2.8498-2.93360.2771790.19823408X-RAY DIFFRACTION99
2.9336-3.02830.24561800.19843410X-RAY DIFFRACTION99
3.0283-3.13650.22561790.18883405X-RAY DIFFRACTION98
3.1365-3.2620.20671750.17973318X-RAY DIFFRACTION96
3.262-3.41040.19851820.16283460X-RAY DIFFRACTION100
3.4104-3.590.20331810.16443443X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.81470.17341800.15263424X-RAY DIFFRACTION100
3.8147-4.1090.16781830.13893466X-RAY DIFFRACTION99
4.109-4.52180.12331800.12083428X-RAY DIFFRACTION99
4.5218-5.17470.14271770.11883352X-RAY DIFFRACTION97
5.1747-6.51410.15131830.14593482X-RAY DIFFRACTION100
6.5141-37.61560.191790.17193364X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0575-0.7181-0.34365.02281.94322.2866-0.0945-0.20330.47190.24330.4783-0.5763-0.02950.649-0.39240.1929-0.0282-0.00230.3163-0.07280.3698-8.22123.1435-2.2753
21.0929-0.2688-0.32511.5073-0.01242.39530.006-0.16440.17450.08990.1289-0.219-0.02650.2422-0.13730.1775-0.01090.00140.2684-0.09240.2656-15.211417.3810.0506
32.17610.2974-1.69533.9973-0.77937.54720.1120.17390.1794-0.2170.1471-0.0185-0.30810.1653-0.240.0399-0.0286-0.04950.1895-0.04530.1935-23.64816.6406-9.7952
44.0971-3.56874.1936.1696-5.74118.8011-0.01470.11480.0266-0.0750.2022-0.0448-0.0195-0.0449-0.33880.1604-0.05020.02410.2518-0.05170.2382-25.428615.9913-5.8743
52.59010.5875-1.68642.8878-1.03624.79170.0657-0.020.43380.20780.0794-0.1296-0.34090.0337-0.12510.1655-0.0069-0.03280.2007-0.08810.2759-19.028524.2087-0.4713
60.8443-0.2120.41040.0479-0.10210.21620.3255-0.21330.7411.7387-1.05851.78940.3242-0.23530.69210.6217-0.12790.26740.4847-0.25270.8144-39.004331.627912.627
73.0802-0.3867-0.47946.05522.15091.93050.0031-0.08760.27950.1549-0.09670.9427-0.0956-0.21050.13180.2280.00920.04160.372-0.0110.29-58.058615.3678-1.3307
80.89930.4177-0.23431.5375-0.29241.56620.053-0.11620.16670.063-0.01340.25760.033-0.1182-0.04460.20750.01120.03590.24510.00360.23-48.528315.0741-2.8481
94.447-3.61315.34026.4643-6.58889.53720.0926-0.1420.00150.0216-0.0085-0.0051-0.09130.07690.00660.2020.00070.03310.211-0.01930.2084-39.075912.6296-2.4312
102.89261.2519-1.61653.488-1.14074.35780.1717-0.21360.25560.2209-0.17430.0469-0.3101-0.0338-0.03680.17430.06050.03580.1935-0.02190.2342-45.258621.5140.763
114.0226-1.3564-1.7566.64574.92535.84780.15520.3668-0.1466-0.7650.422-0.645-0.36710.6429-0.57450.3120.0601-0.01350.357-0.06170.3456-4.3578-8.3566-17.2392
121.26070.0604-0.02081.32730.11391.86460.00980.0581-0.19660.0580.1699-0.22920.110.1799-0.17550.21590.0431-0.02520.2551-0.08780.2586-14.8902-8.1177-14.9728
130.5332-0.876-1.00851.38021.64961.92730.83920.1199-1.1931-1.0002-1.07620.8571-0.11250.25860.32320.67530.0432-0.15260.5823-0.23860.7187-31.7152-24.8082-31.028
143.77191.3428-2.76446.539-5.12757.41910.0203-0.1682-0.26080.60360.41740.5542-0.3249-0.6941-0.4430.2575-0.0457-0.04140.27180.05650.3233-60.683626.9602-44.855
151.00470.03490.12351.7601-0.18482.66820.0381-0.0976-0.2074-0.04230.1470.28690.0327-0.2531-0.20730.16940.0035-0.01540.26410.07820.2797-54.644728.9595-45.3213
161.95240.24871.7094.7970.6845.92240.0410.1196-0.1938-0.32460.08790.00530.2672-0.0282-0.11390.0491-0.02250.04410.17640.01940.1993-43.998331.467-53.4572
175.822-5.5507-5.19837.64256.2085.3793-0.0512-0.1923-0.1247-0.29570.20290.0822-0.25850.3111-0.33790.1811-0.0408-0.02430.21440.03540.2212-42.554132.0648-49.2915
182.34380.64150.92113.19361.16173.6954-0.0530.0423-0.37450.04330.16840.17030.16180.0179-0.10950.2062-0.00740.01390.23990.08850.3-49.305223.8312-44.5792
190.5091-1.69991.68475.6046-5.46465.30030.7886-0.9752-1.5191.8953-0.8512-1.1178-0.5382-0.31630.11670.7166-0.1121-0.2960.59410.28630.9476-30.961616.2275-29.9536
202.9733-1.7980.50379.08320.71812.08760.05330.2156-0.4296-0.0027-0.03470.76780.2537-0.2848-0.01390.2339-0.0596-0.00660.3575-0.01650.2606-54.1722-11.7616-21.4496
211.0708-0.06730.09212.2391-0.38652.00570.0060.1489-0.20030.0920.09920.05670.1823-0.0792-0.10860.2514-0.0419-0.01630.24030.00160.2275-44.792-11.4594-15.9473
224.42135.1526-0.40789.6231-0.22293.77230.16580.1245-0.31260.3456-0.09390.0990.0414-0.144-0.06390.1871-0.0001-0.01610.22910.01470.2679-52.9594-9.2772-13.6228
238.39461.69845.15818.89267.98538.89780.15540.64980.4325-0.6198-0.0141-0.1042-0.6345-0.0402-0.02660.29860.0386-0.00860.27480.09560.2033-42.55869.3121-25.3711
241.4651-0.92191.52347.1979-6.66577.2810.08950.0992-0.12820.1722-0.02950.155-0.21590.4280.0160.2059-0.0172-0.00450.2776-0.02230.1906-36.0587-8.7083-16.3373
256.74795.6939-5.4276.1472-4.79844.3650.0049-0.0047-0.0921-0.1025-0.1623-0.1870.15610.18280.13190.21320.0277-0.02320.156-0.01570.2052-37.7329-3.9173-17.8355
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427.09030.4101-2.49567.4048-5.21477.49570.02540.40530.0046-1.06410.1043-0.28050.3267-0.088-0.11110.36150.0350.05660.225-0.07280.199-17.2693-40.2941-67.8054
433.6721-1.8768-2.37545.44665.43136.2428-0.09040.2090.19550.405-0.0802-0.15070.4587-0.39730.19530.3427-0.04250.02380.21830.03890.1894-24.2943-22.3346-58.7785
444.76173.46154.33136.33014.62166.0195-0.01220.01060.0729-0.3232-0.24860.0435-0.1798-0.39590.19650.312-0.00760.07180.19510.00860.2231-22.6126-27.2867-60.2558
453.394-0.8809-1.39772.55930.62873.24680.13790.29320.2114-0.2727-0.1512-0.1374-0.47150.0267-0.01430.3731-0.07310.02610.210.03580.2182-18.7826-16.1912-62.7637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 4 THROUGH 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 47 THROUGH 123 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 124 THROUGH 151 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 180 THROUGH 216 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 217 THROUGH 228 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 3 THROUGH 32 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 33 THROUGH 151 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 180 THROUGH 221 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'C' AND (RESID 4 THROUGH 20 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 21 THROUGH 216 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 217 THROUGH 227 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'D' AND (RESID 3 THROUGH 20 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'D' AND (RESID 21 THROUGH 123 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'D' AND (RESID 124 THROUGH 151 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'D' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'D' AND (RESID 180 THROUGH 216 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'D' AND (RESID 217 THROUGH 228 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'E' AND (RESID 3 THROUGH 46 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'E' AND (RESID 47 THROUGH 99 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'E' AND (RESID 100 THROUGH 123 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'E' AND (RESID 124 THROUGH 135 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'E' AND (RESID 136 THROUGH 163 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'E' AND (RESID 164 THROUGH 179 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'E' AND (RESID 180 THROUGH 216 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'E' AND (RESID 217 THROUGH 220 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'F' AND (RESID 3 THROUGH 32 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'F' AND (RESID 33 THROUGH 123 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'F' AND (RESID 124 THROUGH 135 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'F' AND (RESID 136 THROUGH 163 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN 'F' AND (RESID 164 THROUGH 179 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN 'F' AND (RESID 180 THROUGH 221 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'G' AND (RESID 4 THROUGH 20 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN 'G' AND (RESID 21 THROUGH 151 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'G' AND (RESID 152 THROUGH 179 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN 'G' AND (RESID 180 THROUGH 200 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN 'G' AND (RESID 201 THROUGH 216 )
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN 'G' AND (RESID 217 THROUGH 227 )
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN 'H' AND (RESID 3 THROUGH 32 )
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN 'H' AND (RESID 33 THROUGH 123 )
42X-RAY DIFFRACTION42CHAIN 'H' AND (RESID 124 THROUGH 135 )
43X-RAY DIFFRACTION43CHAIN 'H' AND (RESID 136 THROUGH 163 )
44X-RAY DIFFRACTION44CHAIN 'H' AND (RESID 164 THROUGH 179 )
45X-RAY DIFFRACTION45CHAIN 'H' AND (RESID 180 THROUGH 221 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る