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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nq4
タイトルCrystal structure of a Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family from Brucella suis 1330
要素HAD superfamily hydrolase
キーワードHYDROLASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA, hypothetical 3 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / hydrolase activity / PHOSPHATE ION / HAD superfamily hydrolase
機能・相同性情報
生物種Brucella suis biovar 1 (ブタ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a Hydrolase, haloacid dehalogenase-like family from Brucella suis 1330
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Sankaran, B. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HAD superfamily hydrolase
B: HAD superfamily hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,97113
ポリマ－66,3392
非ポリマー63111
水11,295627
1
A: HAD superfamily hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5367
ポリマ－33,1701
非ポリマー3666
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HAD superfamily hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4356
ポリマ－33,1701
非ポリマー2655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.430, 60.120, 86.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.280, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 HAD superfamily hydrolase


分子量: 33169.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella suis biovar 1 (strain 1330) (ブタ流産菌)
株: 1330 / 遺伝子: BS1330_II0196 / プラスミド: BrsuA.18142.a.A1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3GA96
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Rigaku Reagents Wizard 3/4 , condition B4: 200mM potassium citrate, tribasic, 20% PEG 3350: BrsuA.18142.a.A1.PS01295 at 20mg/ml: cryo: 20% EG: tray 229127 B4: puck: fbr1-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→35.057 Å / Num. obs: 107963 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.018 % / Biso Wilson estimate: 25.469 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 18.87
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.45-1.494.0740.483.0279650.8760.55399.9
1.49-1.534.0840.3454.0277800.930.39899.9
1.53-1.574.090.2615.2975020.9610.399.9
1.57-1.624.1070.216.6173900.9720.24299.8
1.62-1.674.1060.1628.4170790.9820.18699.8
1.67-1.734.1130.13410.1468730.9860.15499.8
1.73-1.84.110.10512.2866590.9920.12199.9
1.8-1.874.0950.0815.6863780.9950.09299.9
1.87-1.964.0760.06419.2461740.9960.07399.8
1.96-2.054.0270.05123.3458260.9970.05999.8
2.05-2.163.9890.04426.6355960.9980.0599.8
2.16-2.293.9560.03830.1852850.9980.04499.6
2.29-2.453.9130.03432.0449730.9980.0499.6
2.45-2.653.8970.03334.0946480.9980.03899.8
2.65-2.93.8620.03136.0542540.9980.03699.6
2.9-3.243.7860.02838.0438630.9980.03399.5
3.24-3.743.7710.02740.3134130.9990.03199.7
3.74-4.593.9460.02242.1829070.9990.02699.5
4.59-6.483.9030.02242.122600.9990.02599.6
6.48-35.0573.6250.02140.4211380.9990.02588

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(dev_3339)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Arcimboldo位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Robetta model, followed up by Arcimboldo-shredder treatment

解像度: 1.45→35.057 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1835 2010 1.86 %0
Rwork0.1415 ---
obs0.1423 107954 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.14 Å2 / Biso mean: 25.1674 Å2 / Biso min: 11.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→35.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4003 0 37 647 4687
Biso mean--29.18 38.92 -
残基数----532
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.48630.20471450.157575357680100
1.4863-1.52650.20921320.148875487680100
1.5265-1.57140.17131320.139975107642100
1.5714-1.62210.21511570.130776317788100
1.6221-1.68010.17171310.123375077638100
1.6801-1.74730.18181530.132275537706100
1.7473-1.82690.1671490.12975427691100
1.8269-1.92320.1631460.124875637709100
1.9232-2.04370.16811350.124675497684100
2.0437-2.20140.16931540.134175877741100
2.2014-2.42290.17681380.135575847722100
2.4229-2.77340.21431450.153376097754100
2.7734-3.49370.17281560.149575987754100
3.4937-35.06740.19111370.14757628776598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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