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- PDB-6npw: SSu72/Sympk in complex with Ser2/Ser5 phosphorylated peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6npw
タイトルSSu72/Sympk in complex with Ser2/Ser5 phosphorylated peptide
要素
  • Ser2/Ser5 phosphorylated peptide
  • Ssu72 ortholog, LD40846p
  • Symplekin
キーワードHYDROLASE / phosphatase / CTD of RNA pol II
機能・相同性
機能・相同性情報


Processing of Intronless Pre-mRNAs / histone locus body / mRNA 3'-end processing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / tricellular tight junction / RNA Polymerase II Transcription Termination / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage ...Processing of Intronless Pre-mRNAs / histone locus body / mRNA 3'-end processing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / tricellular tight junction / RNA Polymerase II Transcription Termination / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / myosin phosphatase activity / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / protein-serine/threonine phosphatase / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / phosphatase activity / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Estrogen-dependent gene expression / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / RNA polymerase II, core complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #550 / RNA polymerase II subunit A / Ssu72-like protein / Symplekin/Pta1 / Symplekin C-terminal / Symplekin/Pta1, N-terminal / Symplekin/PTA1 N-terminal / Symplekin tight junction protein C terminal / Leucine-rich Repeat Variant / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #550 / RNA polymerase II subunit A / Ssu72-like protein / Symplekin/Pta1 / Symplekin C-terminal / Symplekin/Pta1, N-terminal / Symplekin/PTA1 N-terminal / Symplekin tight junction protein C terminal / Leucine-rich Repeat Variant / Helix Hairpins / Leucine-rich Repeat Variant / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Response regulator / Helix non-globular / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / Special / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Symplekin / RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Saccharomyces cerevisiae RM11-1a (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.486 Å
データ登録者Irani, S. / Zhang, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural determinants for accurate dephosphorylation of RNA polymerase II by its cognate C-terminal domain (CTD) phosphatase during eukaryotic transcription.
著者: Irani, S. / Sipe, S.N. / Yang, W. / Burkholder, N.T. / Lin, B. / Sim, K. / Matthews, W.L. / Brodbelt, J.S. / Zhang, Y.
履歴
登録2019年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Symplekin
B: Ssu72 ortholog, LD40846p
C: Symplekin
D: Ssu72 ortholog, LD40846p
E: Ser2/Ser5 phosphorylated peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,4856
ポリマ－123,3905
非ポリマー951
水3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.702, 127.702, 105.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: タンパク質 Symplekin


分子量: 37495.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sym, CG2097 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8MSU4
#2: タンパク質 Ssu72 ortholog, LD40846p


分子量: 23130.279 Da / 分子数: 2 / Mutation: C13D, D144N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Ssu72, CG14216, Dmel_CG14216 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: Q9VWE4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素, protein-serine/threonine phosphatase, EC: 3.1.3.41
#3: タンパク質・ペプチド Ser2/Ser5 phosphorylated peptide


分子量: 2138.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae RM11-1a (パン酵母)
参照: UniProt: P04050*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 12% PEG3350 (w/v) and 100 mM HEPE pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.486→50 Å / Num. obs: 59967 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 11.97
反射 シェル解像度: 2.49→2.55 Å / Num. unique obs: 4110

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IMI

4imi


解像度: 2.486→48.943 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 2013 3.36 %
Rwork0.1892 --
obs0.1908 59967 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.486→48.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8237 0 5 210 8452
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058352
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69411259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1695191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4856-2.54780.34181410.26274110X-RAY DIFFRACTION100
2.5478-2.61670.27631430.22654114X-RAY DIFFRACTION100
2.6167-2.69360.28691410.21514114X-RAY DIFFRACTION100
2.6936-2.78060.27971450.21114147X-RAY DIFFRACTION100
2.7806-2.880.24061430.21354108X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.99520.23951450.21014086X-RAY DIFFRACTION100
2.9952-3.13150.27411440.21054168X-RAY DIFFRACTION100
3.1315-3.29660.25681490.20984115X-RAY DIFFRACTION100
3.2966-3.50310.24261410.19584120X-RAY DIFFRACTION100
3.5031-3.77350.24091410.18874161X-RAY DIFFRACTION100
3.7735-4.15310.2131450.18134137X-RAY DIFFRACTION100
4.1531-4.75360.21461430.16054171X-RAY DIFFRACTION100
4.7536-5.98730.22271460.18844157X-RAY DIFFRACTION100
5.9873-48.95270.19611460.15644246X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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