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Yorodumi- PDB-6npp: Crystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1,... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6npp | ||||||
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Title | Crystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1, bound to fragments | ||||||
Components |
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Keywords | viral protein/inhibitor / EBNA1 / DNA binding protein / Epstein-Barr Virus / viral protein / viral protein-inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information host cell PML body / viral latency / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / host cell nucleus / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Epstein-Barr virus (Epstein-Barr virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.35 Å | ||||||
Authors | Messick, T.E. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Sci Transl Med / Year: 2019 Title: Structure-based design of small-molecule inhibitors of EBNA1 DNA binding blocks Epstein-Barr virus latent infection and tumor growth. Authors: Messick, T.E. / Smith, G.R. / Soldan, S.S. / McDonnell, M.E. / Deakyne, J.S. / Malecka, K.A. / Tolvinski, L. / van den Heuvel, A.P.J. / Gu, B.W. / Cassel, J.A. / Tran, D.H. / Wassermann, B.R. ...Authors: Messick, T.E. / Smith, G.R. / Soldan, S.S. / McDonnell, M.E. / Deakyne, J.S. / Malecka, K.A. / Tolvinski, L. / van den Heuvel, A.P.J. / Gu, B.W. / Cassel, J.A. / Tran, D.H. / Wassermann, B.R. / Zhang, Y. / Velvadapu, V. / Zartler, E.R. / Busson, P. / Reitz, A.B. / Lieberman, P.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6npp.cif.gz | 183.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6npp.ent.gz | 146.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6npp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6npp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6npp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6npiC 6npmC 1vhiS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15306.679 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (Epstein-Barr virus (strain B95-8)) Strain: B95-8 / Gene: EBNA1, BKRF1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P03211 |
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#2: Protein | Mass: 14650.971 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (Epstein-Barr virus (strain B95-8)) Strain: GD1 / Gene: EBNA1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0P0J719, UniProt: P03211*PLUS |
#3: Chemical | ChemComp-KWG / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.15 % / Description: Rectangular rods |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: 50 mM MES pH 6.5, 0-100 mM NaCl, 10 mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54178 Å |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Feb 1, 2018 / Details: Varimax |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.35→50 Å / Num. obs: 61748 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 15.28 Å2 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 16.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.35→1.37 Å / Redundancy: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2490 / Rsym value: 0.594 / % possible all: 80 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1VHI Resolution: 1.35→22.621 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.83
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.35→22.621 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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