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万見
- PDB-6npd: X-ray crystal structure of TmpA, 2-trimethylaminoethylphosphonate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6npd
タイトルX-ray crystal structure of TmpA, 2-trimethylaminoethylphosphonate hydroxylase, with Fe, 2OG, and (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate
要素TmpA, 2-trimethylaminoethylphosphonate hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / organophosphonate / iron oxygenase / HD-domain / gene annotation / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


[2-(trimethylamino)ethyl]phosphonate dioxygenase / gamma-butyrobetaine dioxygenase activity / carnitine biosynthetic process / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Gamma-butyrobetaine hydroxylase / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / GBBH-like, N-terminal domain superfamily / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / : / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-KVP / [2-(trimethylamino)ethyl]phosphonate dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Leisingera caerulea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Rajakovich, L.J. / Mitchell, A.J. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1330784 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: A New Microbial Pathway for Organophosphonate Degradation Catalyzed by Two Previously Misannotated Non-Heme-Iron Oxygenases.
著者: Rajakovich, L.J. / Pandelia, M.E. / Mitchell, A.J. / Chang, W.C. / Zhang, B. / Boal, A.K. / Krebs, C. / Bollinger Jr., J.M.
履歴
登録2019年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TmpA, 2-trimethylaminoethylphosphonate hydroxylase
B: TmpA, 2-trimethylaminoethylphosphonate hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0805
ポリマ－84,7842
非ポリマー2963
水8,701483
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Homodimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area29320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.564, 87.564, 221.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 TmpA, 2-trimethylaminoethylphosphonate hydroxylase


分子量: 42391.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leisingera caerulea (バクテリア)
プラスミド: pET-28a(+) / 詳細 (発現宿主): NdeI/XhoI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8H042*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-KVP / (2R)-2-hydroxy-N,N,N-trimethyl-2-phosphonoethan-1-aminium


分子量: 184.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H15NO4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15 mg/mL TmpA, 1.1 M sodium malonate, pH 7.0, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 0.5% Jeffamine ED-2001, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月22日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 83497 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.78-1.817.70.4670.9140.1670.4980.66899.7
1.81-1.847.80.3920.940.140.4170.66199.7
1.84-1.887.80.3480.9570.1240.3710.67299.9
1.88-1.927.10.4480.940.1660.4791.62799.7
1.92-1.967.60.3870.9490.1390.4121.62899.9
1.96-280.1950.9850.0690.2070.711100
2-2.058.10.1670.9870.0590.1770.72799.9
2.05-2.118.10.1580.990.0560.1680.83100
2.11-2.178.20.1220.9930.0430.130.748100
2.17-2.247.30.1310.9920.0480.140.93798.9
2.24-2.327.20.1610.9830.060.1721.54498.7
2.32-2.428.50.0920.9950.0320.0980.757100
2.42-2.538.60.0830.9950.0290.0880.759100
2.53-2.668.80.0730.9970.0260.0780.729100
2.66-2.8390.0690.9970.0240.0730.751100
2.83-3.049.20.0680.9970.0230.0720.855100
3.04-3.359.40.0750.9960.0260.081.237100
3.35-3.839.20.0780.9960.0270.0831.486100
3.83-4.839.20.0570.9970.0190.060.9100
4.83-5090.0510.9980.0180.0540.6899.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6NPB

6npb


解像度: 1.78→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.495 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.112
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2174 4151 5 %RANDOM
Rwork0.1967 ---
obs0.1977 79060 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.91 Å2 / Biso mean: 21.42 Å2 / Biso min: 9.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5890 0 13 483 6386
Biso mean--13.18 26.4 -
残基数----756
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0196044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.9558208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88312712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.775754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.25223.51302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.37915936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5691554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021436
LS精密化 シェル解像度: 1.777→1.823 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 316 -
Rwork0.237 5662 -
all-5978 -
obs--97.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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