PDB-6np8: Xanthomonas citri Phospho-PGM in complex with mannose-6-phosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6np8

タイトル

Xanthomonas citri Phospho-PGM in complex with mannose-6-phosphate

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2019
タイトル: Structural and dynamical description of the enzymatic reaction of a phosphohexomutase.
著者: Stiers, K.M. / Graham, A.C. / Zhu, J.S. / Jakeman, D.L. / Nix, J.C. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2019年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6np8.cif.gz	205.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6np8.ent.gz	160.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6np8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6np8_validation.pdf.gz	813.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6np8_full_validation.pdf.gz	815.5 KB	表示
XML形式データ	6np8_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	6np8_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6np8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6np8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nn1C 6nn2C 6nnnC 6nnoC 6nnpC 6nnsC 6nntC 6nnuC 6nolC 6noqC 6npxC 6nqeC 6nqfC 6nqgC 5bmnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6npx-d 6mnv-d 6mlw-d 6nqg-d 6nns-d 6nol-d 6nn1-d 6n1e-d 6mlf-d 6l4x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

52.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.930, 54.300, 171.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Phosphoglucomutase

分子量: 51431.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: xanA, XAC3579 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PGN7

#2: 糖

ChemComp-M6P / 6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / ALPHA-D-MANNOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-mannose / 6-O-phosphono-D-mannose / 6-O-phosphono-mannose / α-D-マンノピラノ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 化合物

ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.2M MgCl, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→45.85 Å / Num. obs: 79996 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 12.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 21.1
反射シェル	解像度: 1.41→1.43 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 1.715 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2198 / CC_1/2: 0.426 / R_pim(I) all: 0.774 / R_rim(I) all: 1.891 / % possible all: 57.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BMN

5bmn

解像度: 1.41→45.848 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2131	3846	4.83 %
R_work	0.1795	-	-
obs	0.1811	79682	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→45.848 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3450	0	38	653	4141

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3758
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.898	5112
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.295	2908
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	550
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	685

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.4279	0.5125	147	0.5676	2739	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4279-1.4466	0.5305	129	0.5252	2708	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4466-1.4665	0.5815	139	0.5121	2766	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4665-1.4874	0.4636	133	0.4664	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4874-1.5096	0.4172	148	0.4321	2754	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5096-1.5332	0.4008	132	0.3677	2728	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5332-1.5583	0.392	146	0.3347	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5583-1.5852	0.2896	144	0.2904	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5852-1.614	0.2845	152	0.2403	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.614-1.6451	0.2122	114	0.2001	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6451-1.6787	0.2393	137	0.1851	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6787-1.7152	0.2583	141	0.1922	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7152-1.7551	0.2205	120	0.1824	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7551-1.799	0.2014	156	0.1745	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
1.799-1.8476	0.1946	148	0.1696	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8476-1.902	0.2313	156	0.1753	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
1.902-1.9634	0.2104	162	0.1787	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9634-2.0335	0.2283	156	0.1685	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0335-2.115	0.1946	132	0.1647	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.115-2.2112	0.2017	158	0.1559	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2112-2.3278	0.2307	164	0.1712	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3278-2.4736	0.1963	145	0.1556	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4736-2.6646	0.1809	152	0.147	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6646-2.9327	0.169	132	0.1545	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9327-3.3569	0.174	132	0.1481	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3569-4.2289	0.153	140	0.1259	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2289-45.8723	0.1467	131	0.1375	3103	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.115	-0.1291	-0.1091	0.3229	0.2269	0.3437	-0.0248	0.0136	0.0066	-0.0222	0.0031	0.0515	0.0345	-0.0369	-0	0.1374	-0.001	0.0016	0.1374	-0.0129	0.1329	38.5145	38.1972	15.8483
2	0.0791	-0.071	-0.1507	0.1662	0.1687	0.488	-0.0111	-0.011	-0.004	0.0004	0.0219	0.0073	0.0361	0.0365	0	0.1085	0.0008	-0.0045	0.1236	-0.0056	0.1191	30.1352	47.0741	31.5242
3	0.2493	-0.0199	0.0891	0.1372	-0.1021	0.2592	0.0034	0.0274	-0.0083	-0.0284	-0.0049	-0.008	-0.0188	0.0206	0	0.1175	0.0029	0.0066	0.1033	-0.0095	0.117	23.6932	62.6342	18.9187

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 121 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 122 through 267 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 268 through 448 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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