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- PDB-6np4: AAC-VIa bound to Tobramycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6np4
タイトルAAC-VIa bound to Tobramycin
要素Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Antibiotic modifying enzyme / substrate selectivity / ANTIBIOTIC
機能・相同性aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / aminoglycoside 3-N-acetyltransferase activity / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase / Aminoglycoside 3-N-acetyltransferase-like / response to antibiotic / metal ion binding / TOBRAMYCIN / Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.151 Å
データ登録者Kumar, P. / Cuneo, M.J.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2019
タイトル: Low-Barrier and Canonical Hydrogen Bonds Modulate Activity and Specificity of a Catalytic Triad.
著者: Kumar, P. / Agarwal, P.K. / Waddell, M.B. / Mittag, T. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J.
履歴
登録2019年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2263
ポリマ－28,7341
非ポリマー4922
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.642, 86.157, 50.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

21A-766-

HOH

31A-792-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside N(3)-acetyltransferase


分子量: 28734.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: aac 3-VI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q47030, aminoglycoside 3-N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-TOY / TOBRAMYCIN / 4-AMINO-2-[4,6-DIAMINO-3-(3-AMINO-6-AMINOMETHYL-5-HYDROXY-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY]-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,5-DIOL / トブラマイシン


分子量: 467.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37N5O9 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15-20% polyethylene glycol (PEG) 8000,0.1 M Tris, pH 8.5 and 0.3 M MgCl2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 114083 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 14.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.048 / Χ2: 0.672 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 383601
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.15-1.183.30.40375640.8820.2640.4840.45599.8
1.18-1.213.10.3476050.9090.2260.410.45699.9
1.21-1.243.30.28175580.9380.1820.3360.45399.8
1.24-1.283.20.23176220.9550.1510.2770.471100
1.28-1.323.50.19275880.970.1220.2280.474100
1.32-1.363.40.1676620.9770.1030.1910.493100
1.36-1.423.50.12775370.9840.0810.1510.506100
1.42-1.483.40.09976250.9890.0640.1180.53199.9
1.48-1.563.20.07575940.9920.0490.090.5999.9
1.56-1.663.40.06276170.9950.0390.0730.652100
1.66-1.793.60.05276110.9960.0320.0610.703100
1.79-1.973.50.04575940.9970.0280.0530.848100
1.97-2.253.30.04176430.9960.0270.0491.01899.9
2.25-2.843.50.03676320.9970.0230.0431.10899.8
2.84-503.30.03276310.9970.0210.0391.26498.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BC6

6bc6


解像度: 1.151→43.273 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1394 5705 5 %
Rwork0.1247 108362 -
obs0.1255 114067 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.55 Å2 / Biso mean: 23.2815 Å2 / Biso min: 10.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.151→43.273 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2027 0 139 418 2584
Biso mean--22.03 38.4 -
残基数----268
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.151-1.16380.23211860.2265353097
1.1638-1.17750.2261880.21383555100
1.1775-1.19180.21631900.1993626100
1.1918-1.20690.23531890.19183596100
1.2069-1.22280.19051890.18373583100
1.2228-1.23950.20331900.17013609100
1.2395-1.25720.17031930.16653654100
1.2572-1.2760.17931870.15033562100
1.276-1.2960.16961910.1433630100
1.296-1.31720.16081890.13953604100
1.3172-1.33990.15181920.13253641100
1.3399-1.36430.14661920.12713643100
1.3643-1.39050.13691890.11633580100
1.3905-1.41890.1251890.11433602100
1.4189-1.44980.13871890.10983589100
1.4498-1.48350.13181920.10323651100
1.4835-1.52060.12851890.09843592100
1.5206-1.56170.11191920.0983634100
1.5617-1.60770.11571900.0943623100
1.6077-1.65960.10711910.09363616100
1.6596-1.71890.11021890.09633599100
1.7189-1.78770.1041910.10113641100
1.7877-1.86910.11671920.10693639100
1.8691-1.96760.11941890.10763588100
1.9676-2.09090.12161920.11093641100
2.0909-2.25230.10951900.1143622100
2.2523-2.47890.13191920.11653652100
2.4789-2.83760.14611900.1243605100
2.8376-3.57480.14611920.1348363699
3.5748-43.2730.15831910.1399361998

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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