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- PDB-6non: Structure of Cyanthece apo McdA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6non
タイトルStructure of Cyanthece apo McdA
要素Cobyrinic acid ac-diamide synthase
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / nonspecific DNA binding protein / Walker box / ParA-like / Carboxysome (カルボキシソーム) / McdA / McdB
機能・相同性
機能・相同性情報


炭素固定 / 核様体 / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / hydrolase activity / DNA binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Maintenance of carboxysome distribution protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanothece (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structures of maintenance of carboxysome distribution Walker-box McdA and McdB adaptor homologs.
著者: Schumacher, M.A. / Henderson, M. / Zhang, H.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cobyrinic acid ac-diamide synthase
B: Cobyrinic acid ac-diamide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1034
ポリマ－58,6512
非ポリマー4522
水1,42379
1
A: Cobyrinic acid ac-diamide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3261
ポリマ－29,3261
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cobyrinic acid ac-diamide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7773
ポリマ－29,3261
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.352, 155.352, 180.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Cobyrinic acid ac-diamide synthase / McdA


分子量: 29325.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyanothece (バクテリア) / 遺伝子: PCC7424_5529 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7KMS4
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月2日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→134.5 Å / Num. obs: 61015 / % possible obs: 80.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 57.51 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.045 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.68→275 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC1/2: 0.616 / Rpim(I) all: 0.47 / Rsym value: 0.567

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.68→77.676 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 23.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 2843 4.66 %
Rwork0.1844 --
obs0.1862 61015 89.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / Bsol: 30.912 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7585 Å20 Å2-0 Å2
2--0.7585 Å20 Å2
3----4.2091 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→77.676 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3842 0 28 79 3949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2945347
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6081455
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6801-2.77580.31271900.32863752X-RAY DIFFRACTION58
2.7758-2.8870.35912210.29624525X-RAY DIFFRACTION70
2.887-3.01840.28052850.27935750X-RAY DIFFRACTION88
3.0184-3.17750.30163130.26676360X-RAY DIFFRACTION97
3.1775-3.37660.2983180.23736346X-RAY DIFFRACTION97
3.3766-3.63730.24243110.20746347X-RAY DIFFRACTION97
3.6373-4.00330.2263050.1686320X-RAY DIFFRACTION97
4.0033-4.58260.18043020.13096295X-RAY DIFFRACTION96
4.5826-5.77330.15153010.12936244X-RAY DIFFRACTION96
5.7733-77.70860.19822970.17136233X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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