+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6noj | ||||||||||||||||||
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Title | PD-L1 IgV domain V76T with fragment | ||||||||||||||||||
Components | Programmed cell death 1 ligand 1 | ||||||||||||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Fragment-based screening / Structure-based design / PD-L1 inhibitor / Cancer drug discovery / Immunotherapy | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor ligand activity / positive regulation of cell migration / immune response / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.33 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Zhao, B. / Perry, E. | ||||||||||||||||||
Funding support | United States, 5items
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Citation | Journal: Bioorg. Med. Chem. Lett. / Year: 2019 Title: Fragment-based screening of programmed death ligand 1 (PD-L1). Authors: Perry, E. / Mills, J.J. / Zhao, B. / Wang, F. / Sun, Q. / Christov, P.P. / Tarr, J.C. / Rietz, T.A. / Olejniczak, E.T. / Lee, T. / Fesik, S. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6noj.cif.gz | 116.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6noj.ent.gz | 90 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6noj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6noj_validation.pdf.gz | 428.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6noj_full_validation.pdf.gz | 429.4 KB | Display | |
Data in XML | 6noj_validation.xml.gz | 7.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6noj_validation.cif.gz | 10.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/6noj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/6noj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6nm7C 6nm8C 6nnvC 6nosC 6np9C 3bikS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14551.618 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 18-134 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / References: UniProt: Q9NZQ7 #2: Chemical | ChemComp-KW7 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: evaporation Details: 0.056 M sodium phosphate monobasic, 1.344 M potassium phosphate dibasic |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 29, 2016 |
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.33→40 Å / Num. obs: 16612 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Redundancy: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.159 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 11.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.33→2.39 Å / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Num. unique obs: 803 / CC1/2: 0.675 / Rpim(I) all: 0.183 / Rrim(I) all: 0.539 / Rsym value: 0.635 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3BIK Resolution: 2.33→27.084 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / Phase error: 22.23
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.33→27.084 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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