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- PDB-6nod: Crystal structure of C. elegans PUF-8 in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nod
タイトルCrystal structure of C. elegans PUF-8 in complex with RNA
要素
  • PUF (Pumilio/FBF) domain-containing
  • RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')
キーワードrna binding protein/rna / PUM repeat protein / RNA BINDING PROTEIN / rna binding protein-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


male meiotic nuclear division / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of MAPK cascade / nuclear periphery / mRNA 3'-UTR binding / regulation of translation / spermatogenesis / cell differentiation / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / PUM-HD domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 解像度: 2.547 Å
データ登録者Wang, Y. / McCann, K.L. / Qiu, C. / Hall, T.M.T.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Engineering a conserved RNA regulatory protein repurposes its biological function in vivo .
著者: Bhat, V.D. / McCann, K.L. / Wang, Y. / Fonseca, D.R. / Shukla, T. / Alexander, J.C. / Qiu, C. / Wickens, M. / Lo, T.W. / Tanaka Hall, T.M. / Campbell, Z.T.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: PUF (Pumilio/FBF) domain-containing
B: PUF (Pumilio/FBF) domain-containing
C: PUF (Pumilio/FBF) domain-containing
D: RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')
E: RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')
F: RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,2106
ポリマ－131,2106
非ポリマー00
水4,125229
1
A: PUF (Pumilio/FBF) domain-containing
D: RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7372
ポリマ－43,7372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
2
B: PUF (Pumilio/FBF) domain-containing
E: RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7372
ポリマ－43,7372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area16470 Å2
手法PISA
3
C: PUF (Pumilio/FBF) domain-containing
F: RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7372
ポリマ－43,7372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area16430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.182, 189.024, 63.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-651-

HOH

21B-663-

HOH

31C-667-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PUF (Pumilio/FBF) domain-containing / PUF-8


分子量: 41224.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: puf-8, C30G12.7, CELE_C30G12.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09487
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*UP*AP*UP*A)-3')


分子量: 2512.529 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 3.6 M sodium formate and 10 mM betaine hydrochloride or 3.6 M sodium formate and 3% (w/v) dextran sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.547→50 Å / Num. obs: 39843 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.547→2.59 Å / 冗長度: 3.6 % / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.547→33.788 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2851 1993 5 %
Rwork0.229 --
obs0.2318 39843 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.547→33.788 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8415 507 0 229 9151
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4512450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3165529
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5472-2.61080.3451250.25912540X-RAY DIFFRACTION92
2.6108-2.68140.36891380.25432675X-RAY DIFFRACTION98
2.6814-2.76030.30761310.25382718X-RAY DIFFRACTION98
2.7603-2.84930.37531630.26022672X-RAY DIFFRACTION98
2.8493-2.95110.30611550.23392710X-RAY DIFFRACTION99
2.9511-3.06920.27121410.21942692X-RAY DIFFRACTION99
3.0692-3.20880.27791210.22892756X-RAY DIFFRACTION99
3.2088-3.37780.30761500.22692678X-RAY DIFFRACTION99
3.3778-3.58920.3111440.2462683X-RAY DIFFRACTION98
3.5892-3.8660.34031370.27262741X-RAY DIFFRACTION99
3.866-4.25430.27421250.2232724X-RAY DIFFRACTION98
4.2543-4.86840.22461540.19372740X-RAY DIFFRACTION100
4.8684-6.12770.2491550.21442727X-RAY DIFFRACTION100
6.1277-33.79140.22791540.19792794X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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