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万見
- PDB-6noc: Crystal structure of FBF-2 repeat 5 mutant (C363A, R364Y) in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6noc
タイトルCrystal structure of FBF-2 repeat 5 mutant (C363A, R364Y) in complex with 8-nt RNA
要素
  • Fem-3 mRNA-binding factor 2
  • RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*AP*AP*UP*A)-3')
キーワードrna binding protein/rna / PUM repeat protein / RNA binding protein / rna binding protein-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sex differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA 3'-UTR binding / cell differentiation / negative regulation of translation / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Fem-3 mRNA-binding factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.849 Å
データ登録者McCann, K. / Wang, Y. / Qiu, C. / Hall, T.M.T.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Engineering a conserved RNA regulatory protein repurposes its biological function in vivo .
著者: Bhat, V.D. / McCann, K.L. / Wang, Y. / Fonseca, D.R. / Shukla, T. / Alexander, J.C. / Qiu, C. / Wickens, M. / Lo, T.W. / Tanaka Hall, T.M. / Campbell, Z.T.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fem-3 mRNA-binding factor 2
B: RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*AP*AP*UP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5292
ポリマ－49,5292
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.999, 95.999, 100.428
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Fem-3 mRNA-binding factor 2


分子量: 46992.973 Da / 分子数: 1 / 変異: C363A, R364Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: fbf-2, F21H12.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09312
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*GP*UP*AP*AP*AP*UP*A)-3')


分子量: 2535.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris pH 8.0, 12% [w/v] PEG 8000, 8% [v/v] ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.849→50 Å / Num. obs: 12319 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.7 % / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.849→2.9 Å / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.872 / Rpim(I) all: 0.336 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K5Q

3k5q


解像度: 2.849→27.458 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2772 1217 9.99 %
Rwork0.2192 10968 -
obs0.225 12185 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.23 Å2 / Biso mean: 51.2686 Å2 / Biso min: 15.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.849→27.458 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3196 168 0 23 3387
Biso mean---23.71 -
残基数----410
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8489-2.96290.3761310.2991208133998
2.9629-3.09760.39211340.299212301364100
3.0976-3.26060.33161350.268612191354100
3.2606-3.46450.33371380.26861215135399
3.4645-3.73140.28151350.221612301365100
3.7314-4.10580.27371350.2151181131697
4.1058-4.69740.27151330.20321186131996
4.6974-5.90850.25791310.19731247137899
5.9085-27.45910.18841450.163512521397100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08640.6199-1.17752.5955-1.41072.74090.0991-0.01690.17110.15130.12920.5023-0.088-0.2527-0.19340.3385-0.0783-0.00680.29570.01360.433721.456-18.83713.9543
22.03680.4055-0.80233.1744-0.75251.15340.23420.26770.403-0.3230.07110.378-0.1048-0.0587-0.3120.4385-0.0075-0.00730.33320.11360.35136.3219-4.1475-10.9742
31.56430.4956-0.1044.7945-0.64380.3414-0.04230.0138-0.09680.3397-0.0079-0.13870.0660.16380.01760.3978-0.00320.04110.2918-0.00060.28253.63120.9824-14.3661
42.87210.97321.29524.94250.66250.62520.5496-0.34960.42560.2193-0.03520.563-0.71350.1723-0.43040.7584-0.08740.27780.32430.06370.474333.30688.46993.1353
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 167 through 308 )A167 - 308
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 309 through 424 )A309 - 424
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 425 through 567 )A425 - 567
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 8 )B1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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