PDB-6nnu: Xanthomonas citri Phospho-PGM in complex with glucose-1,6-phosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nnu

タイトル

Xanthomonas citri Phospho-PGM in complex with glucose-1,6-phosphate

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2019
タイトル: Structural and dynamical description of the enzymatic reaction of a phosphohexomutase.
著者: Stiers, K.M. / Graham, A.C. / Zhu, J.S. / Jakeman, D.L. / Nix, J.C. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2019年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nnu.cif.gz	209.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nnu.ent.gz	164.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nnu_validation.pdf.gz	793.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nnu_full_validation.pdf.gz	794.9 KB	表示
XML形式データ	6nnu_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	6nnu_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nnu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nn1C 6nn2C 6nnnC 6nnoC 6nnpC 6nnsC 6nntC 6nolC 6noqC 6np8C 6npxC 6nqeC 6nqfC 6nqgC 5bmnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nol-d 5bmp-d 6nn1-d 6nqg-d 6mlf-d 6nnp-d 6npx-d 6mlw-d 6nnn-d 6nqe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

51.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.690, 54.720, 173.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Phosphoglucomutase

分子量: 51431.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: xanA, XAC3579 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PGN7

#2: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#3: 糖

ChemComp-G16 / 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE 1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucose / 1,6-di-O-phosphono-D-glucose / 1,6-di-O-phosphono-glucose

タイプ: D-saccharide / 分子量: 339.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₁₂P₂

#4: 化合物

ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 755 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.06 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.2M MgCl, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→46.3 Å / Num. obs: 73467 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.46→1.48 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 2.15 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3579 / CC_1/2: 0.345 / R_pim(I) all: 0.759 / R_rim(I) all: 2.286 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BMN

5bmn

解像度: 1.46→46.296 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 19.19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	3666	5 %
R_work	0.1691	-	-
obs	0.1711	73378	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→46.296 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3450	0	28	755	4233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3752
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.848	5116
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.611	2139
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	553
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	690

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.46-1.4792	0.3342	133	0.3187	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4792-1.4995	0.3243	151	0.2987	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4995-1.5209	0.3456	118	0.276	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5209-1.5436	0.2841	127	0.2434	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5436-1.5677	0.2374	146	0.2245	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5677-1.5934	0.2532	141	0.2069	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5934-1.6209	0.2394	135	0.2047	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6209-1.6504	0.2338	139	0.1919	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6504-1.6821	0.2214	135	0.1928	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6821-1.7165	0.218	130	0.1954	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7165-1.7538	0.2272	144	0.1938	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7538-1.7946	0.2338	137	0.184	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7946-1.8395	0.2469	134	0.1866	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8395-1.8892	0.2021	145	0.189	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8892-1.9448	0.233	132	0.175	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9448-2.0076	0.2236	140	0.1724	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0076-2.0793	0.2056	134	0.1711	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0793-2.1626	0.1872	155	0.1606	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1626-2.261	0.2121	140	0.1648	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.261-2.3802	0.2335	128	0.1631	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3802-2.5293	0.2055	153	0.1607	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5293-2.7246	0.2	151	0.1656	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7246-2.9987	0.2017	129	0.1677	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9987-3.4325	0.1957	169	0.15	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4325-4.3241	0.1596	170	0.1251	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3241-46.3196	0.176	150	0.1387	2922	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2854	-0.1509	-0.3264	0.318	0.3314	0.5467	-0.0296	-0.0107	-0.0284	-0.0226	0.0196	-0.0071	0.0423	0.0283	-0.0011	0.0973	0.0038	-0.0038	0.0874	-0.0111	0.088	38.5725	40.4155	22.0103
2	0.0665	-0.078	-0.0723	0.2912	-0.1071	0.4376	-0.0121	0.0207	-0.0051	-0.0048	-0.0031	-0.0193	-0.0124	-0.0055	-0	0.0818	-0.0023	-0.0011	0.1081	-0.0128	0.0991	27.4811	56.1376	27.2007
3	0.1688	-0.1429	-0.058	0.1266	-0.1304	0.1338	-0.0153	0.0063	-0.0394	-0.0236	0.0087	0.0031	-0.0211	0.0255	-0	0.0992	-0.0031	0.0019	0.0805	-0.0095	0.1011	23.8554	59.9024	29.45
4	0.2333	0.1781	0.1034	0.2694	-0.1387	0.3657	-0.0084	0.0744	-0.066	-0.0827	0.0411	-0.0467	-0.0076	0.0113	0.0995	0.115	-0.0049	-0.0052	0.1102	-0.0297	0.1265	14.0291	63.6016	10.2137

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 197 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 198 through 330 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 331 through 377 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 378 through 448 )

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