PDB-6nnt: Xanthomonas citri Dephospho-PGM in complex with glucose-1,6-bisph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nnt

タイトル

Xanthomonas citri Dephospho-PGM in complex with glucose-1,6-bisphosphate

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2019
タイトル: Structural and dynamical description of the enzymatic reaction of a phosphohexomutase.
著者: Stiers, K.M. / Graham, A.C. / Zhu, J.S. / Jakeman, D.L. / Nix, J.C. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2019年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nnt.cif.gz	208.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nnt.ent.gz	162.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nnt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6nnt_validation.pdf.gz	795.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nnt_full_validation.pdf.gz	796.9 KB	表示
XML形式データ	6nnt_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	6nnt_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nnt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nn1C 6nn2C 6nnnC 6nnoC 6nnpC 6nnsC 6nnuC 6nolC 6noqC 6np8C 6npxC 6nqeC 6nqfC 6nqgC 5bmnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6l4x-d 3deb-d 6nnp-d 6uv4-d 6nol-d 6np8-d 6n1e-d 6nnu-d 6mlf-d 6nqg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

51.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.620, 54.740, 173.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Phosphoglucomutase

分子量: 51351.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: xanA, XAC3579 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PGN7

#2: 糖

ChemComp-G16 / 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE 1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-alpha-D-glucose / 1,6-di-O-phosphono-D-glucose / 1,6-di-O-phosphono-glucose

タイプ: D-saccharide / 分子量: 339.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₁₂P₂

#3: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.94 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.2M MgCl, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→52.2 Å / Num. obs: 74685 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 2.421 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3597 / CC_1/2: 0.429 / R_pim(I) all: 0.807 / R_rim(I) all: 2.559 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BMN

5bmn

解像度: 1.45→52.198 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 19.31

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2078	3838	5.14 %
R_work	0.1689	-	-
obs	0.1709	74627	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→52.198 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3446	0	21	634	4101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3737
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.908	5105
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.433	2140
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	560
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	684

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4684	0.302	139	0.3129	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4684-1.4877	0.3487	136	0.3039	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4877-1.5081	0.3181	129	0.2802	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5081-1.5296	0.2542	140	0.2534	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5296-1.5524	0.2635	162	0.2219	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5524-1.5767	0.2629	152	0.2212	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5767-1.6026	0.235	152	0.1987	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6026-1.6302	0.2305	156	0.2004	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6302-1.6598	0.216	128	0.1969	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6598-1.6918	0.2269	136	0.1948	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6918-1.7263	0.2344	144	0.1968	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7263-1.7638	0.2421	156	0.1927	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7638-1.8049	0.2425	141	0.187	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-1.85	0.2672	125	0.2007	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.9	0.2326	150	0.1896	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.9559	0.2318	140	0.1766	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9559-2.0191	0.1869	139	0.1719	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0912	0.194	120	0.1641	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.175	0.2207	151	0.1579	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.175-2.274	0.21	142	0.1702	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.274-2.3938	0.2097	130	0.1618	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.5438	0.2152	164	0.1622	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5438-2.7402	0.2033	146	0.1607	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-3.016	0.1754	125	0.1639	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.016-3.4523	0.1916	142	0.1478	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4523-4.3492	0.1733	138	0.1262	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3492-52.2315	0.1662	155	0.1423	2849	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4227	-0.0818	-0.018	0.7597	0.5541	0.925	-0.0196	0.0085	-0.0175	-0.0091	0.0156	0.0217	0.1104	0.0866	-0.0074	0.0848	0.0135	0.0039	0.0797	-0.0162	0.0781	41.6983	39.3081	19.6132
2	0.1634	-0.1695	0.0859	0.329	-0.1912	0.3771	0.0033	0.0245	-0.0208	-0.0246	-0.0117	0.0144	0.003	0.0111	-0.0028	0.0802	-0.0037	0.0053	0.0895	-0.0159	0.0922	23.674	57.553	25.0012

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 23:164 )	A	23 - 164
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 165:448 )	A	165 - 448

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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