PDB-6nns: Xanthomonas citri Phospho-PGM in complex with glucose-6-phosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nns

タイトル

Xanthomonas citri Phospho-PGM in complex with glucose-6-phosphate

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2019
タイトル: Structural and dynamical description of the enzymatic reaction of a phosphohexomutase.
著者: Stiers, K.M. / Graham, A.C. / Zhu, J.S. / Jakeman, D.L. / Nix, J.C. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2019年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nns.cif.gz	199.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nns.ent.gz	155.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nns_validation.pdf.gz	782.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nns_full_validation.pdf.gz	783.7 KB	表示
XML形式データ	6nns_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	6nns_validation.cif.gz	38.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nn1C 6nn2C 6nnnC 6nnoC 6nnpC 6nntC 6nnuC 6nolC 6noqC 6np8C 6npxC 6nqeC 6nqfC 6nqgC 5bmnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mnv-d 6npx-d 6np8-d 6nqh-d 6nnp-d 6n1e-d 5bmn-d 7aab-1 6mlf-d 1phf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

51.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.720, 54.520, 172.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Phosphoglucomutase

分子量: 51431.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: xanA, XAC3579 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PGN7

#2: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#3: 糖

ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.45 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.2M MgCl, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→46.08 Å / Num. obs: 73075 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 11.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 1.724 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 3033 / CC_1/2: 0.367 / R_pim(I) all: 0.802 / R_rim(I) all: 1.912 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BMN

5bmn

解像度: 1.45→39.561 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.57

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2104	3692	4.98 %
R_work	0.1782	-	-
obs	0.1799	74113	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→39.561 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3450	0	17	647	4114

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3547
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.844	4818
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.658	2093
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	531
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	638

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4691	0.5152	124	0.4545	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4691-1.4892	0.3924	146	0.405	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4892-1.5105	0.3681	132	0.345	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5105-1.533	0.3612	123	0.2989	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.533-1.557	0.2893	146	0.2576	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.557-1.5825	0.2782	134	0.2324	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5825-1.6098	0.2491	155	0.2079	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6098-1.6391	0.2508	121	0.1991	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6391-1.6706	0.2145	150	0.188	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6706-1.7047	0.1946	129	0.181	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7047-1.7418	0.2309	139	0.1764	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7418-1.7823	0.2032	138	0.1793	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7823-1.8269	0.2306	136	0.1841	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8269-1.8762	0.2016	148	0.1883	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8762-1.9315	0.2247	138	0.1837	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9315-1.9938	0.228	137	0.1767	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9938-2.0651	0.1849	138	0.1734	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0651-2.1477	0.2006	159	0.1685	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1477-2.2455	0.234	138	0.1694	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2455-2.3638	0.2327	128	0.1699	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3638-2.5119	0.2117	158	0.1659	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5119-2.7058	0.2117	152	0.1687	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7058-2.978	0.1827	130	0.1774	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.978-3.4088	0.1889	170	0.1578	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4088-4.2939	0.1668	173	0.1334	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2939-39.5756	0.1645	150	0.1421	2961	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4361	-0.2281	-0.1078	0.6052	0.4039	0.9873	-0.0093	0.0097	-0.0208	-0.0163	-0.0245	0.045	0.0839	-0.0478	-0.0255	0.1062	-0.0039	0.0048	0.0977	-0.0183	0.0956	39.4276	37.6077	14.9669
2	0.3315	-0.2415	-0.3961	0.4752	-0.0117	0.7228	-0.0121	-0.0269	-0.0487	0.031	0.0171	0.0129	0.0931	0.058	0.0023	0.0845	0.0056	-0.0027	0.0968	-0.007	0.0878	29.8067	45.4306	37.2464
3	0.0716	-0.0132	0.127	0.07	-0.1777	0.3342	-0.0171	0.0833	0.0339	0.0322	-0.01	-0.0414	-0.0598	0.0021	-0.0023	0.0937	-0.0005	0.005	0.1052	-0.0006	0.0954	25.0241	56.136	32.1545
4	0.428	-0.0444	0.1529	0.2861	-0.3698	0.2835	-0.0092	-0.0003	-0.007	-0.0476	-0.0057	-0.0534	-0.0365	0.0198	-0	0.0976	0.0012	-0.0025	0.104	-0.0208	0.1144	33.0846	63.2494	20.9449
5	0.0431	-0.1072	-0.0595	-0.0075	-0.2091	0.1595	-0.0055	0.0131	-0.0639	-0.0195	0.0109	-0.0285	-0.0302	0.0289	-0.01	0.0961	0.0025	0.0074	0.0811	-0.0129	0.1001	23.7698	59.8837	29.0703
6	0.4765	0.2733	0.1241	0.404	0.0588	0.4875	-0.0113	0.0797	-0.0708	-0.0391	0.0153	-0.0126	-0.0055	-0.0213	0.0031	0.1121	0.0007	0.0005	0.0999	-0.0205	0.113	14.0972	63.69	10.1129

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 143 through 228 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 229 through 269 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 270 through 330 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 331 through 377 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 378 through 448 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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