PDB-6nnp: Xanthomonas citri Dephospho-PGM in complex with glucose-6-phosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nnp

タイトル

Xanthomonas citri Dephospho-PGM in complex with glucose-6-phosphate

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2019
タイトル: Structural and dynamical description of the enzymatic reaction of a phosphohexomutase.
著者: Stiers, K.M. / Graham, A.C. / Zhu, J.S. / Jakeman, D.L. / Nix, J.C. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2019年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nnp.cif.gz	204.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nnp.ent.gz	161.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nnp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nnp_validation.pdf.gz	780.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nnp_full_validation.pdf.gz	782.6 KB	表示
XML形式データ	6nnp_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	6nnp_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nnp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nn1C 6nn2C 6nnnC 6nnoC 6nnsC 6nntC 6nnuC 6nolC 6noqC 6np8C 6npxC 6nqeC 6nqfC 6nqgC 5bmnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nnu-d 6mlf-d 6n1e-d 6nns-d 6mnv-d 6npx-d 6l4x-d 6nqh-d 6nnt-d 6r3d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

51.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.780, 54.590, 171.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Phosphoglucomutase

分子量: 51351.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: xanA, XAC3579 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PGN7

#2: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#3: 糖

ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

#4: 化合物

ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.47 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.2M MgCl, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→52.027 Å / Num. obs: 67042 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 10.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 1.854 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2681 / CC_1/2: 0.457 / R_pim(I) all: 0.672 / R_rim(I) all: 1.981 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BMN

5bmn

解像度: 1.5→52.027 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2112	3317	4.95 %
R_work	0.1782	-	-
obs	0.1798	67030	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→52.027 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3446	0	22	531	3999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3742
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.89	5103
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.857	2246
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	551
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	689

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5215	0.3121	129	0.3129	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5215-1.5442	0.3333	164	0.3078	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5442-1.5683	0.3233	160	0.2887	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5683-1.594	0.2905	134	0.2722	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.594-1.6215	0.3261	150	0.2742	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6215-1.651	0.3147	139	0.2663	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.651-1.6827	0.2807	141	0.2531	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6827-1.7171	0.3088	125	0.2628	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7544	0.291	148	0.2423	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7544-1.7952	0.3057	131	0.2379	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7952-1.8401	0.2456	131	0.2197	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8401-1.8899	0.2422	119	0.2127	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8899-1.9455	0.2276	123	0.2056	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9455-2.0083	0.2628	145	0.1829	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0083-2.0801	0.1992	147	0.1775	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0801-2.1634	0.1946	126	0.165	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1634-2.2618	0.187	118	0.1726	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2618-2.3811	0.1963	135	0.1661	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3811-2.5303	0.2208	135	0.1684	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5303-2.7256	0.1983	145	0.1611	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7256-2.9999	0.2146	134	0.1669	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9999-3.4339	0.2112	142	0.1555	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4339-4.326	0.1388	143	0.1344	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.326-52.0582	0.1655	153	0.1439	2878	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6632	-0.3791	-0.1935	1.3979	0.5145	1.2175	-0.0141	0.0463	-0.0426	-0.0777	-0.0036	0.1074	0.1073	0.0006	0.0153	0.1794	0.0093	0.0106	0.1687	-0.0261	0.1634	39.4435	37.5996	15.0069
2	0.1508	-0.2275	0.0747	0.5462	-0.2442	0.8722	-0.0087	0.0253	0.0067	-0.0056	-0.0124	-0.0452	-0.0008	0.0385	0.0215	0.1212	-0.0022	0.0073	0.1502	-0.0114	0.1504	28.7935	54.9858	30.0105
3	1.1343	0.1444	-0.1297	1.0351	0.3081	1.2554	-0.0667	0.185	-0.1204	-0.0834	0.0463	0.0159	0.0023	-0.0517	0.0169	0.165	-0.0052	0.0014	0.1651	-0.0202	0.1636	14.381	63.9497	9.972

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 143 through 377 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 378 through 448 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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