PDB-6nnn: Xanthomonas citri Dephospho-PGM in complex with glucose-1-phosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nnn

タイトル

Xanthomonas citri Dephospho-PGM in complex with glucose-1-phosphate

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2019
タイトル: Structural and dynamical description of the enzymatic reaction of a phosphohexomutase.
著者: Stiers, K.M. / Graham, A.C. / Zhu, J.S. / Jakeman, D.L. / Nix, J.C. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2019年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nnn.cif.gz	221.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nnn.ent.gz	174.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nnn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nnn_validation.pdf.gz	828.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nnn_full_validation.pdf.gz	830.9 KB	表示
XML形式データ	6nnn_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	6nnn_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nnn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nnn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nn1C 6nn2C 6nnoC 6nnpC 6nnsC 6nntC 6nnuC 6nolC 6noqC 6np8C 6npxC 6nqeC 6nqfC 6nqgC 5bmnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nn2-d 6nqg-d 6mlf-d 6nn1-d 6nqh-d 6nnu-d 5bmp-d 2fkf-d 5yhj-1 6nol-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

51.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.730, 54.510, 171.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Phosphoglucomutase

分子量: 51351.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: xanA, XAC3579 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PGN7

#2: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#3: 化合物

ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃

#4: 糖

ChemComp-G1P / 1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 1-O-phosphono-D-glucose / 1-O-phosphono-glucose / グルコ-ス-1-りん酸

タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.2M MgCl, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→52 Å / Num. obs: 91307 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 12.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.8978765838 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 1.411 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3675 / CC_1/2: 0.403 / R_pim(I) all: 0.542 / R_rim(I) all: 1.521 / % possible all: 83.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BMN

5bmn

解像度: 1.35→51.96 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2028	4555	4.99 %
R_work	0.1743	-	-
obs	0.1757	91231	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→51.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3446	0	24	609	4079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3787
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.849	5162
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.947	2883
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	558
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	698

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.3653	0.4908	155	0.4479	2872	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3653-1.3814	0.3791	139	0.3694	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3814-1.3983	0.3676	161	0.3482	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3983-1.416	0.3399	144	0.3202	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
1.416-1.4346	0.3095	162	0.2986	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4346-1.4542	0.3083	156	0.2546	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4542-1.475	0.2689	155	0.2488	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
1.475-1.497	0.2492	146	0.2276	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
1.497-1.5204	0.2331	146	0.2204	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5204-1.5454	0.2446	133	0.2095	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5454-1.572	0.2136	158	0.2007	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
1.572-1.6006	0.2301	140	0.1943	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6006-1.6314	0.2095	136	0.1848	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6314-1.6647	0.2523	170	0.1904	2855	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6647-1.7009	0.2219	154	0.1971	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7009-1.7405	0.2021	132	0.1954	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7405-1.784	0.2349	154	0.1895	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
1.784-1.8322	0.2384	146	0.1866	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8322-1.8861	0.2111	144	0.1869	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8861-1.947	0.2191	171	0.1752	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.947-2.0166	0.2054	157	0.1749	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0166-2.0974	0.1812	178	0.1718	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0974-2.1928	0.1779	141	0.1574	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1928-2.3084	0.1777	169	0.1663	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3084-2.4531	0.1907	143	0.1586	2926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4531-2.6425	0.1992	149	0.1605	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6425-2.9084	0.2098	176	0.167	2940	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9084-3.3291	0.19	156	0.1555	2944	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3291-4.1941	0.1555	147	0.1373	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1941-51.9981	0.1617	137	0.1401	3174	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 29.7341 Å / Origin y: 51.0703 Å / Origin z: 22.4222 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.129 Å²	-0.0109 Å²	0.0147 Å²	-	0.1322 Å²	-0.0203 Å²	-	-	0.1402 Å²
L	0.255 °²	-0.1898 °²	-0.0166 °²	-	0.2814 °²	0.0454 °²	-	-	0.3407 °²
S	0.0009 Å °	0.0283 Å °	-0.0252 Å °	-0.0327 Å °	0.0056 Å °	-0.0009 Å °	0.0375 Å °	0.0273 Å °	-0.0053 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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