PDB-6nn1: Xanthomonas citri PGM Apo-Dephospho

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nn1

タイトル

Xanthomonas citri PGM Apo-Dephospho

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2019
タイトル: Structural and dynamical description of the enzymatic reaction of a phosphohexomutase.
著者: Stiers, K.M. / Graham, A.C. / Zhu, J.S. / Jakeman, D.L. / Nix, J.C. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2019年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nn1.cif.gz	203.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nn1.ent.gz	159.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nn1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nn1_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nn1_full_validation.pdf.gz	455 KB	表示
XML形式データ	6nn1_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	6nn1_validation.cif.gz	35.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nn1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nn2C 6nnnC 6nnoC 6nnpC 6nnsC 6nntC 6nnuC 6nolC 6noqC 6np8C 6npxC 6nqeC 6nqfC 6nqgC 5bmnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5bmp-d 6nqf-d 6nn2-d 6mlw-d 6nnu-d 6nqg-d 6nol-d 6nqe-d 6mlf-d 6mlh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

51.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.020, 54.610, 171.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase 分子量: 51137.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア) 株: 306 / 遺伝子: xanA, XAC3579 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PGN7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.14 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.2M MgCl, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→44.02 Å / Num. obs: 67541 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 2.95 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 3302 / CC_1/2: 0.36 / R_pim(I) all: 0.884 / R_rim(I) all: 3.081 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BMN

5bmn

解像度: 1.5→44.02 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2054	3277	4.86 %
R_work	0.1722	-	-
obs	0.1739	67460	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3446	0	27	511	3984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3703
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.84	5033
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.442	2983
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	545
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	675

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5224	0.3769	149	0.3542	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5224-1.5462	0.3648	138	0.3166	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5462-1.5715	0.3278	148	0.3003	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5715-1.5986	0.3001	133	0.2689	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5986-1.6277	0.2978	119	0.2535	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6277-1.659	0.2735	126	0.2563	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
1.659-1.6929	0.2969	138	0.2447	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6929-1.7297	0.2517	144	0.228	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7297-1.7699	0.2449	151	0.2106	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7699-1.8142	0.2371	142	0.1915	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8142-1.8633	0.2244	141	0.1908	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8633-1.9181	0.2262	140	0.19	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9181-1.98	0.2504	124	0.1838	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.0508	0.2107	151	0.1895	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0508-2.1329	0.2147	137	0.1765	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1329-2.23	0.187	139	0.162	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.3475	0.1901	134	0.1676	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3475-2.4946	0.2026	142	0.1662	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4946-2.6873	0.1961	165	0.1658	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6873-2.9577	0.2266	152	0.1712	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9577-3.3857	0.1982	154	0.1604	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3857-4.2656	0.186	148	0.1323	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2656-86.1216	0.1429	162	0.1388	3034	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3038	-0.4199	-0.0014	0.5028	0.139	0.4351	0.034	0.0532	-0.068	-0.0888	-0.0668	0.1091	0.1173	0.0299	-0	0.2137	0.0115	0.0222	0.1787	-0.0437	0.1799	36.8444	35.799	12.8363
2	0.0976	-0.1102	-0.1656	0.6891	0.0209	0.5569	-0.0206	-0.0378	0.0044	0.0204	0.0605	0.0407	0.0919	0.023	-0	0.1573	0.0253	0.0248	0.1722	-0.0299	0.1641	41.6165	39.4805	20.2831
3	0.3175	-0.225	-0.3421	0.4835	0.466	0.8664	-0.0094	-0.0794	-0.0086	-0.0144	0.0373	-0.0207	0.0592	0.1651	-0	0.1596	0.0169	0.0068	0.1871	-0.0155	0.1627	38.7669	43.8723	28.9285
4	-0.006	0.0291	-0.0992	0.3299	-0.21	0.5573	-0.0173	0.0216	0.0004	-0.007	-0.003	-0.0272	0.0003	-0.0346	0	0.1368	-0.0013	0.0226	0.1585	-0.0098	0.1693	28.1768	56.1144	27.9537
5	0.1073	-0.037	0.0681	0.3527	-0.3665	0.2004	-0.001	0.0048	-0.0902	-0.0171	0.083	0.0027	-0.0384	0.0624	-0	0.2061	0.0108	0.0178	0.1673	-0.0209	0.1669	16.9904	61.9913	25.2921
6	0.0886	0.0316	0.0025	0.2531	-0.1832	0.2734	-0.0136	0.1225	0.0092	-0.1999	0.0917	-0.1001	-0.0911	0.0514	0.0001	0.251	0.0149	0.0088	0.2188	-0.0152	0.202	15.8963	67.2172	5.587
7	0.2429	0.2336	-0.0324	0.3376	-0.3239	0.3763	0.0241	0.0919	-0.0395	0.0035	0.0308	0.04	0.0354	-0.0625	0	0.1819	0.0054	0.0118	0.166	-0.0304	0.1896	13.0844	61.3513	12.8161

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 23:71 )	A	23 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 72:135 )	A	72 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 136:219 )	A	136 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 220:372 )	A	220 - 372
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 373:399 )	A	373 - 399
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 400:430 )	A	400 - 430
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 431:448 )	A	431 - 448

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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