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- PDB-6nmw: Crystal structure of the human Lyn SH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nmw
タイトルCrystal structure of the human Lyn SH3 domain
要素Tyrosine-protein kinase Lyn
キーワードONCOPROTEIN / LYN kinase / Src family kinase / non-receptor tyrosine kinase / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


C-X-C chemokine receptor CXCR4 signaling pathway / regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of intracellular signal transduction / response to sterol depletion / regulation of mast cell activation / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / eosinophil differentiation / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / positive regulation of dendritic cell apoptotic process ...C-X-C chemokine receptor CXCR4 signaling pathway / regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of intracellular signal transduction / response to sterol depletion / regulation of mast cell activation / negative regulation of myeloid leukocyte differentiation / eosinophil differentiation / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / positive regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / positive regulation of dendritic cell apoptotic process / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / Fc receptor mediated inhibitory signaling pathway / regulation of B cell receptor signaling pathway / tolerance induction to self antigen / negative regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / integrin alpha2-beta1 complex / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of mast cell proliferation / negative regulation of mast cell proliferation / glycosphingolipid binding / phosphorylation-dependent protein binding / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of mast cell degranulation / platelet degranulation / dendritic cell differentiation / regulation of platelet aggregation / : / regulation of B cell apoptotic process / oligodendrocyte development / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / Signaling by Erythropoietin / histamine secretion by mast cell / Erythropoietin activates STAT5 / interleukin-5-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Platelet Adhesion to exposed collagen / CD28 co-stimulation / negative regulation of immune response / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / CD22 mediated BCR regulation / gamma-tubulin binding / platelet-derived growth factor receptor binding / response to carbohydrate / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / EPH-Ephrin signaling / toll-like receptor 4 signaling pathway / Regulation of KIT signaling / postsynaptic specialization, intracellular component / CTLA4 inhibitory signaling / leukocyte migration / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / EPHA-mediated growth cone collapse / Dectin-2 family / negative regulation of B cell proliferation / mitochondrial crista / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / Fc-epsilon receptor signaling pathway / regulation of cell adhesion mediated by integrin / B cell homeostasis / FCGR activation / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / response to axon injury / ephrin receptor signaling pathway / response to amino acid / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / hematopoietic progenitor cell differentiation / Erythropoietin activates RAS / cellular response to retinoic acid / Growth hormone receptor signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of glial cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / GPVI-mediated activation cascade / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / regulation of cytokine production / T cell costimulation / EPHB-mediated forward signaling / ephrin receptor binding / CD209 (DC-SIGN) signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / erythrocyte differentiation / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / negative regulation of protein phosphorylation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / response to hormone / negative regulation of MAP kinase activity / DNA damage checkpoint signaling / Regulation of signaling by CBL / Cell surface interactions at the vascular wall / phosphoprotein binding / FCERI mediated MAPK activation
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase Lyn, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase Lyn, SH2 domain / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain / Src homology 3 domains ...Tyrosine-protein kinase Lyn, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase Lyn, SH2 domain / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase Lyn
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.199 Å
データ登録者Berndt, S. / Gurevich, V.V. / Iverson, T.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120569 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GMI122491 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)DA043680 米国
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the SH3 domain of human Lyn non-receptor tyrosine kinase.
著者: Berndt, S. / Gurevich, V.V. / Iverson, T.M.
履歴
登録2019年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Lyn


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0751
ポリマ－8,0751
非ポリマー00
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4260 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)46.722, 46.722, 55.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Lyn / Lck/Yes-related novel protein tyrosine kinase / V-yes-1 Yamaguchi sarcoma viral related oncogene ...Lck/Yes-related novel protein tyrosine kinase / V-yes-1 Yamaguchi sarcoma viral related oncogene homolog / p53Lyn / p56Lyn


分子量: 8075.152 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 42-104 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LYN, JTK8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P07948, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Na citrate, 3.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.199→50 Å / Num. obs: 18850 / % possible obs: 87.09 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.012 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 3.55
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / Num. unique obs: 12664 / CC1/2: 0.923 / Rpim(I) all: 0.171 / Rsym value: 0.512 / % possible all: 81.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IIM

2iim


解像度: 1.199→32.736 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1827 925 4.91 %
Rwork0.1725 --
obs0.173 18850 87.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.199→32.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数511 0 0 40 551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.602749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.618213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01695
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1993-1.26260.2551840.21377X-RAY DIFFRACTION47
1.2626-1.34170.21261330.17362696X-RAY DIFFRACTION92
1.3417-1.44530.15441100.16222698X-RAY DIFFRACTION92
1.4453-1.59070.19131320.16392783X-RAY DIFFRACTION95
1.5907-1.82090.16641410.16142754X-RAY DIFFRACTION93
1.8209-2.2940.18321610.16062773X-RAY DIFFRACTION95
2.294-32.74780.18231640.18252844X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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