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- PDB-6nmo: Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nmo
タイトルCrystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase (IspF) Burkholderia pseudomallei in complex with ligand SR-4
要素2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
キーワードLYASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / N-(QUINOLIN-8-YL)METHANESULFONAMIDE / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase (IspF) Burkholderia pseudomallei in complex with ligand SR-4.
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Pierce, P.G. / Rouffet, M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct / struct_keywords
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.title ..._citation.journal_abbrev / _citation.title / _struct.title / _struct_keywords.text
改定 1.22020年3月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / reflns_shell
Item: _citation.journal_abbrev / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
B: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
C: 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,84314
ポリマ－51,8543
非ポリマー98911
水9,260514
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area17110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.080, 67.600, 60.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.480, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-428-

HOH

21A-468-

HOH

31B-334-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS


分子量: 17284.662 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain 1710b) (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: ispF, BURPS1710b_2511
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q3JRA0, 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase

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非ポリマー , 6種, 525分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-QMS / N-(QUINOLIN-8-YL)METHANESULFONAMIDE / N-(8-キノリル)メタンスルホンアミド


分子量: 222.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10N2O2S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hampton Research Index, condition C9:: 0.5% (V/V) Jeffamine ED-2003, 1100mM sodium malonate dibasic, 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.0: BupsA.00122.a.D11.PD00455 at 22mg/ml + 9mM compound ...詳細: Hampton Research Index, condition C9:: 0.5% (V/V) Jeffamine ED-2003, 1100mM sodium malonate dibasic, 100mM HEPES free acid / NaOH pH 7.0: BupsA.00122.a.D11.PD00455 at 22mg/ml + 9mM compound BSI109013/SR-4: cryo: 20% EG and : tray 302690c9: puck: phr5-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月11日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→44.489 Å / Num. obs: 79703 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 9.687 % / Biso Wilson estimate: 20.683 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rrim(I) all: 0.029 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 44.91 / Num. measured all: 772119 / Scaling rejects: 667
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.45-1.495.5520.3524.649890.9320.38680.9
1.49-1.536.0890.2716.4450390.960.29484.4
1.53-1.577.130.2417.8952730.9750.25990
1.57-1.628.5290.17811.0852610.9880.18993.4
1.62-1.678.7820.14713.151770.9910.15694.6
1.67-1.738.9910.12815.1151700.9930.13596.5
1.73-1.89.2860.09819.9349650.9960.10397.6
1.8-1.879.5560.07825.248780.9980.08398.8
1.87-1.969.6080.06731.1247180.9980.07199.5
1.96-2.0510.160.04842.5145630.9990.051100
2.05-2.1610.1950.04152.4242990.9990.043100
2.16-2.2910.3780.03559.63405110.03799.9
2.29-2.4510.90.03168.04385110.03299.9
2.45-2.6511.0210.02678.19358210.028100
2.65-2.911.1420.02387.29329710.02499.9
2.9-3.2411.5170.02101.42298910.021100
3.24-3.7411.7280.018120.63263110.019100
3.74-4.5913.7580.015142.92224110.01599.8
4.59-6.4819.660.016169.47174310.016100
6.48-44.48920.770.015185.0198610.01599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3qhd, native protein

3qhd


解像度: 1.45→44.489 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.98
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.159 1965 2.47 %0
Rwork0.1264 ---
obs0.1273 79693 95.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.26 Å2 / Biso mean: 19.2603 Å2 / Biso min: 6.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→44.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3530 0 62 528 4120
Biso mean--29.85 32.56 -
残基数----478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9465090
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7531391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005696
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.48630.22891120.15154677478981
1.4863-1.52650.18651290.12624831496084
1.5265-1.57140.16971330.11595262539590
1.5714-1.62210.15561270.11085404553193
1.6221-1.68010.1541320.11045471560395
1.6801-1.74740.15761340.11545609574396
1.7474-1.82690.16691490.11145715586498
1.8269-1.92320.16451520.11675735588799
1.9232-2.04370.14971360.118857915927100
2.0437-2.20150.16971580.121157825940100
2.2015-2.4230.14991420.125158435985100
2.423-2.77360.1631450.136258255970100
2.7736-3.49420.15011470.137658586005100
3.4942-44.50980.15461690.130159256094100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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