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- PDB-6nmm: Ternary complex structure of the T130K mutant of ANT-4 with Neomy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nmm
タイトルTernary complex structure of the T130K mutant of ANT-4 with Neomycin, AMPCPP and Pyrophosphate
要素Kanamycin nucleotidyltransferase
キーワードtransferase/ANTIBIOTIC / Aminoglycoside nucelotidyl transferase (ANT) Aminoglycoside modifying enzymes (AGMEs) DNA polymerase / ANTIBIOTIC / transferase-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Kanamycin nucleotidyltransferase, C-terminal / KNTase C-terminal domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / NEOMYCIN / PYROPHOSPHATE / Kanamycin nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cuneo, M.J. / Selvaraj, B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: 'Catch and Release": a Variation of the Archetypal Nucleotidyl Transfer Reaction
著者: Selvaraj, B. / Kocaman, S. / Trifas, M. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J.
履歴
登録2019年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.22020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.32020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 2.02024年5月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.comp_id / _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.comp_id / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kanamycin nucleotidyltransferase
B: Kanamycin nucleotidyltransferase
C: Kanamycin nucleotidyltransferase
D: Kanamycin nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,22128
ポリマ－116,5444
非ポリマー6,67824
水3,909217
1
A: Kanamycin nucleotidyltransferase
D: Kanamycin nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,61114
ポリマ－58,2722
非ポリマー3,33912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9440 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area20720 Å2
手法PISA
2
B: Kanamycin nucleotidyltransferase
C: Kanamycin nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,61114
ポリマ－58,2722
非ポリマー3,33912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9420 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area20730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.510, 59.250, 102.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Kanamycin nucleotidyltransferase


分子量: 29135.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q57514

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非ポリマー , 5種, 241分子

#2: 化合物
ChemComp-NMY / NEOMYCIN / MYCIFRADIN / NEOMAS / PIMAVECORT / VONAMYCIN / ネオマイシンB


分子量: 614.644 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H46N6O13 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物
ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: crystallized in 9-10% PEG 5K MME, 0.1 M Tris pH 7.5-8.0, 0.1-0.2 M CaCl2. The crystals were transferred to a cryosolution containing 9-10% PEG 5K MME, 0.1 M Tris pH 7.5-8.0, 10 mM MgCl2 and ...詳細: crystallized in 9-10% PEG 5K MME, 0.1 M Tris pH 7.5-8.0, 0.1-0.2 M CaCl2. The crystals were transferred to a cryosolution containing 9-10% PEG 5K MME, 0.1 M Tris pH 7.5-8.0, 10 mM MgCl2 and 30% glycerol for varying time intervals (3-30 min)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→38.58 Å / Num. obs: 30831 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.933 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 3276 / CC1/2: 0.933 / Rpim(I) all: 0.141 / Rrim(I) all: 0.267 / % possible all: 81.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.5→38.58 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.53
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1499 4.86 %
Rwork0.1736 --
obs0.1764 30829 86.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8076 0 428 217 8721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65111930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2434958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58070.31561330.22382469X-RAY DIFFRACTION81
2.5807-2.67290.29521240.21692561X-RAY DIFFRACTION83
2.6729-2.77990.30851060.20982537X-RAY DIFFRACTION83
2.7799-2.90640.29151340.20222561X-RAY DIFFRACTION83
2.9064-3.05950.27041450.20882613X-RAY DIFFRACTION86
3.0595-3.25110.27331040.20582680X-RAY DIFFRACTION86
3.2511-3.5020.25141400.18142645X-RAY DIFFRACTION86
3.502-3.85410.22271590.15872693X-RAY DIFFRACTION88
3.8541-4.41110.18141600.13972703X-RAY DIFFRACTION89
4.4111-5.55490.17481320.13622863X-RAY DIFFRACTION92
5.5549-38.58810.18061620.1593005X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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